Прежний 9-й (монголо-синьцзянский) отдел стал самостоятельным подразделением Генштаба под названием Отдела специальных заданий (начальник — полковой комиссар Н.С.Соркин, с 1939).
Июль 1940 года — Приказом НКО №0038 (о структуре ГШ КА) от 26 июля 1940 года РУ включено в ГШ КА и стало называться РУ ГШ КА
Начальник — генерал-лейтенант Ф. И. Голиков (с июля 1940);
Зам. начальника — генерал-майор А. П. Панфилов (с июня 1940), генерал-майор И. Г. Рубин (с июля 1940);
1-й (западный) отдел: начальник полковник А.М.Кузнецов (с августа 1940);
2-й (балканский) отдел: полковник С.М.Чувырин (с августа 1940);
3-й (восточный) отдел: полковник А.П.Кисленко (с августа 1940);
4-й (военно-технический) отдел: военинженер 1-го ранга А. А. Коновалов (с августа
1940);
5-й (специальный) отдел: полковник Х.-У.Д. Мамсуров (с августа 1940);
6-й (паспортный) отдел: генерал-майор Н.И.Егорычев (с августа 1940);
7-й (приграничной разведки) отдел: полковник И. В. Виноградов (с августа 1940);
8-й (радиоразведки и радиосвязи) отдел: военинженер 1-го ранга И. Н. Артемьев (с мая 1939);
9-й (шифровальный) отдел: майор Л.С.Пелевин (с октября 1939);
10-й (дешифровальный) отдел: полковник Н.А.Филатов (с августа 1940);
Отдел внешних сношений: полковник А. В. Герасимов (с июля 1940);
Отдел Центральной военной цензуры: полковой комиссар А.Ф.Кобелев (с августа
1940);
Информационный отдел: генерал-майор Н.И.Дубинин (с сентября 1940);
Отдел спецзаданий: полковой комиссар Н.С.Соркин (с декабря 1939);
Общий отдел: полковник С.Ф. Пивоваров (с августа 1940);
Отдел кадров: полковник А. Н. Кондратов (с июня 1940);
Политотдел: генерал-майор (ранее дивизионный комиссар) И. И. Ильичев (с июня 1938);
Административно-хозяйственный отдел: полковник Г.Н.Жданов (с августа 1940), полковник Ф. С. Веселов (с сентября 1940);
Высшая специальная школа: генерал-майор Н.Е. Чуваков (с сентября 1940);
Разведывательные курсы усовершенствования комсостава Высшей специальной школы: полковник Д. И. Гончаров (с сентября 1940);
НИИ по технике связи: военинженер 1-го ранга И.С.Киселенко (с июня 1938);
Институт оперативной техники: полковник В.С.Четвериков (с декабря 1939).
18 сентября 1940 года Нарком обороны С.К.Тимошенко и начальник Генерального штаба К.А.Мерецков представили в ЦК ВКП(б) И.В.Сталину и В.М.Молотову военнооперативный план «Соображения об основах стратегического развертывания Вооруженных Сил Советского Союза на Западе и на Востоке на 1940-1941 годы», содержавший на основе данных военной разведки анализ военно-политической обстановки, состояния вооруженных сил вероятных противников и их оперативных планов
15 января 1941 года начальник Разведуправления Ф.И.Голиков издал приказ о составлении мобилизационного плана Разведуправления к 15 апреля 1941 года
С 23 января по 22 февраля 1941 года Разведуправление провело сборы начальников разведотделов штабов военных округов и армий с целью отработки организации деятельности при переходе их с мирного на военное время
24 февраля 1941 года начальник Разведуправления генерал-лейтенант Ф.И.Голиков направил директиву всем начальникам разведотделов приграничных военных округов и отдельных армий о приведении их и оперативных пунктов в мобилизационную готовность к 10 мая 1941 года
20 марта 1941 года на основании разведывательных данных начальник Разведуправления Ф.И.Голиков представил политическому и военному руководства страны специальный доклад «Высказывания, оргмероприятия и варианты боевых действий германской армии против СССР»
Май 1941 года — начальник Генерального штаба Г.К.Жуков по предложению Разведуправления утвердил план мероприятий по созданию в приграничных округах запасов оружия, боеприпасов и военного имущества иностранного образца, подрывных средств для спеццелей, по организации запасной агентурной сети на основных объектах или вблизи их с соответствующей системой связи на нашей территории глубиной 100-150 км от границы. Принято решение об увеличении количества разведывательных радиодивизионов на Западном театре военных действий и закреплении за ними приписного состава
Приказ НКО №0033 от 16 февраля 1942 года о реорганизации РУ ГШ КА в ГРУ ГШ
КА
Главное разведывательное управление Генерального штаба Красной Армии (февраль 1942 года):
Начальник — генерал-майор А. П. Панфилов
Военный комиссар — бригадный комиссар И. И. Ильичёв
1-е Управление (агентурное) в составе:
1-й отдел (Германский)
2-й отдел (Европейский)
3-й отдел (Дальневосточный)
4-й отдел (Ближневосточный)
5-й отдел (диверсионный)
6-й отдел (фронтовой, армейской и окружной разведки)
7-й отдел (оперативной техники)
8-й отдел (агентурной связи и радиоразведки)
2-е Управление (информационное) в составе:
1-й отдел (Германский)
2-й отдел (Европейский)
3-й отдел (Дальневосточный)
4-й отдел (Ближневосточный)
5-й отдел (редакционно-издательский)
6-й отдел (войсковой информации)
7-й отдел (дешифровальный)
Политический отдел
Отдел внешних сношений Отдел специальных заданий Отдел специальной связи Отдел военной цензуры
Отдел материально-технического обеспечения Контрольно-финансовый отдел Отдел кадров