16 апреля он отправил очередной рапорт на увольнение и выступил из Дрездена. 24 числа армия прибыла в Веймар. Этот короткий поход показал, что саксонцы были не так уж и плохи, но 20 апреля, когда саксонцы были в Гере, Понте-Корво всё равно написал ещё один рапорт, но отправить его не успел, потому что пришло наконец письмо от Наполеона, датированное 19 апреля. Император находился в Ингольштадте и писал: «Дорогой месье свояк! Все Ваши письма получил. Начавшуюся войну мне предстоит вести при согласовании с Россией. В этой комбинации Вы играете особую роль. Найдите в этом доказательство моего к Вам уважения и оценки Вас в том назначении, которое я Вам дал». И всё: ни слова о жалобах маршала, ни единого упоминания об его возможной отставке и о третировании маршала со стороны Бертье. Какую особую роль должен был сыграть Понте-Корво в этой кампании, император тоже не пояснил. Т. Хёйер считатет, что Наполеон сделал намёк на то, что с помощью русских Бернадот мог бы стать герцогом Варшавским. Поняв этот намёк именно таким образом, Бернадот якобы смирился со своим положением и о своей отставке уже больше не помышлял.
В письме наконец прояснялись статус саксонской армии и её ближайшие задачи. Армию преобразовывали в 9-й корпус, который, по данным генштаба, должен был включать 3 дивизии (на самом деле дивизий было две). Корпусу придавались всё те же две мистические польские дивизии и гарнизоны Данцига и Глогау, так что у Понте-Корво набиралось — на бумаге — до 50 ООО человек. Но поляки стояли под Варшавой и идти пополнять 9-й корпус пока не собирались. Гарнизоны упомянутых городов тоже оставались на своих местах, так что на деле маршалу приходилось рассчитывать только на саксонцев, которых едва набиралось на 2 дивизии — 16 302 человека при 26 орудиях. Наполеон только что прибыл к армии и в обстановке ещё не разобрался, а начштаба армии Бертье делал вид, что с 9-м корпусом всё в порядке.
Наполеон приказал идти корпусу в Богемию, но уже на другой день изменил приказ и направил его вдоль баварско-богемской границы к Регенсбургу, где он должен был соединиться с главной французской армией. Приказы и контрприказы, отменявшие первые, следовали от Бертье один за другим. Начальник генштаба приказывал вторгнуться в Богемию, и когда Бернадот был уже у богемской границы, отменял его, а через несколько дней возобновлял снова. В конце концов, обогнув Регенсбург, Понте-Корво 13 мая появился под Линцем. Здесь он соединился с вюртембергским миникорпусом генерала Вандамма и вместе с ним вступил в бои с противником, в которых саксонцы проявили и храбрость, и стойкость.
Согласно первоначальному замыслу Наполеона, Бернадот должен был войти в южную часть Богемии (Чехии), но 21—22 мая под Асперном-Эсслингом произошли кровавые столкновения с австрийцами, и Наполеон впервые потерпел здесь поражение. Исход кампании находился под вопросом, и вместо Богемии 9-й корпус был передвинут для прикрытия переправы через Дунай на линии Линц—Эннс—Штейер. Бернадот, оставив Вандамма, должен был пойти в направлении Будвейса, но, ввиду тяжёлых горных условий, этот приказ выполнить отказался, о чём 28 мая и доложил Наполеону. Бертье при этом полагал, что князь располагал силами, насчитывавшими до 32 ООО человек, хотя у него не было и половины этой цифры.
У Линца Бернадот простоял до конца мая, а потом, передав позиции баварскому корпусу Лефевра, переместился на восток к Санкт-Пёльтену, где простоял до 27 июня. 6 июня 1809 года император вызвал Бернадота в замок Шёнбрунн (Вена) и обласкал его. Наполеон находился в прекрасном настроении — с ним находилась Мария Валевская! Император сочувственно отнёсся к положению 9-го корпуса и предложил реорганизовать его по французскому уставу. Саксонцев свели в усиленные батальоны, избавились от непригодных старых и больных солдат и офицеров, отправив их домой, а для усиления корпуса придал изрядно потрёпанную французскую дивизию генерала Дюпа, которую Бернадот усилил тремя саксонскими батальонами.
В середине июня австрийская армия вторглась в беззащитную Саксонию, и это самым тяжёлым образом сказалось на настроениях и боевом духе саксонцев в 9-м корпусе. В то время как они без дела стояли на Дунае, их страна подверглась грабежам и насилию. Бернадот предложил передислоцировать корпус в Саксонию, но Наполеон попросил его подождать до решающих событий.