В 1853 году началась Крымская война. В условиях блокады Петербурга англо-французской эскадрой и постоянной угрозы высадки вражеского десанта Бакунина в марте 1854 года перевели из Петропавловской крепости в Шлиссельбургскую. Царь и охранка, видимо, не без оснований полагали, что враги могут попытаться освободить Бакунина и использовать его в своих политических целях. Поэтому в инструкции по содержанию государственного преступника он был поименован одним из важнейших арестантов. В отношении к нему требовалось соблюдать «всевозможнейшую осторожность, иметь за ним бдительнейшее и строжайшее наблюдение, содержать его совершенно отдельно, не допускать к нему никого из посторонних и удалять от него известия обо всем, что происходит вне его помещения, так, чтобы сама бытность его в замке (Шлиссельбургской крепости. —
Свидания с родными, в соответствии с полученной инструкцией, поначалу вообще запретили. На первых порах они даже не знали, куда Михаила перевели. Правда, «опасному арестанту» удалось выторговать некоторые поблажки: через жандармов по-прежнему передавались продукты и книги. Для текущих записей Бакунину выдали чернильницу, перо и тетрадь с пронумерованными листами, разрешили прогулки в тюремном дворе, а вот баню запретили, поскольку она находилась далеко от камеры. В качестве особой милости узнику перед обедом (в медицинских целях) разрешили выпивать рюмку водки, дабы у него окончательно не пропал аппетит от тюремной баланды.
Между тем родные не теряли надежды смягчить положение заключенного. Четыре брата Бакунина записались в ополчение, наивно полагая, что их патриотический поступок позволит облегчить его участь. Пятый брат — Александр — пошел добровольцем в действующую армию и всю крымскую кампанию провел в должности унтер-офицера в осажденном Севастополе, где он познакомился и подружился с молодым Львом Толстым (впоследствии, в 1881 году, тот даже гостил у Александра и Павла Бакуниных в Прямухине). Общий патриотический подъем в стране дал Варваре Александровне основание обратиться с прошением к самому царю: «Уже пятеро сыновей моих, верные долгу дворянства, вступили на военную службу на защиту отечества; благословив их на святое дело, я осталась одна без опоры, и могла бы, как милости, молить о возвращении мне шестого, но я молю, Ваше величество, о дозволении ему стать с братьями в передних рядах храброго вашего воинства и встретить там честную смерть или кровью заслужить право называться моим сыном. Ручаюсь всеми сыновьями моими, что, где бы он ни был поставлен волею Вашего величества, он везде исполнит долг свой до последней капли крови». Увы, прошение осталось без последствий. Царь не внял мольбе старой и несчастной матери…
Тяжелая война наконец-таки завершилась. Упования семьи оживились с новой силой — в особенности после смерти Николая I и вступления на престол Александра II. Однако будущий «царь-освободитель» также не страдал сентиментальностью, когда дело касалось врагов династии, и оказался таким же неумолимым, как его отец. Он даже запретил узнику разместить в камере токарный станок в качестве, как бы сегодня сказали, спортивного тренажера, ибо неподвижный образ жизни Бакунина в условиях замкнутого пространства отрицательно сказывался на состоянии его здоровья.