Впервые дело на Распутина было заведено Тобольской консисторией по доносу 1903 года. Его обвиняли в распространении лжеучения, подобного хлыстовскому, и образовании общества последователей своего лжеучения. Согласно документам, дело было начато 6 сентября 1907 года, а закончено и утверждено Тобольским епископом Антонием (Каржавиным) 7 мая 1908 года. На основе собранных данных и фактов член Тобольской консистории протоиерей Дмитрий Смирнов подготовил рапорт с предложением отзыва о рассматриваемом деле Дмитрия Михайловича Берёзкина, инспектора Тобольской духовной семинарии. Также известно, что завёдший первое дело «о хлыстовстве» на Распутина епископ Тобольский Антоний лишь за это и был переведён из Сибири на Тверскую кафедру и возведён на Пасху в сан архиепископа. Дело же было отправлено в архив Синода. И всё же, если быть точным, то следствие было прекращено чьим-то могущественным давлением, непременно из столицы…
«Нынче, будто из небытия, в Тобольском архиве выплыла папка с надписью: «Дело Тобольской консистории по обвинению крестьянина слободы Покровской Тюменского уезда Григория Ефимовича Распутина-Новаго… в распространении им лжеучения, подобно хлыстовскому, и образования общества последователей своего лжеучения. Начато 6 сентября 1907 г.», — продолжает Э. Радзинский. — В «деле» было отмечено: пока Распутин пребывал в Петербурге, Тобольскому епископу сообщили сведения, касавшиеся таинственного периода его странствий. По этим «собранным и проверенным… сведениям… названный крестьянин из своей жизни на заводах Пермской губернии вынес знакомство с учением ереси хлыстовской и её шаварями». Затем, «проживая в Петербурге, приобрёл себе последовательниц, которые, по возвращении Распутина в слободу Покровскую, неоднократно приезжали к нему и подолгу жили в его доме».
Также отмечалось, что «письма его последовательниц X. Берладской… О. Лохтиной и 3. Манчтет говорят… об особом учении Распутина», что эти последовательницы «водят Распутина под руки и… на глазах у всех он их часто обнимает, целует и ласкает… В верхнем этаже новоприобретённого Распутиным большого дома поздними вечерами бывают особенные молитвенные собрания… на этих собраниях он надевает полумонашеский чёрный подрясник и золотой наперсный крест… собрания эти иногда заканчиваются поздно и, по слухам, в бане при прежнем доме Распутина совершается «свальный грех»… Между жителями слободы Покровской ходят слухи, что Распутин учит хлыстовству…»
Когда в 1912 году Дума заявила о своём отношении к Распутину, то Николаю II ничего не оставалось, как приказать возобновить дело Святейшего синода о «хлыстовстве» Распутина. Тогда же архиепископ Антоний (Храповицкий) откровенно писал, что Распутин хлыст и участвует в радениях.
Новый Тобольский епископ Алексий не просто взялся за это дело, но и лично изучил материалы, да ещё и затребовал сведения от причта Покровской церкви. Беседовал он и с самим Распутиным. А 29 ноября 1912 года было утверждено заключение Тобольской духовной консистории. В нём Распутин-Новый был назван «христианином, человеком духовно настроенным и ищущим правды Христовой». Кстати сказать, хитрый мужик перед этим успел добровольно покинуть столицу и совершить паломничество в Иерусалим. После положительного заключения одни говорили, что таким образом епископ Алексий в октябре 1913 года получил назначение Экзарха Грузии и был возведён в сан Карталинского и Кахетинского со званием члена Святейшего синода. А другие, что такое возвышение состоялось лишь благодаря преданности Алексия царствующему дому. Однако ничего в этой жизни просто так не бывает!
По утверждению протопресвитера Гергия Шавельского, члена Синода до революции, «в Синоде царила тяжёлая атмосфера недоверия. Члены Синода боялись друг друга, и не без оснований: каждое слово, открыто сказанное в стенах Синода противниками Распутина, немедленно передавалось в Царское Село». О церковном управлении до революции он же писал: «В конце 1916 г. ставленники Распутина уже фактически держали в своих руках управление. Обер-прокурор Св. Синода Раев, его товарищ Жевахов, управляющий канцелярией Св. Синода Гурьев и его помощник Мудролюбов были распутинцами. Эту же веру исповедовали митрополиты Питирим и Макарий. Целый ряд епископов епархиальных и викарных были клиентами Распутина».
К слову сказать, по воспоминаниям старшей дочери Распутина, Григорий-Новый свои первые уроки письма и чтения начал брать только лишь в Петербурге.
При этом при своей жизни умудрился издать две книги: «Житие опытного странника» (1907 г.) и «Мои мысли и размышления» (1915 г.). Конечно же, все в Петербурге.
В главном архиве России ГАРФ на хранении находятся 1796 телеграмм Николая П, отправленные им из ставки в Могилёве в период с 1915 по 1917 г. — семье, министрам и, безусловно, Распутину. У него насчитали аж целых сто канонических пророчеств, среди которых часто цитируют одно-единственное: «Покуда я жив, будет жить и династия».