Всё это приводит к важному вопросу: «Можно ли объяснить происхождение системы закодированной химической структуры, не обращаясь при этом вообще ни к одному из тех фактов, к которым в других обстоятельствах мы прибегаем, чтобы объяснить кодовые системы и языки, системы связи, отпечатки простых слов в материальном мире?»[5]
Карл Вёзе, ведущий специалист по исследованию вопроса происхождения жизни, обращает внимание на приводящую к философскому замешательству природу этого явления. В своей статье в журнале RNA[60] он говорит: «Механистические, эволюционные и связанные с кодированием аспекты этой проблемы стали отдельными вопросами. Идея о том, что в основе экспрессии генов, например, их репликации, лежит некий фундаментальный физический принцип, ушла в прошлое». Мало того, что нет никакого лежащего в основе физического принципа, так ещё и само существование кода является загадкой. «Правила кодирования (перечень задач, выполняемых кодонами) известны. Тем не менее, они не дают ключ к пониманию того, почему существует код и почему механизм трансляции такой, каким мы его видим». Он открыто признаётся в том, что мы ничего не знаем о происхождении этой системы. «Корни транскрипции, т.е. то, что было до того, как транскрипция стала настоящим механизмом декодирования, в настоящий момент затерялись в полумраке прошлого, и я не желаю заниматься здесь расплывчатыми предположениями относительно того, что могло предшествовать и дать начало процессам полимеризации, или строить догадки о происхождении тРНК, механизме аминоацилирования тРНК или генетическом коде».[6]
Пол Дэвис также отмечает эту проблему. Он обращает внимание на то, что большинство теорий биогенеза сконцентрированы на химической структуре жизни, но «жизнь – это нечто большее, чем просто набор химических реакций. Клетка также является системой репликации, хранения и обработки информации. Нам необходимо объяснить происхождение этой информации и то, каким образом появился механизм обработки информации». Он подчёркивает тот факт, что ген является не чем иным, как набором закодированных инструкций, чётко описывающих способ производства белка. Ещё более важным является то, что эти генетические инструкции непохожи на ту информацию, которая присутствует в термодинамике и статистической механике; они содержат скорее семантическую информацию. Другими словами, они имеют особый смысл. Эти инструкции могут быть эффективными, только находясь в молекулярной среде, которая способна интерпретировать смысл, содержащийся в генетическом коде. Ввиду всего этого, вопрос о происхождении выходит на первый план. «Проблема того, как смысловая или семантическая информация может самопроизвольно возникнуть из не имеющих смысловой нагрузки молекул, подвергающихся действию слепых и бесцельных сил, бросает серьёзный концептуальный вызов».[7]
У протобиологов действительно есть теории эволюции первой живой материи, однако они сталкиваются с различными видами проблем. Они имеют дело со взаимодействием химических веществ, в то время как наши вопросы обращены к тому, как нечто может от природы иметь целевое устремление, и как материя может управляться посредством обработки кода. Но даже на своём уровне протобиологи всё ещё очень далеки от того, чтобы делать окончательные выводы. Это подчёркивают два известных исследователя в области происхождения жизни.
Эндрю Нолл, профессор биологии в Гарварде и автор книги «Жизнь на молодой планете: первые три миллиарда лет жизни» отмечает: