Особенно неблагополучно обстоит дело с сырьем и вопросами разделения. Работа лаборатории № 2 недостаточно обеспечена материально-технической базой. Работы многих смежных организаций не получают нужного развития из-за отсутствия единого руководства и недооценки в этих организациях значения проблемы.
Зная Вашу исключительно большую занятость, я все же, ввиду исторического значения проблемы урана, решился побеспокоить Вас и просить Вас дать указания о такой организации работ, которая бы соответствовала возможностям и значению нашего Великого Государства в мировой культуре».
Следствием этого письма и стало то, что постановлением ГКО от 3 декабря 1944 года на Берию было возложено «наблюдение за развитием работ по урану» (так тогда именовался атомный проект).
Бывший начальник отдела «С» П.А. Судоплатов вспоминал: «В 1944 году Хейфец (резидент КГБ в Америке, впоследствии — член Еврейского Антифашистского Комитета, арестованный по его делу в 1951 году, но счастливо избежавший расстрела.) и доложил мне и Берии свои впечатления о встречах с Оппенгеймером и другими известными учеными, занятыми в атомном проекте. Он сказал, что Оппенгеймер и его окружение глубоко озабочены тем, что немцы могут опередить Америку в создании атомной бомбы.
Выслушав доклад Хейфеца, Берия сказал, что настало время для более тесного сотрудничества органов безопасности с учеными. Чтобы улучшить отношения, снять подозрительность и критический настрой специалистов к органам НКВД, Берия предложил установить с Курчатовым, Кикоиным и Алихановым более доверительные, личные отношения. Я пригласил ученых к себе домой на обед. Однако это был не только гостеприимный жест, по приказанию Берии я и мои заместители — генералы Эйтингон и Сазыкин — как оперативные работники должны были оценить сильные и слабые стороны Курчатова, Алиханова и Кикоина. Мы вели себя с ними как друзья, доверенные лица, к которым они могли обратиться со своими повседневными заботами и просьбами.
Однажды вечером после работы над очередными материалами мы ужинали в комнате отдыха. На накрытом столе стояла бутылка лучшего армянского коньяка. Я вообще не переношу алкоголя, даже малая доля всегда вызывала у меня сильную головную боль, и мне казалось, что наши ведущие ученные по своему складу и напряженной умственной работе тоже не употребляют алкогольных напитков. Поэтому я предложил им по чайной ложке коньяку в Лайз. Они посмотрели на меня с изумлением, рассмеялись и налили себе полные рюмки, выпив за успех нашего дела.
В начале 1944 года Берия приказал направлять мне все агентурные материалы, разработки и сигналы, затрагивавшие лиц, занятых атомной проблемой, и их родственников. Вскоре я получил спецсообщение, что младший брат Кикоина по наивности поделился своими сомнениями о мудрости руководства с коллегой, а тот немедленно сообщил об этом оперативному работнику, у которого был на связи.
Когда я об этом проинформировал Берию, он приказал мне вызвать Кикоина и сказать ему, чтобы он воздействовал на своего брата. Я решил не вызывать Кикоина, поехал к нему в лабораторию и рассказал о "шалостях" его младшего брата. Кикоин обещал поговорить с ним. Их объяснение было зафиксировано оперативной техникой прослушивания, установленной в квартирах ведущих ученых-атомщиков.
Я был удивлен, что на следующий день Берия появился в лаборатории у Кикоина, чтобы окончательно развеять его опасения относительно брата. Он собрал всю тройку — Курчатова, Алиханова, Кикоина — и сказал в моем присутствии, что генерал Судоплатов придан им для того, чтобы оказывать полное содействие и помощь в работе; что они пользуются абсолютным доверием товарища Сталина и его личным. Вся информация, которая предоставляется им, должна помочь в выполнении задания Советского правительства. Берия повторил: нет никаких причин волноваться за судьбу своих родственников или людей, которым они доверяют, — им гарантирована абсолютная безопасность. Ученым будут созданы такие жизненные условия, которые дадут возможность сконцентрироваться только на решении вопросов, имеющих стратегически важное значение для государства.