На фронт 9-я ГИАД полковника Покрышкина вернулась 2 мая 1944 г. накануне Ясско-Кишеневской операции. В результате этой операции потерпела военное поражение Румыния. Затем дивизия Покрышкина принимала участие в Львовско-Сандомирской операции, а закончила войны в Берлине.
Покрышкин теперь был загружен командной и административной работой, но все же находил время, чтобы лично слетать в бой. 18 июля 194 г. он сбил два самолета противника, а через несколько дней перехватил на большой высоте немецкий разведчик. В августе Покрышкин первым в вооруженных силах Советского Союза стал трижды Героем. К этому времени он выполнил 550 боевых вылетов, официально сбил 53 самолета лично и шесть в группе, получил признание как выдающийся командир, военачальник.
Покрышкин полностью соответствовал своей новой должности, чего нельзя было сказать о его сопернике Григории Речкалове. После ухода Покрышкина в дивизию, Речкалов принял 16-й ГИАП. Едва ли не сразу в полку началась череда ЧП. Механик в драке убил летчика. 31 мая над Яссами летчики пока потерпели ужасающее фиаско. Мессершмитты смогли отсечь ударную группу Речкалова от прикрывающей группы Клубова, пять «Аэрокобр» было сбито. Покрышкин снял Речкалова с должности командира полка «за потерю управления, недисциплинированность и утрату инициативы». Командиром полка стал переведенный из 100-го ГИАП Борис Глинка.
Покрышкин снял Речкалова с командования, но не стал применять к нему других мер. Александр Иванович прекрасно понимал — не всякий хороший летчик может быть хорошим командиром, точно также и не всякий хороший командир является хороши летчиком. Речкалов же летчиком-истребителем был выдающимся, поэтому он продолжал летать на боевые задания. К июню Григорий выполнил 415 боевых вылетов, провел 112 воздушных боев, на его счету числилось 48 личных и 6 групповых побед. Он стал дважды Героем Советского Союза 1 июля 1944 г.
14 июля получил тяжелое ранение при прыжке из горящей «Кобры» Борис Глинка. До конца войны ас уже не вернулся в строй. Командовать 16-м ГИАП вновь стал Речкалов. Вновь снизилась дисциплина в полку. Речкалов больше внимания уделял своим индивидуальным достижениям в воздушной войне нежели положению дел в полку. В феврале Покрышкин вторично отстранил его от командования 16-м ГИАП. Желая иметь Григория на виду, перевел его в штаб дивизии. До конца войны Григорий Речкалов выполнил 450 боевых вылетов, провел 122 воздушных боя, в которых сбил 56 самолетов противника лично и шесть в группе.
В феврале 1945 г. 9-я ГИАД получила приказ перебазироваться в Германию. Из-за распутицы подходящих площадок для базирования полков дивизии обнаружить не удалось. Выход нашел Покрышкин — отгородил прямой участок автобана, получив взлетно-посадочную полосу с твердым покрытием. Немцы долго не могли найти, где базируются «Аэрокобры».
Многочисленные полеты самолетов-разведчиков все-таки в конечном итоге позволили противнику вскрыть место базирования советских истребителей. Автобан подвергся налету вражеской авиации. Самолеты люфтваффе немедленно нанесла удар по «аэродрому». В результате налета были повреждены несколько «Кобр», погиб командир эскадрильи 16-го ГИАП капитан Цветков.
После назначения Григория Речкалова инспектором по летной подготовки 9-й гвардейской истребительной авиадивизии, полк принял Иван Бабак. После ухода Покрышкина просто рок какой-то преследовал 16-й ГИАП — командиры менялись слишком часто. Вот и Бабак прокомандовал до 22 апреля 1945 г. Его «Кобру» сбили зенитки, летчик успел покинуть самолет, но после приземления на парашюте сразу же попал в плен. В плену Бабак провел две недели — его весте с другими пленными освободили советские войска. Плен в день рождения Ленина стоил Ивану Бабаку второй медали Золотая Звезда… Более того, не встреть Покрышкин случайно Бабака под охраной СМЕРШевцев, вероятно при ином раскладе последний сгинул бы где-нибудь на просторах ГУЛАГа. Иван Бабак совершил 330 боевых вылетов, сбил 33 самолета противника лично и четыре в группе.