Команда корабля была занята подготовкой самолетов к взлету. О грозящей опасности узнали лишь тогда, когда на палубе «Kara», находившегося невдалеке по левому борту, заметили яркие вспышки огня и взрывы, взметнувшие в небо огромные столбы черного дыма. Тут же все увидели, что 13 американских бомбардировщиков в крутом пике идут прямо на «Soryu». Выло 10:25.
В течение трех минут в авианосец попало три бомбы. Первая разорвалась на полетной палубе перед носовым лифтом, а две следующие накрыли центральный лифт, до неузнаваемости разворотив палубу. Вскоре огонь перекинулся на цистерны с бензином и погреб боеприпасов. К 10:30 вызываемые огнем взрывы следовали один за другим. В течение десяти минут остановились главные машины, вышла из строя система рулевого управления, были уничтожены пожарные магистрали. Уже через 20 минут после попадания первой бомбы весь авианосец был охвачен таким сильным пламенем, что его командиру Янагимото пришлось отдать приказ покинуть корабль. Многие бросались в море, где их подбирали эскадренные миноносцы. Другие члены экипажа переправлялись на эскадренные миноносцы более организованно.
В 1913 на глазах членов команды, которые находились на борту эскадренных миноносцев, все еще продолжавший громыхать взрывами «Soryu» погрузился в морскую пучину, унося с собой тела 718 человек и командира
Первые попадания в «Yorktown» - пожар у основания дымовой трубы был вскоре ликвидирован
Весь этот ужасающий урон японскому флоту американцы нанесли при относительно небольших потерях - 69 самолетов. Не все из них были сбиты, из-за нехватки топлива при возвращении назад упали в воду все истребители сопровождения, не дотянули до Мидуэя и рухнули в лагуну пара пикирующих бомбардировщиков. Тем не менее, победа американской авиации была налицо.
Когда из-за полученных повреждений «Akagi» как флагманский корабль ударного авианосного соединения Нагумо перестал существовать, командование соединением на некоторое время автоматически перешло к контр-адмиралу Абэ, командиру 8-й дивизии крейсеров, который держал свой флаг на тяжелом крейсере «Тою». Командование авианосной авиацией принял контр-адмирал Ямагути, командир 2-й дивизии авианосцев. Его флагман «Hiryu» был единственным авианосцем, не имевшим повреждений после опустошительного налета пикирующих бомбардировщиков.
«Hiryu» находился значительно севернее и пока обнаружен не был. Поднятые с него 18 пикирующих бомбардировщиков в сопровождении 6 истребителей нанесли ответный удар по авианосцу «Yorktown». При первой атаке 12 бомбардировщиков были сбиты истребителями и 2 - зенитной артиллерией, но, прорвавшись к цели, самолеты добились 3 бомбовых попадании в корабль. Две бомбы взорвались, пробив полетную палубу, в ангаре возник пожар и загорелись самолеты Третья бомба взорвалась в дымовой трубе, погасив топки котлов. Авианосец временно потерял ход. Однако вскоре пожары были ликвидированы. повреждения частично устранены и корабль смог возобновить взлетно-посадочные операции
Вторая атака по авианосцу была совершена 15 торпедоносцами, 5 из них прорвались к кораблю и добились двух торпедных попаданий. Взрывом торпед был сильно разрушен корпус.
Находившиеся в воздухе самолеты с «Yorktown» вынуждены были садиться на другие авианосцы. Машины авианосца перестали работать; корабль получил крен на левый борт, который постепенно нарастал и достиг 23°.
В растерянности экипаж покинул накренившийся корабль. Утром следующего дня покинутый авианосец был обнаружен американским буксиром?! На корабль была высажена аварийно-спасательная партия. Командиру «Yorktown» было приказано (•!) вернуться на корабль с командой в 250 человек для временной заделки повреждений в корпусе и подготовки авианосца для буксировки в базу Перл-Харбор.
Высадившаяся на авианосец команда потушила пожар и приступила к ликвидации повреждений корпуса, однако завершить работы не удалось. Авианосец был атакован японской подводной лодкой 1-168, которая выпустила в него 2 торпеды. Сначала предполагалось, что торпеды попали в поврежденный левый борт, однако вскоре выяснилось, что атака была произведена с противоположного - правого. Новые повреждения оказались для «Yorktown» роковыми. Через полчаса после этого с него была снята спасательная партия и рано утром 7 июня, то есть почти через 3 дня после первого повреждения, авианосец опрокинулся и затонул.