Уже упоминалось, что в августе 1918 г. Комучем были отменены приказы по войску № 2 и 21 (от 4 августа 1918 г.), регламентировавшие применение смертной казни. Военно-судебные учреждения Оренбургского военного округа должны были руководствоваться приказом № 31 от 14 августа 1918 г. по Оренбургскому казачьему войску, Оренбургской губернии и Тургайской области, по которому военно-полевому суду предавались лица, обвинявшиеся в подстрекательстве, шпионаже, диверсиях, участии в скопищах, нападении на часового, убийстве, разбое, насилии, хранении неохотничьего огнестрельного оружия и взрывчатых веществ без разрешения. Приказ распространялся на преступления, совершенные с 18 января 1918 г.1769 – со дня захвата Оренбурга красными.
В своей работе суд также руководствовался приказом по Оренбургскому казачьему войску № 75 от 18 августа 1918 г., согласно которому за антиправительственные речи и сочинения и их публичное произнесение полагалась ссылка на поселение, за антиправительственную агитацию в войсках – каторжные работы, а за составление антиправительственных речей – заключение в крепость на срок до трех лет1770. Любопытно определение, кого следовало относить к большевикам и их пособникам – лиц, служивших в РККА или Красной гвардии на строевых должностях, на должностях комиссаров (кроме выборных), лиц, занимавших ответственные посты в военных и карательных учреждениях большевиков, доносчиков, если их доносы послужили причиной ареста или гибели кого-либо, участников большевистских обысков и арестов, а также всех, кто добровольно боролся в рядах красных с оружием в руках1771.
Интересна практика военно-полевого суда, работавшего в Оренбурге под председательством полковника В.Ф. Кретчмера. К примеру, за первый побег со службы младший унтер-офицер 18-го Оренбургского стрелкового полка К. Болотский был приговорен к месяцу тюремного заключения с потерей некоторых прав и преимуществ по службе1772. За опоздание на службу по мобилизации на срок до 24 дней полагалось от одного до двух месяцев тюрьмы, за опоздание на больший срок полагалась смертная казнь. Так, 22 ноября к лишению всех прав состояния и смертной казни за 25-дневное опоздание на службу по мобилизации был приговорен младший фейерверкер мортирной батареи 5-й стрелковой артиллерийской бригады П.П. Марков, 30 лет. Приговор утвержден главным начальником Оренбургского военного округа Генерального штаба генерал-майором И.Г. Акулининым1773. Однако, «принимая во внимание его, подсудимого, чистосердечное сознание, добровольную явку и тяжелое семейное положение по уборке хлеба, а также письменное заявление командующего мортирной батареей 5-й стрелковой артиллерийской бригады суд… ОПРЕДЕЛЯЕТ: ходатайствовать перед командующим Войсками заменить подсудимому Петру Маркову назначенное ему наказание содержанием в тюрьме Военного ведомства сроком на ЧЕТЫРЕ месяца с лишением унтер-офицерского звания и с потерей некоторых прав и преимуществ по службе»1774. Налицо известная мягкость приговора.
Бывало, что приговоры военно-полевого суда смягчались войсковым начальством. К примеру, в июле 1918 г. временно командовавший в отсутствие Дутова войсками Оренбургского военного округа Генерального штаба полковник И.Г. Акулинин смягчил приговор прапорщику Б. Мартынову, заменив лишение всех прав состояния и смертную казнь разжалованием в рядовые и отправкой «в распоряжение генерала Ханжина1775 с назначением на один из наиболее опасных фронтов, где бы он кровью мог смыть свой позор»1776. Смертный приговор активному стороннику большевиков есаулу И.А. Юдину был также смягчен. Юдин был разжалован в рядовые и приговорен к заключению в крепости, на повестку Войскового Круга Дутовым было вынесено предложение о лишении его казачьего звания1777. Оренбургским командованием практиковалось не только смягчение приговоров, но и полное освобождение заключенных, если это диктовалось государственными интересами. Так, по просьбе башкирского политика С. Мрясова войсковой администрацией были освобождены из тюрьмы башкиры, арестованные по обвинению в большевизме1778.