Отчет об изучении вопроса об атомной машинной установке для авианосца был представлен МакНамаре 20 апреля 1963 года. Министр сразу отверг его. Он охарактеризовал выводы как «интуитивные», а не «вычисленные». МакНамара объяснил командованию флота, что отчет не смог показать значение увеличения эффективности, которое может быть достигнуто атомными кораблями. Отказ МакНамары заставил флот собрать детальные данные об операциях обычных и атомных кораблей в различных районах мира, при различной интенсивности операций, в различных возможных ситуациях. Флот хотел продемонстрировать значимость увеличения боевой эффективности, чтобы оправдать увеличение стоимости машинной установки.
Вторая попытка ВМФ была предпринята 12 августа. МакНамара получил новый отчет. Он тоже был отослан назад для доработки. Пока ожидалось прибытие пересмотренного отчета, 9 октября министр обороны сообщил командованию ВМФ, что он против установки атомного реактора на CVA-67, и заказал постройку корабля с обычной машинной установкой. МакНамара объяснял свое решение желанием избежать дальнейших задержек с постройкой. Он также сообщил, что это не предрешает судьбы атомных машинных установок на будущих кораблях.
Решение МакНамары вызвало взрыв протеста со стороны ВМФ и конгресса. Военно-морской министр Фред Корт ушел в отставку, заставив вспомнить об отставке Джона Салливена после отмены постройки первого суперавианосца «Юнайтед Стейтс». Эта отставка тоже не возымела эффекта. Объединенный комитет конгресса по атомной энергии провел слушания по этому вопросу. Сенатор Джон О. Пастор, избранный председателем комитета, объявил: «Факты, полученные комитетом в прошлом, и слушания, проведенные на борту атомного авианосца «Энтерпрайз» 31 мая 1962 года, показывают, что по своим характеристикам атомные корабли значительно превосходят обычные. Если бы основой для решения о типах кораблей были только экономические соображения, то флот не должен был в свое время переходить от паруса к углю, а от угля – к нефти».
Комитет выслушал ряд свидетелей от Комиссии по атомной энергии, возглавляемых председателем комиссии Гленном Сиборгом и вице-адмиралом Риковером. Свидетелей флота возглавляли министр Фред Корт и начальник штаба ВМФ адмирал Дэвид Л. МакДональд. Делегацию министерства обороны возглавляли МакНамара и доктор Гарольд Браун, директор института оборонных исследований и техники.
Во время слушаний министр обороны МакНамара заявил, что стоимость атомного авианосца на 1/3 выше, чем обычного:
Сторонники атомных кораблей сразу отметили, что в расчет не берется стоимость нефти для действий обычного корабля, тогда как стоимость урановых стержней, которые обеспечивают атомный корабль «топливом» на 7 лет, учтена. Была подвергнута сомнению необходимость включения стоимости дополнительной эскадрильи в стоимость постройки и эксплуатации корабля.
Объясняя свою позицию, МакНамара заявил комитету:
«Атомный авианосец имеет характеристики, которых нет у обычного авианосца. В этом смысле атомный авианосец превосходит обычный. Но, по моему мнению, которое разделяют и другие, замена не усилит нас перед лицом Советов».
Когда сенатор Пастор спросил, нужен ли вообще новый авианосец, МакНамара ответил: «Я в этом не очень убежден». Он объяснил свое заявление так: «Я не склонен верить, что он нужен нам, также, впрочем, как и многое другое. Я также не верю, что нам нужны дополнительные возможности, которые обеспечит этому авианосцу атомная машинная установка».
Комитет выпустил итоговый отчет 21 декабря 1963 года. В нем аргументы МакНамары в пользу обычных авианосцев на основе критерия «стоимость-эффективность» были названы «вводящими в заблуждение», «дезориентирующими» и «ошибочными». Комитет заявил, что общая стоимость атомного авианосца за все время его жизни (30 лет) лишь на 3 % больше стоимости постройки и эксплуатации обычного авианосца и его самолетов. Комитет рекомендовал:
1. Решение об установке на CVA-67 обычной машинной установки отменить и подготовить планы установки на корабле атомной машинной установки.
2. США впредь будут устанавливать на всех крупных военных кораблях атомные машинные установки.
3. Продолжать энергичные исследовательские и конструкторские работы по разработке атомных машинных установок для надводных кораблей.