Газета Le Moniteur поместила трогательный репортаж о посещении Бернадотом в конце его министерского срока казарму с рекрутами. После того как он выступил перед ними с патетической речью и вместе с ними посадил дерево свободы — непременный атрибут всех церемоний и торжеств в революционной Франции, рекруты не захотели с ним расставаться и вышли его провожать. Растроганный министр каждому — а их было 600 человек — выдал по франку! По скандинавским понятиям, это была типичная театральная сцена, замечает Хёйер. Но на французов такие «постановки» тогда действовали.
Бернадот понимал значение печатного слова, но старался ограничить его лишь своими потребностями. Эта характерная для него черта проявится и позже, когда он станет наследным принцем Швеции. А пока... Пока он издал по министерству циркулярный приказ, в котором запретил заведующим отделами письменно или устно выходить на прессу и комментировать деятельность министерства. Все связи с общественностью шли только через секретариат.
Фронты получили в это время примерно 100-тысячное подкрепление. Когда Бернадот покидал свой пост, французская армия в целом, включавшая Рейнскую, Дунайскую, Альпийскую, Итальянскую и Английскую армии, насчитывала около 430 тысяч человек, из которых примерно половина находилась на фронтах. Новый министр практически реорганизовал все рода войск и сумел вдохнуть в разложившуюся армию новый дух. Он планировал реформировать систему провиантирования и снабжения армии, но не успел. Он вернул талантливого Жубера на пост главнокомандующего Итальянской армией и расставил также на руководящие должности Брюна, Моро и Шампионне.
Несмотря на большую работу, проделанную военным министром Бернадотом, положение на фронтах для французов было далеко не блестящим. Коалиционеры наступали в Германии, Италии, Швейцарии, Голландии и Бельгии и везде одерживали победы. Естественно, военный министр не нёс прямую ответственность за поражения, но без его усилий на этом посту положение на фронтах было бы только в несколько раз хуже.
К заслугам Бернадота как министра принадлежит спасение им от смертной казни более 2 тысяч участвовавших в беспорядках жителей Тулуза. К нему как-то пришёл министр юстиции и спросил, как следовало поступить с теми тулузцами, вина которых была не так уж велика.
Отпустите их, — ответил военный министр.
Министр юстиции собрался уже уходить, но остановился в дверях и спросил:
А что делать с теми, кого взяли с оружием в руках?
Если они пустили оружие в ход, то единственным наказанием для них может быть лишь поступление на службу в армию, — ответил Бернадот. — Всех прочих отпустите домой.
Во время работы Бернадота в военном министерстве был случайно раскрыт роялистский заговор. Заговорщики послали пробное письмо Баррасу, но оно по ошибке попало к Сиейесу. Т. Хёйер описывает попытку вовлечения военного министра в якобинский заговор, когда к нему в сентябре 1799 года явилась депутация якобинских лидеров, обеспокоенных действиями министра полиции Фуше, направленных против их партии. Депутацию возглавляли Журдан, Ожеро и Саличетти. Они обвинили Барраса, Сиейеса и Фуше в узурпировании власти и попрании конституции и предложили Бернадоту войти в заговор и арестовать членов Директории. В новом якобинском правительстве Бернадоту была предложена ведущая роль. По воспоминаниям Сарразэна, Бернадот, Ожеро и Журдан должны были стать консулами, а сам мемуарист — военным министром. Бернадот тогда якобы отказался участвовать в «незаконном» заговоре, но заявил, что, как только сложит с себя обязанности военного министра, употребит всё своё влияние в армии на то, чтобы способствовать претворению якобинских планов в жизнь. Как конкретно он имел в виду способствовать «претворению якобинских планов» — путём военного переворота или захвата власти в парламенте, — не совсем ясно. Сарразэн утверждает, что Бернадот донёс о заговоре Баррасу и Сиейесу и тем самым сорвал замыслы заговорщиков. В своих поздних мемуарах король Карл XIV Юхан вспоминает, что в бытность свою военным министром Франции взвешивал возможность ограничить состав Директории тремя членами. Уж не отголоски ли это якобинского заговора?
В щекотливое положение попал Бернадот и в другой раз, когда скрывавшийся в Париже принц Энгиенский пришёл к нему и под обещание будущих почестей, власти и богатства попросил помочь ему укрыться от преследования Директории. Бернадот, сославшись на присягу республике, порекомендовал принцу немедленно уехать из Парижа, ибо в противном случае он будет вынужден отдать приказ о его аресте. Военный министр в данном случае не хотел рисковать своей карьерой, считая момент для переворота слишком неудачным. «Если Франции суждено стать монархией, то я подчинюсь власти событий, но это буду не я, кто вызовет их»9 — якобы заявил он принцу55. Бернадот не принадлежал к людям, способным поставить всё на одну карту, как это делал, к примеру, Наполеон.