Уже осенью 1902 года Гапона восстанавливают в духовной академии, а в 1903 году он успешно заканчивает её, получив должность священника при тюремной церкви св. Михаила Черниговского. В этом же году Гапон знакомится с начальником особого отдела Департамента полиции С. В. Зубатовым, который занимался созданием подконтрольных полиции рабочих профсоюзов. Ему, в частности, было предложено принять участие в этой работе. Долго размышляя над этим предложением, Гапон не отказался. И когда в 1903 году Зубатов был отправлен в отставку, их связь не прекратилась. Но созданное Зубатовым «Собрание» нашло благодаря Гапону в столице весьма хорошую почву. Число его членов росло. И как писал начальник петербургского охранного отделения A.B. Герасимов, «это было обычное общество с настоящими рабочими во главе. В их среде и Гапон забыл о тех мыслях, которыми руководствовался вначале. Достаточно было небольшого толчка, чтобы это изменившееся положение выявилось».
Есть множество мнений, что Гапон дезинформировал Департамент полиции об истинных настроениях рабочих. Сам же он впоследствии прямо заявлял о своей хитрой политике: «Я с самого начала, с первой минуты водил их всех за нос. На этом был весь мой план построен».
В конце 1904 года контакты Гапона с полицией прекратились, а в январе 1905 года он был объявлен в розыск.
После расстрела демонстрации Гапона увёл с площади эсер Рутенберг. Его тут же переодели и постригли, а затем прятали на квартирах, в том числе и писателя Горького. Затем с помощью всё того же эсера Гапона без документов переправили за границу.
«Через некоторое время после приезда Гапона в Женеву, — вспоминала Н. К. Крупская, — к нам пришла под вечер какая-то эсеровская дама и передала Владимиру Ильичу, что его хочет видеть Гапон. Условились о месте свидания на нейтральной почве, в кафе. Наступил вечер. Ильич не зажигал у себя в комнате огня и шагал из угла в угол. Гапон был живым куском нараставшей в России революции, человеком, тесно связанным с рабочими массами, беззаветно верившими ему, и Ильич волновался перед этой встречей… Владимир Ильич, придя со свидания с Гапоном, рассказывал о своих впечатлениях. Тогда Гапон был ещё обвеян дыханием революции. Говоря о питерских рабочих, он весь загорался, он кипел негодованием, возмущением против царя и его приспешников. В этом возмущении было немало наивного, но тем непосредственнее оно было. Это возмущение было созвучно с возмущением рабочих масс. «Только учиться ему надо, — говорил Владимир Ильич. — Я ему сказал: «Вы батенька, лести не слушайте, учитесь, а то вон где очутитесь», — показал ему под стол».
Кроме Ленина, Гапон встречался с Г. В. Плехановым, В. М. Черновым, Б. В. Савинковым, Ж. Жоресом, Ж. Клемансо. Например, в Лондоне Гапон встретился с П. А. Кропоткиным, идеями которого увлёкся.
31 января 1905 года Талона лишили сана священника и исключили из духовного звания, а уже в мае этого года он на короткое время вступил в партию эсеров, но вскоре рассорился с её руководством из-за желания быть во главе партии и дела.
В 2004 году вышла в свет монография кандидата исторических наук Станислава Петрова «Документы делопроизводства Политбюро ЦК РКП(б) как источник по истории Русской церкви (1921–1925 гг.)», которой он посвятил в общей сложности девять лет своей жизни. Вот что он рассказал корреспонденту газеты «Наука в Сибири» В. Садыковой: «К тому времени, когда я начал заниматься этой проблемой, в историографии уже существовали концепции об ответственности за всё то, что произошло с Русской православной церковью в 1922 и в последующих годах, разделённая на Ленина, Троцкого и Сталина.
Проанализировав документы, я увидел, что об ответственности Сталина можно говорить только с апреля 1922 года, когда он стал генеральным секретарём ЦК партии, а основная часть документов «про церкви» прошла в марте и была подписана по большей части Троцким. Троцкий подготовил основной массив «церковных» документов Политбюро, так как он был особоуполномоченным Совета народных комиссаров (СНК) по ценностям, накопленным в царское время, а значит, именно он был реальным, хотя и негласным главой кампании по изъятию церковных ценностей, хотя официально его прикрывал М. Калинин, от имени которого велась агитационно-пропагандистская шумиха в средствах массовой информации…
«Коллективная ответственность» — это более поздняя модель, но она нередко автоматически переносилась на более ранний период. На самом деле можно установить долю ответственности за содеянное каждого из вождей революции. Через пометы-автографы Ленина на партийных документах, в частности, на постановлениях Оргбюро ЦК партии, выясняется, что именно Л. Троцкий — ответственный за значительную часть, что происходило с Русской православной церковью, он один из тех вождей, кто наиболее близко следил за всем происходившим в церкви. Более того, он лично подготовил большинство проектов «церковных решений», которые потом практически без пересмотра были утверждены на заседаниях Политбюро.