Эпоха «Альмагеста» наступила позднее. В конце XIII века халиф Харун ар-Рашид основал в Багдаде так называемый «Дом мудрости» — научное учреждение, где были собраны лучшие по тем временам переводчики. Приобщение мусульманского мира к греческой науке было поставлено на государственную основу. Всего несколько десятилетий потребовалось для того, чтобы сделать достоянием арабского читателя сочинения Аристотеля, Платона, Евклида, Архимеда, Аполлония, Гиппарха, Эратосфена, Менелая, Гиппократа, Диоскорида, Галена и многих других мыслителей и ученых античной и эллинистической эпох. Уже в конце VIII века переводчики «Дома мудрости» подготовили первое арабское изложение птолемеевского «Альмагеста», вслед за этим появились другие переводы, и к середине IX века геоцентрическая система великого александрийца уже завоевала мусульманский мир.
После смерти Харуна ар-Рашида в 809 году в работе «Дома мудрости» произошел вынужденный перерыв: яростная борьба за власть между сыновьями покойного халифа Амином и Мамуном отодвинула на задний план все иные заботы. Но в 813 году Мамун одержал ряд побед над войсками брата и, организовав с помощью верных людей дворцовый переворот, сверг его с престола. В Багдаде еще было немало сторонников Амина, и поэтому Мамун, обосновавшийся после смерти отца в Мерве, на время перенес туда халифскую резиденцию. С 813 по 818 год Мера был фактической столицей халифата — там Мамун от своего имени чеканил монету, принимал иностранные посольства, составлял указы и распоряжения, которые с гонцами направлялись в Багдад. В мервский период Мамун стал собирать вокруг себя самых известных среднеазиатских ученых, рассчитывая по возвращении в столицу укрепить ими штат «Дома мудрости». Слухи о покровительстве Мамуна наукам достигали самых отдаленных уголков Средней Азии — отовсюду в мервский оазис стекались ученые, для которых служба при дворе халифа или крупного феодала в ту пору была единственной возможностью заниматься научными исследованиями.
Возвратившись в Багдад, Мамун тотчас возобновил деятельность «Дома мудрости». В период его правления это научное учреждение не только расширилось в несколько раз, но и приобрело совершенно новое направление. Если при Харуне ар-Рашиде «Дом мудрости» был прежде всего переводческим центром, главной задачей которого было накопление «греческой мудрости», то ныне его функцией становится творческое осмысление переведенного на арабский язык философского и естественнонаучного наследия античности и создание на этой основе оригинальных научных трудов. В годы правления Мамуна происходит становление самобытной багдадской научной школы. Ее лучшие представители, осмыслив античные, индийские и иранские традиции, приступили к самостоятельным научным исследованиям в области математики, астрономии, географии, минералогии и других наук.
Переводы по-прежнему занимали важное место в деятельности «Дома мудрости». В конце 20-х годов IX века переводчик старшего поколения ал-Хаджадж ибн Юсуф ал-Матар, подготовивший еще при Харуне ар-Рашиде первую редакцию «Начал» Евклида, завершил второй, уточненный, вариант этого величайшего математического трактата и принялся за перевод «Альмагеста», к тому времени уже существовавшего в нескольких версиях на арабском языке. В «Доме мудрости» успешно сотрудничали ученые разных национальностей и вероисповеданий. Христианин Абу Закария ибн ал-Батрик перевел платоновского «Тимея», трактаты Аристотеля «Политика», «О небе», «Метеорология», «О душе». Около ста фундаментальных научных трудов зазвучали на арабском благодаря неутомимой деятельности сирийца Хунейна ибн Исхака.
Не только переводчиком, но и крупным ученым был христианин Коста ибн Лука из Баальбека. Он перевел на арабский язык «Начала» Евклида, «Арифметику» Диофанта, «Механику» Герона Александрийского, «Сферику» Феодосия, а также комментарии Александра Афродизийского и Филопона к «Физике» Аристотеля. Следуя, по-видимому, уже установившейся в Багдаде традиции, Коста ибн Лука составил и собственное изложение «Альмагеста». Огромную научную ценность имели и самостоятельные научные труды Косты ибн Луки, и в особенности его математический трактат «О доказательстве действий при исчислении двух ошибок».
При Мамуне деятельность «Дома мудрости» приобрела ярко выраженное исследовательское направление. Во главе «Дома мудрости» Мамун поставил крупнейшего математика и астронома Мухаммеда ибн Мусу ал-Хорезми, который организовал в самых широких масштабах опытную проверку достижений древних астрономов, необходимую для дальнейшего развития практической астрономии, геодезии, математической географии и картографии, а также развернул систематические астрономические наблюдения в стационарных обсерваториях, которые были открыты при «Доме мудрости».