ЕАК был создан в феврале 1942 года, прежде всего для сбора средств в пользу СССР среди зарубежных еврейских общин и пропаганде за рубежом участия евреев в Великой Отечественной войне и советских военных усилий в целом. Первоначально Сталин рассчитывал использовать в своих целях видных деятелей Бундла Генрика Эрлиха и Виктора Альтера, оказавшихся на присоединенной к СССР части Польши и арестованных НКВД. С началом войны им были вынесены смертные приговоры за связь с польской разведкой и "буржуазно-националистическому подполью". Однако 27 августа 19е41 года расстрел заменили 10 годами тюрьмы. Берия предложил им сотрудничать с НКВД, Альтер и Эрлих согласились и были освобождены. Эрлиха предложили сделать председателем ЕАК, Михоэлса — его заместителем, а Альтера — ответственным секретарем. В октябре 41-го соответствующее предложение было направлено Сталину. Не дожидаясь ответа, бундовцы развернули бурную деятельность. Они вошли в контакт с дипломатическими представителями Англии и США, предложили создать в странах антигитлеровской коалиции дочерние антифашистские комитеты для местных евреев и даже сформировать в США Еврейский легион, который затем следовало отправить на советско-германский фронт. Эрлих собирался выехать в Лондон, чтобы стать представителем Бунда при польском правительстве в изгнании, а Эрлих — в США для формирования легиона. Подобной самодеятельности ни Сталин, ни Берия терпеть не собирались. 4 декабря 1941 года оба бундовца были арестованы (их вызвали в Куйбышевское управление НКВД под предлогом, что им надо ознакомиться с ответом Сталина на их письмо). Альтера и Эрлиха обвинили… в шпионаже в пользу Германии. Во главе же ЕАК 15 декабря 1941 года поставили Соломона Михоэлса. 14 мая ф1942 года Эрлих повесился, а Альтера 17 февраля 1943 года расстреляли. Официально же было объявлено, что их расстреляли еще 23 декабря 1941 года.
Создание ЕАК никак не повлияло на усиление государственного антисемитизма. Уже 17 августа 1942 года начальник Управления пропаганды и агитации ЦК ВКП(б) Г.Ф. Александров направил секретарю ЦК А.С. Щербакову записку, где выражалось беспокойство по поводу того, что "в управлениях Комитета по делам искусств во главе учреждений русского искусства оказались нерусские люди (преимущественно евреи)… В Большом театре Союза ССР, являющемся центром великой русской музыкальной культуры, руководящий состав целиком нерусский… Такая же картина и в Московской государственной консерватории… Все основные кафедры возглавляют евреи… Не случайно, что в консерваториях учащимся не прививается любовь к русской музыке, русской народной песне и большинство наших известных музыкантов и вокалистов (Ойстрах, Э. Гилельс, Флиэр, Лэ Гилельс, Гинзбург, Фихтенгольц, Пантофель-Нечецкая) имеют в своем репертуаре главным образом произведения западноевропейских композиторов". Александров предлагал "разработать мероприятия по подготовке и выдвижению русских кадров" и "провести уже сейчас частичное обновление руководящих кадров в ряде учреждений искусства". Эти мероприятия были осуществлены в последующие месяцы и годы.
ЕАК курировал Вячеслав Молотов, чья жена Полина Жемчужина была хорошо знакома со многими членами Комитета и, по свидетельству посла Израиля в Москве Голды Меир, проявляла интерес к идеям сионизма. Молотов же после войны попал в опалу, и дело ЕАК стало одним из способов компрометации ставшего неугодным Сталину сановниках.
Самой серьезной акцией ЕАК стало предложение в 19з44 году создать Еврейскую автономную республику в северной, степной части Крыма. Предварительно Михоэлс и секретарь ЕАК Шахно Эпштейн обсудили эту идею с Молотовым. Предлагалось две возможные территории для еврейской автономии: Крым и бывшая республика немцев Поволжья. Но Поволжье Молотов отверг, посчитав политически некорректным, что евреи будут селиться вместо депортированных немцев. В результате этого разговора Михоэлс и члены ЕАК подготовили официальное письмо в партийные и правительственные инстанции с просьбой создать Еврейскую автономную республику в Крыму. Проект создания "еврейской Калифорнии в Крыму" курировало ведомство Берии. Расчет был на то, что под него удастся получить средства от богатых еврейских общин США, создать альтернативу Израилю для советских евреев, а заодно и создать условия для засылки агентуры в Америку по "еврейской линии". Однако письмо не имело результата, поскольку противоречило как общему курсу на усиление государственного антисемитизма, так и намерению Сталина сменить старую команду Молотова, Маленкова, Берии и Микояна, управлявшую страной в годы войны, новой, ленинградской командой во главе со собственным сватом Андреем Ждановым, сделавшим борьбу с космополитизмом и "русский приоритет" в советской империи стержнем новой идеологической компании.