При осаде Филипсбурга шеф Обзервационной армией советовал Нею применить военную хитрость: «Для пользы своей стране и славы её оружия разрешается использовать любые средства », а при осаде Маннгейма, по его словам, нужно было его жителям дать ложное — устное — обещание об отказе от контрибуции. При отсутствии ресурсов пришлось прибегать к нечестным методам ведения военных действий.
Скоро Обзервационная и Швейцарская армия были всё-таки влиты в состав Дунайской, и в начале марта 1799 года Бернадот с Массеной стали командовать флангами Журдана.
Война в Германии была проиграна. Та же участь выпала и на долю армии в Италии. Там А.В. Суворов по всем статьям переигрывал французов. Журдан подал в отставку, и всё командование в этом районе взял на себя сначала Эрнуф, а потом Массена. Примеру Журдана 9 апреля 1799 года последовал и Бернадот — у него снова заболела грудь и открылся кашель с кровохарканьем. В Париж он не вернулся, да его туда пока и не отпускали, а пока он написал военному министру письмо, в котором, в частности, не скрывая горечи и обиды, сообщал: «Я далёк от того, чтобы пытаться предугадать последствия мер, принятых Директорией. Я уважаю все власти, в том числе, когда они даже ошибаются...» Оставив своё соединение на Колода, он уехал лечиться на воды в Симмерн, где стал гостем тестя своего помощника полковника Мэдона.
Между тем в Симмерне он узнал, что был избран от своего родного департамента Нижние Пиренеи в Совет пятисот. Напомнив о себе несколько раз военному министру и ссылаясь на некомпетентность местных немецких врачей, но тем не менее отдохнув и окрепнув в Симмерне, он с нетерпением ринулся в Париж.
Францией сверху донизу овладела апатия. Все критиковали правительство — Директорию, но никто ничего не хотел делать. Сама власть тоже была полностью парализована, и высшие чиновники с безразличием наблюдали за тем, как страна катится в пропасть. Прошедшие выборы ещё больше ослабили правительство и укрепили позиции свергнутых недавно якобинцев. Недовольство властью было всеобщим. У всех на устах были новости о перевороте, даже Жозеф и Люсьен Бонапарты высказывались за это. В Париже Бернадот присоединился к неформальной группе оппозиционных генералов, в которую входили Жубер, Журдан, Брюн и др. Генералы критиковали некомпетентные действия правительства, головотяпство её комиссаров в армиях и требовали смену руководства страной.
В итоге произошёл военный переворот от 30 прериаля (18 июня). В перевороте приняли участие политические силы самых разных оттенков и толков, объединённые ненавистью к прогнившей власти. По воспоминаниям Барраса, не последнюю роль в перевороте сыграл и Бернадот как командир 17-й (парижской) дивизией, хотя первую скрипку играл Жубер. Бернадот предпочёл остаться в тени.
Директория кооптировала в свой состав деятельного и способного аббата Эммануэля Жозефа Сиейеса (1748—1836), бывшего жирондиста и посла в Берлине, сумевшего избежать в эти бурные годы и ареста, и гильотины54. Сиейес энергично взялся за реформу правительства, уволил Талейрана (двое честолюбцев-расстриг в одном правительстве вряд ли могли ужиться), который стал брать взятки почти открыто, дал пост министра полиции «мяснику из Лиона » — Жозефу Фуше и ввёл в состав Директории трёх новых членов — Гохье, Рожера Дюко и генерала Мулена, усилив, таким образом, в ней якобинское влияние. Совершилась т.н. малая революция. Новому правительству предстояло доказать свою способность в установлении порядка в стране и поднятии боевого духа в армии.
Основное внимание, конечно, правительство Сиейеса должно было уделить армии и ведению войны. Благодаря влиянию Жозефа и Люсьена Бонапартов в Совете пятисот и своему вкладу в переворот Бернадот получил предложение возглавить военное министерство. Баррас утверждал потом, что Бернадот был его кандидатом на этот пост, его также поддержали якобинцы Гохье и Мулен, в то время как Сиейес и Рожер-Дюко пытались продвинуть на этот пост врага Бернадота и Клебера, бывшего интенданта, Александра. Бернадот отлично представлял обстановку в стране и в армии и сначала это предложение отклонил. Он не желал становиться «мальчиком для битья» и понимал, что в своей работе в военном министерстве столкнётся с непреодолимыми трудностями — в первую очередь в лице самой Директории. Но на него «навалились» свояки Бонапарты, члены Директории, генерал Жубер и супруга Дезире, так что после интенсивных переговоров 2 июля 1799 года он стал военным министром Франции.