«Человеческий материал» для создания таких органов остался от прежней разложившейся администрации старой России. Сам Деникин признавался в Ставрополе, что «в уезды идут люди отпетые; уездные административные должности стали этапом в арестантские роты».
В основу организации гражданской власти «добровольцами» было положено «Положение о полевом управлении войск», разработанное еще в 1915 году. На освобожденной территории предполагалось установить власть военных губернаторов, подчинявшихся командованию армии. Создаваемые губернаторства обрастали старым чиновничеством и авантюристами.
Известный монархист В. В. Шульгин и генерал А. С. Лукомский подготовили доклад об организации при главном командовании Особого Совещания, предназначенного «давать заключения по делам, вносимым на его рассмотрение» главным командованием. 31 августа «Положение об Особом Совещании» было утверждено генералом Алексеевым. «Особое Совещание», как «высший орган гражданского управления» при верховном руководителе Добровольческой армии, взяло на себя управление занятыми территориями. По структуре оно напоминало своеобразный кабинет министров.
Следующим этапом организации гражданской власти была разработка «Временного положения об управлении областями, занимаемыми Добровольческой армией», которому Деникин придавал значение своеобразной временной конституции. В основу проекта были положены законы Временного правительства, но временно устанавливалась неограниченная единоличная диктатура, все государственные образования Юга объединялись на правах автономии вокруг Добровольческой армии и создавалась единая армия. Проект был враждебно воспринят и Кубанской Радой и красновским правительством на Дону.
По мере нарастания успехов осложнялись отношения со своими. Кубанцы в противовес Деникину выдвинули идею, что новая России «будет, по-видимому, результатом договорного объединении автономных областей, федерацией российских штатов», куда войдут Кубань и Грузия как демократические республики.
Разговор о Грузии возник не случайно. В сентябре грузинские войска высадились в Сочи, и Деникин порвал с Грузией всякие дипломатические отношения и принудил к этому кубанцев.
Последняя четверть 1918 года стала переломной для А. И. Деникина. Армия под его командованием усилилась и количественно выросла. В начале августа она прибегла к первым мобилизациям, в конце октября в армию призвали всех офицеров до 40 лет, в конце года стали ставить в строй пленных. Большую поддержку живой силой Деникин получил в Ставрополье. Летом, после первого занятия этой местности, крестьяне отшатнулись от деникинцев. Тогда мобилизация в Ставрополье, в Черноморской губернии дала плачевные результаты. Но вот в Ставрополье пришли красные, принесли с собой новую продовольственную политику, и ставропольские крестьяне опять стали поглядывать в сторону Деникина.
Сентябрьские бои обескровили и белых, и красных. Так, дивизия генерала Врангеля потеряла за август и сентябрь 260 офицеров и 2 460 казаков, приблизительно 100 % состава, и пополнялась за счет казаков освобождаемых отделов. В «добровольческих» полках к концу 2-го Кубанского похода оставалось по 100—150 штыков, но «добровольцы» сохранили боеспособность. «Я видел части, сильно поредевшие, истомленные, полуобмерзшие, в потрепанной легкой одежде — зимняя стужа наступила в этом году рано — и тем не менее готовые к новым боям», — вспоминал Деникин.
Но тут на сторону Деникина стали переходить мобилизованные красными ставропольские крестьяне. Добровольческая армия, которая в ноябре 1918 года состояла из 7,5 тыс. человек (вместе с кубанцами — 43 тысячи), пополненная ставропольцами, выросла (вместе с кубанцами) к 1 января 1919 года до 82 600 штыков и 12 320 сабель. Переход ставропольских полков не был единственным источником пополнения «добровольцев». В ноябре командование начало призыв в ряды армии еще четырех возрастов — 99, 98, 94 и 93-го годов рождения.
С выходом за пределы Кубани «нравы смягчились». «К осени 1918 г. жестокий период гражданской войны «на истребление» был уже изжит», — констатировал Деникин. Кубанские иногородние и украинские красногвардейцы были либо выбиты, либо растворились в частях Красной Армии, подходивших из Центральной России, из других губерний. Пленных стали привлекать к службе. 70 % из них сражались хорошо, 10 % уходили обратно к большевикам, 20 % уклонялись от боев. В целом мера себя оправдала.