Первый отдел (западный агентурный) — начальник комдив О.А.Стигга (апрель-ноябрь 1937 г.), врид начальник майор А.И.Старунин (ноябрь 1937 — май 1939 г.).
Второй отдел (восточный агентурный) — начальник комбриг А.Ю.Гайлис (апрель-июль 1937 г.), врид начальника майор, затем полковник Н.В.Хабазов (апрель 1937 — июль 1938 г.).
Третий отдел (военно-техническая разведка) — начальник комдив О.А.Стигга (январь 1935 — ноябрь 1937 г.), врид начальника бригадный комиссар М.Я.Вайнберг (ноябрь 1937 — июнь 1938 г.).
Четвертый отдел (военно-морская разведка) — начальник капитан 2-го ранга М. А. Нефедов (февраль 1936 — 1937), врид начальника капитан 2-го ранга
A.М.Якимычев (1937-1938).
Пятый отдел (руководство разведкой округов и флотов) — начальник комбриг
B.Г.Боговой (февраль 1936 — июнь 1937 г.), врид начальника майор С.В.Блохин (август 1938 — март 1939 г.).
Шестой отдел (радиоразведка) — начальник бригадный комиссар Я.А.Файвуш (февраль 1936 — декабрь 1937).
Седьмой отдел (дешифровальный) — начальник полковник П.Х.Харкевич (февраль 1936 — февраль 1939 г.).
Восьмой отдел (военная цензура) — начальники дивизионный комиссар П.А.Колосов (февраль 1936 — апрель 1937 г.), дивизионный комиссар Е.В.Стельмах (апрель-июль 1937 г.), врид начальника полковник И.И.Пузырев (август 1937 — 1938).
Девятый отдел (специальных заданий) — начальник комбриг В.Н.Панюков (февраль 1936 — май 1937 г.), врид начальника Н.С.Соркин (май 1937 — декабрь 1939 г.).
Десятый отдел (специальной техники) — начальники бригадный комиссар
A.П.Лозовский (февраль 1936 — декабрь 1937 г.), майор А.Ф.Васильев (декабрь 1937
— май 1939 г.).
Одиннадцатый отдел (внешних сношений) — начальник комкор А.И.Геккер (февраль 1936 — февраль 1937 г.), врид начальника майор Н.И.Дубинин (ноябрь 1937
— июль 1938 г.).
Двенадцатый отдел (административный) — начальник бригадный комиссар Д.И.Троицкий (ноябрь 1936 — сентябрь 1937 г.), врид начальника интендант 1-го ранга
B.П.Крюков (1937 — май 1938 г.).
Тринадцатый отдел (спецрадиосвязи) — врид начальника военинженер 2-го ранга И.Н.Артемьев (декабрь 1937 — май 1939 г.).
Отделение «А» — начальники бригадный комиссар Г. Л.Туманян (февраль 1936 — апрель 1938 г.), полковник Х.-У.Д.Мамсуров (апрель 1938 — май 1939 г.).
Секретно-шифровальное отделение — начальники полковой комиссар Э.Я.Озолин (январь 1935 — ноябрь 1937 г.), майор Н.А.Филатов (сентябрь 1938 — май 1939 г.).
Отделение связи — начальники старший лейтенант В.А.Зимин (февраль 1936 — апрель 1938 г.), майор М.С.Маслов (июль 1938 — июнь 1939 г.).
Регистрационное отделение Редакционно-издательское отделение Отделение кадров Финансовое отделение
ЦШПКШ — начальники полковник Ф.П.Смирнов (октябрь 1934 — апрель 1938 г.), полковник М.А.Шалин (апрель 1938 — июнь 1939 г.).
РКУКС — начальник полковник В.И.Швецов (октябрь 1935 — сентябрь 1939 г.). НИИ по технике связи — начальник бригадный инженер А.И.Гурвич (январь 1935
— декабрь 1937 г.), врид начальника военинженер 1-го ранга М. А. Кожевников (декабрь 1937 — май 1938 г.), военинженер 2-го ранга И.С.Киселенко (июнь 1938 — 1941 г.).
1938 год — передача вопросов морской разведки в ведение НКВМФ
5-е (Разведывательное) управление НКО СССР (май 1939 года):
341 военнослужащий, 189 вольнонаёмных
Начальник — комдив (с мая 1940 генерал-лейтенант) И.И.Проскуров (с апреля 1939);
Зам. начальника — майор А.Ф. Васильев (с мая 1939);
1-й (западный) отдел: начальник майор (затем полковник) Ф.А.Феденко (с мая 1939);
2-й (восточный) отдел: майор (затем полковник) А. П. Кисленко (с мая 1939);
3-й (военно-технический) отдел: военинженер 1-го ранга А.А.Коновалов (с мая 1939);
4-й (паспортный) отдел: майор (затем полковник) С.Ф. Пивоваров (с июля 1939);
5-й (информационный) отдел: исполняющий должность начальника полковник Г. П. Пугачев (с августа 1939);
6-й (приграничной разведки) отдел: начальник полковник Т.Ф. Корнеев (с декабря 1939);
7-й (радиоразведки) отдел: майор (затем полковник) Ф.П.Малышев (с октября 1939);
8-й (радиосвязи) отдел: военинженер 1-го ранга И. Н. Артемьев (с мая 1939);
9-й (шифровальный) отдел: майор Н.А.Филатов (с мая 1939), майор Л.С.Пелевин (с октября 1939);
10-й (внешних сношений) отдел: полковник Г.И.Осетров (с мая 1939);
11-й (дешифровальный) отдел: майор Н.А.Филатов (с октября 1939);
Специальный отдел «А»: полковник Х.-У.Д.Мамсуров (с мая 1939);
Политотдел: бригадный комиссар И. И. Ильичев (с июня 1938);
Отдел кадров: зам. начальника бригадный комиссар И.Ф.Туляков (с июня 1939);
Общий отдел: начальник майор (затем полковник) М.С.Маслов (с июня 1939);
Административно-хозяйственный отдел: майор (затем полковник) К. Н. Деревянко (с июня 1938);
Центральная школа подготовки командиров штаба — майор П.С.Петров (с октября 1939);
Курсы усовершенствования комсостава — полковник Д.И.Гончаров (с октября
1939);
НИИ по технике связи — военинженер 1-го ранга И.С.Киселенко (с июня 1938);
Институт оперативной техники (в составе Управления с 1939, штаты: 16 военнослужащих, 21 вольнонаемный) — В.С.Четвериков (с декабря 1939).