Затем возникла новая проблема. В конце зимы 1942 года выяснилось, что в ряде районов восточных областей СССР многие семенные партии зерновых имеют низкий уровень всхожести семян, иногда порядка 30–40 %. На это не обращали внимания раньше, когда основной урожай зерновых давали западные области страны, а восточные играли вспомогательную роль. Теперь же положение изменилось. Т. Д. Лысенко с сотрудниками разработали простой метод, с помощью которого у некондиционных по всхожести семена пшеницы и других зерновых хлебов можно было повысить всхожесть до первого класса. Именно, из их экспериментов выяснилось, что некондиционность семян зерновых хлебов часто являлась следствием не гибели зародышей, а того, что они, попав сразу после уборки в холодные морозные условия, характерные для Восточной Сибири и Казахстана, не успевали закончить к посеву своё дозревание и уходят в глубокий покой. Было предложено с наступлением весны как можно быстрее выгрузить из зернохранилищ колхозов семена пшеницы наружу и рассыпать их тонким слоем на брезент, мешковину и другие подстилки, чтобы их обогрело солнце и наружный воздух. В результате, при температуре 5-15о семена за одну-две недели успели дозреть и степень их всхожести существенно повысилась. В ряде случаев она составила 90, 95, и даже 99 % — вместо прежних 30–40 %. Этот способ получил название "воздушнотеплового обогрева семян".
Одной из важнейших культур в структуре питания населения СССР в то время являлся картофель. Он был прост в посадке и уходе, хорошо сочетался со многими другими продуктами; недаром его называли "второй хлеб". Кроме того, картофель давал с единицы площади урожай больший, чем почти все остальные сельскохозяйственные культуры. Однако во многих регионах страны, особенно на востоке и юго-востоке, имелось мало посадочного материала картофеля.
Осенью 1941 года группа специалистов ВАСХНИЛ во главе с Т. Д. Лысенко разработала методику посадки картофеля верхушками клубней. С клубня срезалась верхушка 10–15 грамм, оставляемая для посадки; остальная часть использовалась для питания. Была составлена инструкция населению, как хранить до весны, проводить предпосадочную яровизацию и сажать верхушки картофеля. Всем предприятиям общественного питания и промышленности, использовавшим сырой картофель, было предписано срезать и хранить верхушки. Агробиологи консультировали население и организации по оптимальному хранению верхушек клубней для посадки в будущем году и вели разъяснительную работу по внедрению этого метода.
Применение метода посадки верхушек клубней картофеля дало значительную прибавку к урожаю, что было особенно важно в военное время. Весной 1942 года верхушки от продовольственных клубней картофеля были посажены в одной лишь Сибири на площади более 150 тысяч гектаров. Верхушки картофеля сажались не только в централизованных хозяйствах, но и на индивидуальных огородах рабочих, служащих, колхозников. В результате в стране в 1942 году дополнительный урожай картофеля составил не менее 200 тысяч тонн[15]. Нелишне отметить, что картофель в то время применялся при изготовлении нитропороха, использовавшегося в запальном устройстве знаменитых "катюш", и имел, таким образом, не только пищевое, но и важное военное значение.
В 1943 году за разработку и внедрение методики посадки картофеля верхушками клубней коллективу учёных-сельскохозяйственни-ков во главе с Т. Д. Лысенко была присуждена Сталинская премия.
Как и в прошлый раз, Т. Д. Лысенко перечислил свою часть премии на нужды фронта. Так же поступили и его коллеги. От имени Верховного главнокомандующего И. В. Сталина им была послана телеграмма с благодарностью.
В 1942-43 гг. специалисты ВАСХНИЛ во главе с Т. Д. Лысенко изучали методы определения всхожести семян. Способ анализа качества посевной партии, применявшийся зимой 1941/42 года, требовал довольно много времени. Т. Д. Лысенко и его коллеги нашли более быстрый и притом весьма простой способ определения степени всхожести семян. А именно, брались по 100–200 семян из среднего для посевной партии образца, им давалось набухнуть в воде, затем с зародышей иглой снимались семенные оболочки (либо зародыши прокалывались иглой или булавкой) и семена ставились на проращивание. Если зародыши были живыми и только находились в состоянии покоя, то после этой процедуры они сразу начинали прорастать. Такой анализ позволял быстро определить процент всхожих семян в посевной партии и, соответственно, принять решение: применять метод весеннего воздушно-теплового обогрева для ускорения дозревания семян или же заменять партию.