После смерти Сталина Берия добился реабилитации кремлевских врачей и лишения наград офицеров МГБ, убивших Михоэлса. Он также предложил реабилитировать осужденных по делу ЕАК, но дело застопорилось из-за его ареста. Реабилитировали членов ЕАК только 22 ноября 1953 года. Военная Коллегия Верховного Суда постановила, что "некоторые из осужденных в период работы в ЕАК присваивали себе не свойственные им функции: вмешивались от имени Комитета в разрешение вопросов о трудоустройстве лиц еврейской национальности, возбуждали ходатайства об освобождении заключенных евреев из лагерей, а также в своих отдельных литературных работах, письмах и разговорах иногда допускали суждения националистического характера. Воспользовавшись этим, Абакумов и его сообщники возвели эти действия… в государственные контрреволюционные преступления". Коллегия отменила приговор "за отсутствием состава преступления". Постановление не было опубликовано, дабы не дать пищу "сионистам", и сваливала всю вину на уже расстрелянного Абакумова, поскольку открытая критика Сталина еще не началась. Лишь по возвращении в печать имен Михоэлса, Квитко, Фефера и других расстрелянных люди могли судить об их реабилитации.
"Борьба с космополитами" неожиданно принесла Берии определенные выгоды. Абакумов совершил роковую ошибку, запытав до смерти в камере-холодильнике одного из "врачей-вредителей", Якова Гиляровича Этингера, личного врача Берии, кстати сказать. Этингер скончался 2 марта 1951 года. 4 июля 1951 года Абакумов был снят с поста министра госбезопасности, а 12 июля арестован. Расследовавшая деятельность Абакумова комиссия в составе Маленкова, Берии, М.Ф. Шкирятова и С.Д. Игнатьева констатировали: "В ноябре 1950 года был арестован еврейский националист… врач Этингер. При допросе старшим следователем МГБ т. Рюминым арестованный Этингер, без какого-либо нажима (избиения резиновыми дубинками серьезным средством давления, разумеется, не считали. — /Б. С./), признал, что при лечении т. Щербакова А.С. имел террористические намерения в отношении его и практически принял все меры к тому, чтобы сократить его жизнь. ЦК ВКП(б) считает это признание Этингера заслуживающим серьезного внимания. Среди врачей несомненно существует законспирированная группа лиц, стремящихся при лечении сократить жизнь руководителей партии и правительства (стареющий Сталин все чаще задумывался о смерти и подозревал, что кто-то из докторов может искусственно укоротить его век. — /Б. С./). Нельзя забывать преступления таких известных врачей, совершенные в недавнем прошлом, как преступления врача Плетнева аи врача Левина, которые по заданию иностранной разведки отравили В.В. Куйбышева и Максима Горького (Вячеслав Менжинский и Максим Пешков в перечне выпали из-за малозначительности этих фигур с точки зрения начала 50-х. — /Б. С./)… Однако министр государственной безопасности Абакумов, получив показания Этингера о его террористической деятельности… признал показания Этингера надуманными и прекратил дальнейшее следствие по этому делу… Таким образом, погасив дело Этингера, Абакумов помешал ЦК выявить безусловно существующую законспирированную группу врачей, выполняющих задания иностранных агентов по террористической деятельности против руководителей партии и правительства…"
Таким образом, Лаврентий Павлович избавился от опасного конкурента в борьбе за контроль над органами госбезопасности. Новый шеф МГБ Игнатьев был человеком Маленкова и враждебности к Берии пока не проявлял. Это позволило последнему укрепить центральный аппарат МГБ своими людьми, хотя этого было явно недостаточно для установления контроля над ним. Но по крайней мере Берия мог надеяться, что новый министр не будет копать против него, Берии, как это делал Абакумов, рискнувший даже арестовать некоторых из любовниц "лубянского маршала".
Смерть Сталина и Бериевская перестройка