Все американские истребители Р-39 имели стандартную для ВВС США окраску — верх темного грязно-оливкового цвета, низ — нейтральный серый. Опознавательные знаки USAF наносились на самолет в четырех местах — по бортам фюзеляжа на нижней поверхности правой плоскости крыла и верхней поверхности левой плоскости крыла. Каждый самолет имел шестизначный серийные номер, изображенной желтой краской поперек киля и руля направления. На самолетах P-39D, и на множестве истребителей более позднего выпуска, русские не закрашивали американские опознавательные знаки целиком — менялся лишь с белого на красный цвет звезд, иногда трафареты «русских» звезд оказывались больше звезд американских, тогда красные звезды вылезали за пределы голубого круга. Следует обратить внимание на то, что звезды рисовались на верхних и нижних поверхностях обоих плоскостей крыла. Получалась небольшая асимметрия — на одной плоскости красная звезда в голубом круге, на другом — «чистая» красная звезда.
Как и в случае с «Аэрокобрами I» сначала красные звезды на Р-39 не имели обводки вообще или были обведены узкой черной каймой, затем были введены звезды с каймой белого цвета. Желтый серийный номер на киле закрашивался редко. Двузначный бортовой номер, как правило, белого цвета обычно наносился на борта фюзеляжа сразу за опознавательными знаками.
После резкого увеличения поставок истребителей Р-39 в Советский Союз, опознавательные знаки ВВС РККА стали наносить прямо в покрасочных цехах фирмы Белл, при этом общая окраска истребителей не изменилась. Причем иногда звезды рисовали прямо по базовой окраске самолета, иногда вписанными в круг голубого цвета по типу опознавательных знаков ВВС США.
Приказом от 11 сентября 1943 г. в очередной раз изменилась обводка красных звезд — теперь звезда получала белую обводку шириной 50 мм, и красную шириной 10 мм.
Известны случаи, когда в 1944 г. истребители получали в США так называемые «транзитные» опознавательные знаки — красные звезды в белых кругах. Такие опознавательные наносились на самолет в шести местах. Обычно перед отправкой на фронт, уже в СССР, транзитные опознавательные знаки закрашивались и вместо них рисовали стандартные звезды с бело-красной окантовкой. Впрочем, во фронтовые полки попадали и «Аэрокобры» с транзитными опознавательными знаками. Известна знаменитая фотография самолета Р-39 из дивизии Покрышкина, сделанная на германском автобане в 1945 г. истребитель имеет транзитные опознавательные знаки. Нередко все вариации опознавательных знаков можно было увидеть на самолетах одного истребительного авиаполка.
Совсем недавно установлено, что иногда бортовые номера и обводка звезд выполнялась не белой, а серебристой краской. Сбитый над Финляндией и сравнительно недавно восстановленный для финского музея истребитель Р-39, некогда принадлежавший 191-му ИАП, имеет опознавательные знаки в виде красных звезд с серебристо-красной окантовкой, вписанных в круги белого цвета. Другие самолеты 191-го ИАП имели такие же звезды, но без «транзитных» белых кругов. Серебрянкой в этом полку рисовали и бортовые номера.
Перекрашивались советские «Аэрокобры» только зимой и только в белый цвет. Далеко не все самолеты перекрашивали зимой — русская белая краска, «izvestka», быстро облезала и здорово ухудшала аэродинамику самолетов. Зимой 1942–1943 г. наиболее часто белые «Аэрокобры» встречались на Карельском и Ленинградском фронтах. Бортовые номера на «зимней» окраске чаще всего рисовали красной краской.
Часто ошибочно указывают, что якобы поступившие из Великобритании самолеты «Аэрокобра I» имели камуфляж из пятен темно-зеленого и темно-землистого цветов. Неправда! Все экс-британские «Кобры» окрашивались по схеме Dark Green/Dark Ocean Grey. He исключается, также, что в СССР могли попасти из США камуфлированные истребители Р-400.
Интересна индивидуальная символика «Аэрокобр» ВВС РККА. Символика подразделений стала появляться на истребителях в конце 1943 г. и получила широкое распространение в 1944 г. Так, осенью 1943 г. на самолетах из покрышкинского 16-го ГИАП в красный цвет покрасили законцовки киля и руля направления — «пилотки». В 100-м ГИАП «пилотки» были белыми. Самолеты командиров звеньев 16-го ГИАП, предположительно, имели поимо красных «пилоток» узкую белую полоску, отделявшую красный цвет от оливково-зеленого. Белые «пилотки» несли также истребители Р-39 из 255-го ИАП ВВС Северного флота.