Их одиссея закончилась через 2 недели. 4 человека умерли, прежде чем вельбот был замечен американской базой гидросамолетов «Баллард». Один из японцев скончался на борту «Балларда», но 4 офицера и 30 матросов машинной команды «Хирю» были спасены.
Пятый авианосец был потоплен уже после боя. Получив приказ капитана 1 ранга Букмастера, экипаж покинул «Йорктаун», однако авианосец не только не перевернулся, а почти выровнялся без помощи людей. После эвакуации команды крейсера и эсминцы бросили авианосец и пошли на восток, подальше от японцев. В 18.00 адмирал Флетчер отправил один эсминец, чтобы тот держался рядом с «Йорктауном» и потопил авианосец, если его попытаются захватить японцы. Утром 5 июня командир эсминца радировал в Пирл-Харбор, что, по его мнению, корабль еще можно спасти. Потом наблюдатели эсминца заметили пули, вспенивающие воду между двумя кораблями, а затем и человека, машущего им с палубы авианосца. Оказалось, что на «Йорктауне» остались двое раненых, брошенных умирать в лазарете. Один – который скончался вскоре после спасения – сумел выползти наверх и открыл огонь из пулемета, чтобы привлечь к себе внимание. Адмирал Нимиц, внимательно следивший за ходом боя, приказал еще одному эсминцу, буксиру и тральщику идти на помощь авианосцу. Если бы имелся большой буксир или крейсер, который смог бы буксировать «Йорктаун», тот несомненно был бы спасен. Однако 5 июня прибыл только маленький тральщик «Вирео». В 14.26 с него на авианосец завели буксирный трос, но тральщик смог лишь развернуть авианосец против встречного восточного ветра. 2 эсминца, прибывшие чуть позднее, высадили на авианосец аварийную партию, которая расклепала якорные цепи, чтобы облегчить корабль. Тем временем, в 150 милях от собственного корабля капитан 1 ранга Букмастер сформировал на борту эсминца «Хамманн» спасательную партию из 29 офицеров и 141 матроса. «Хамманн» и еще 2 эсминца помчались навстречу еле ползущему «Йорктауну». 6 июня в 14.00 они нашли авианосец. Вскоре прибыл еще один эсминец, и теперь «Йорктаун» прикрывали в общей сложности 6 эсминцев.
Капитан 1 ранга Букмастер и его люди, вернувшиеся на корабль, потушили единственный еще горящий пожар и начали контрзатопление, чтобы выровнять крен. Они сбрасывали в воду самолеты и оборудование, чтобы облегчить корабль. «Хамманн» стоял у борта «Йорктауна», обеспечивая подачу электроэнергии, а остальные эсминцы кружили вокруг авианосца, прикрывая его от атак подводных лодок. Казалось, «Йорктаун» все-таки будет спасен.
Помешали этому адмирал Ямамото и вице-адмирал Нагумо. Покинув горящий «Акаги», Нагумо перенес флаг на легкий крейсер. Вечером 5 июня он приказал гидросамолету крейсера произвести разведку в западном секторе. Самолет сообщил, что «Йорктаун» брошен командой и дрейфует. Получив это донесение, адмирал Ямамото направил подводную лодку I-168 добить авианосец. I-168 была одной из подводных лодок дозора, развернутого слишком поздно, чтобы принять участие в бою. Лодка успешно проникла внутрь завесы эсминцев вокруг «Йорктауна», приблизилась к нему на расстояние 600 ярдов и описала круг вокруг авианосца. 6 июня в 13.30 подводная лока выпустила 4 торпеды. Одна прошла мимо. Две проскочили под килем «Хамманна» и попали в авианосец, четвертая попала в эсминец. Взрывом торпеды «Хамманн» переломило пополам, и через 4 минуты он затонул. Из 241 человека экипажа погиб 81, а еще несколько моряков скончались позднее от ран.
3 эсминца бросились за I-168, а 2 начали поднимать из воды моряков «Хамманна». Командир подводной лодки капитан-лейтенант Яхати Танабэ легко ушел от преследователей, и I-168 осталась цела. «Вирео» отдал буксирный трос и снял спасательную партию с авианосца.
«Йорктаун» упрямо держался на плаву, и капитан 1 ранга Букмастер собирался на следующее утро возобновить спасательные работы. Однако ночью крен авианосца начал быстро увеличиваться. 7 июня в 6.00 «Йорктаун» затонул. Присутствовавшие при этом эсминцы приспустили флаги.
Post mortem