Война, начавшаяся в сентябре 1939 года, застигла немецкий флот слишком далеко от рубежей, намеченных «Планом Z». Не были достроены даже первенцы германского флота – линкоры «Бисмарк» и «Тирпиц». Работы на «Графе Цеппелине» продолжались, и ожидалось, что он будет достроен в конце 1940 года и войдет в строй в конце 1941 года. После споров на высшем уровне в командовании флота и правительстве постройка всех военных кораблей была прекращена за исключением линкоров «Бисмарк» и «Тирпиц», тяжелых крейсеров «Принц Ойген» и «Зейдлиц» и авианосца «Граф Цеппелин». Авианосец «В» был разобран.
Стремительное наступление немецких войск на Западе и усиление подводной войны еще больше замедлили работы на авианосце. 29 апреля 1940 года командующий немецким флотом отметил: «Фюрер придерживается того мнения, что, учитывая возможный прогресс в области авиации, авианосцы с самолетами, имеющими двигатели внутреннего сгорания, не будут полезны в этой войне». К маю 1940 года все работы на «Графе Цеппелине» были приостановлены.
В июне 1940 года, чтобы освободить место на верфи для других кораблей и обезопасить авианосец от угрозы английских воздушных атак, «Граф Цеппелин» был переведен на восток в польский порт Гдыня. Корабельные 150-мм орудия были сняты для установки на береговых батареях в Норвегии, его камбуз и лазарет были сняты и использовались в школе подводников в Гдыне. Однако зенитные орудия, установленные на корабле, были оставлены на месте. Некоторые из них уже стреляли по английским самолетам, а один 37-мм автомат даже попал в собственную радиомачту, прикрепленную к трубе, нанеся авианосцу первые повреждения.
Интерес немецкого флота к авианосцу то затухал, то снова разгорался. В июле 1940 года, когда пала Франция, а капитуляция Англии казалась неизбежной, было принято решение достроить «Граф Цеппелин» и отправить его в море на испытания. В это время германское адмиралтейство издало документ, озаглавленный «Взгляды морского штаба на расширение флота после войны». В нем говорилось:
«Судя по всему, необходимо создать крейсер, несущий достаточное количество самолетов для разведывательных целей и эскорта независимо действующей группы, возможно, вместо авианосца. Морской штаб рассмотрел корабль, аналогичный крейсеру «М» (8500 тонн, 600 футов), несущий около 14 самолетов. Чтобы обеспечить возможность обслуживания и действий самолетов, придется сделать определенные уступки в скорости хода и вооружении».
Однако флот был целиком занят подготовкой вторжения в Англию и дальнейших операций, для которых были бесполезны и «Граф Цеппелин», и крейсер-авианосец.
Война продолжалась, и немцы с интересом следили за успехами японских и английских авианосцев. Роль английских авианосцев в потоплении «Бисмарка», атака английскими авианосцами Таранто, триумф японцев в Пирл-Харборе способствовали появлению в марте 1942 года рапорта командующего флотом Гитлеру, в котором говорилось: «Авианосец имеет решающее значение для операций наших тяжелых кораблей». Гитлер согласился, что авианосец совершенно необходим, но рапорт того же командующего флотом от 12 апреля 1942 года оставлял мало надежд на то, что «Граф Цеппелин» будет готов в ближайшем будущем.