Иностранные заказчики указали на другие недостатки Ту-134, например, на малый объем багажников. Дело усугублялось тем, что иностранцы любили большие мягкие баулы, которые нельзя ставить друг на друга, и объем багажников использовался не полностью. Доходило до абсурда: летит из пункта А в пункт Б Ту-134 с пассажирами, а следом… Ил-18 с их багажом! К сожалению, этот недостаток не поддавался устранению, т.к. был связан с происхождением самолета от Ту-124. Диаметр фюзеляжа составлял 2,9 м против 3,2-3,5 м у «одноклассников», что не позволяло убрать багажники под пол. Отсюда и значительная высота их загрузки – 2,33 м, что тоже вызывало нарекания.
Были претензии и к отсутствию стационарной кислородной системы, световых табло над выходами (на Ту-134А они появились), системы опрыскивания спецжидкостью остекления пилотской кабины для сохранения прозрачности во время ливня. С кислородной системой вышел конфуз: приказом начальника ГУ ГВФ Логинова от 6 июля 1962 г. она была упразднена на всех самолетах Аэрофлота как «ненужная и пожароопасная». Ее отсутствие стало одной из причин того, что наши авиалайнеры покупали почти исключительно соцстраны: на Западе такая система стала обязательной. Решение Логинова аукнулось в конце 1980-х гг., когда произошло несколько случаев разгерметизациисамолетов Аэрофлота на большой высоте (в том числе Ту-134А-3 СССР-65053 5 ноября 1989 г.), и от кислородного голодания пострадали люди.
ОКБ и серийный завод не прекращали совершенствование машины, вносили поправки в порядок эксплуатации, расширяли существовавшие изначально ограничения. Так, эта кропотливая работа позволила увеличить назначенный ресурс Ту-134 с 30000 ч до 35000 ч, а затем до 45000 ч налета, удвоить межремонтный ресурс, доведя его до 10000 ч. ОКБ-19 и Пермский моторный завод тоже не сидели сложив руки: межремонтный ресурс Д-30, поначалу равный всего 1500 ч, к 1976 г. также удвоили.
Капремонтом «стотридцатьчетверки» сначала занимался АРЗ № 400 ГА во Внуково. Но в 1972 г. на линии вышел Ту-154, и это предприятие переключили на него, а Ту-134 передали минскому АРЗ N° 407 ГА и ростовскому АРЗ № 412 ГА. Двигателями Д-30 занимался АРЗ № 402 ГА (Москва-Быково). Уже в постсоветский период ремонтировать Ту-134Ш стал АРЗ N9 712 ВВС России в Челябинске. За рубежами СССР выполняли лишь мелкий ремонт. Например, авиатехническая база в Праге занималась «стотридцатьчетверками» авиакомпаний CSA и Interflug.
Среди работ, выполняемых во время ремонтов, можно отметить устранение усталостных трещин. Например, у Ту-134А, налетавших более 30000 ч, таковые возникали в углах проемов аварийных выходов и служебной двери, где концентрируется напряжение в металле (овальной входной двери эта беда не коснулась). Эти трещины засверливали и поверх приклепывали накладки-усилители.
Иллюстрацией эксплуатации Ту-134 в Аэрофлоте может служить пример Коми УГА, где новый самолет внедряли экстренным образом в связи со списанием Ан-10, которые «тянули» весь объем перевозок на загруженных линиях. Первая машина (Ту-134А СССР-65958) поступила в Сыктывкар в марте 1973 г. Под Ту-134 пришлось модернизировать аэропорты: в Сыктывкаре, Воркуте и Ухте удлинили ВПП, а в Усинске построили новую ВПП. Постепенно Коми УГА восстановило традиционные маршруты Ан-10 и освоило новые. Из Сыктывкара летали в Москву, Ленинград, Сочи, Краснодар, Минеральные Воды, Анапу, Иркутск, Семипалатинск и Усть-Каменогорск, а также в Софию, Варну и Бургас через Киев. Из Ухты и Воркуты выполняли рейсы в Москву, Ленинград, Сочи и Симферополь. Когда Саранск, Йошкар-Ола, Чебоксары и Пенза стали принимать Ту-134, сыктывкарские «тушки» связали эти города с черноморскими курортами.
По словам главного инженера бывшего Коми УГА (позже – авиакомпаний «Коми-авиа», «Комиавиатранс» и «Комиинтеравиа») С.С. Еремина, «в чартерных перевозках облазили всю Европу, а в Азии добирались до Дели, Пекина (Эмираты не в счет). При этом бывали вполне приличные плечи. […] Надо заметить, что интенсивность использования парка на всех стадиях его роста всегда была на уровне «призовых» мест по МГА – до 2400 часов в год на среднесписочный самолет. А конкретные самолеты давали до 380 часов в летний месяц! Для ВМС, к числу которых изначально относили Ту- 134А, это весьма приличные показатели. Максимальный по парку налет был достигнут в 1992 г. – 50000 часов,., рекордный для одного эксплуатанта показатель. Общий налет Ту- 134А (Б) в Коми на сегодня (2002 г. – Авт.) составляет около 900000 часов – тоже рекордная величина».