В военное время атаман отдела формировал при мобилизации льготные части, выставляемые отделом, инспектировал мобилизованные части по возвращении их в войско. Атаманы отделов осуществляли надзор за общественным управлением в станицах и имели полномочия увольнять станичных и поселковых должностных лиц, за исключением станичных атаманов и почетных судей, за проступки. За маловажные проступки атаманы отделов имели право подвергать виновных выговорам, замечаниям или денежному взысканию до 5 руб. и аресту до семи дней. Несмотря на наличие штата помощников, атаманы отделов не справлялись с возложенными на них обязанностями.
Территория каждого отдела подразделялась на два полковых округа, служившие территориальными районами комплектования льготных полков. В одном полковом округе к началу ХХ в. проживало по 32 000—36 000 душ мужского пола войскового сословия. Каждую осень атаманы отделов объезжали станицы, проверяя их военную, хозяйственную и общественную деятельность.
Станицы и поселки имели свое местное самоуправление. На станичном уровне оно включало: станичного атамана, станичный сбор, станичное правление и станичный суд. Станичный атаман избирался сроком на три года станичным сбором и утверждался в должности Наказным атаманом. Качественный состав станичных атаманов был стабильно высок, поскольку атаманами обычно избирались казачьи унтер-офицеры (вахмистры, урядники), являвшиеся, как правило, авторитетными и законопослушными людьми с опытом административной работы. Одним из основных показателей результативной работы станичных атаманов на благо своих одностаничников является значительный процент переизбраний атаманов на второй и последующие сроки – по данным на начало ХХ в., 46 % станичных атаманов избиралось на этот ключевой в жизни станицы пост несколько раз подряд. На станичного атамана возлагались обязанности объявлять станичному обществу и приводить в исполнение все распоряжения войскового начальства по вопросам отбывания казаками воинской повинности, наблюдать за исправным снаряжением казаков служилого состава на службу, при мобилизации и при выходе казаков на службу в мирное время принимать в экстренных случаях необходимые меры при наличии казаков, не имеющих исправного снаряжения, и доносить о них атаману отдела.
Станичный атаман мог подвергать лиц, не пользовавшихся особыми правами по состоянию, за маловажные проступки денежному взысканию на сумму до 3 руб. или аресту (назначению на общественные работы) на срок до трех дней. Для лиц, подвергавшихся взысканиям неоднократно, сумма взыскания могла быть увеличена до 5 руб., а сроки ареста или общественных работ соответственно до пяти дней. Поскольку все станичные общества Оренбургского казачьего войска к началу ХХ в. имели не менее 300 дворов, на станичные сборы избирался представитель от каждых десяти дворов. Станичный сбор ведал общими станичными суммами и назначением сборов (денежных или натуральных) на станичные потребности; разверсткой земских и станичных повинностей между отдельными поселковыми обществами; определением на основании положения о военной службе платы с казаков, неспособных к службе, но способных к труду; назначением этой категории казаков на внутреннюю службу по войску; рассмотрением и утверждением проектов возрастных и очередных списков; определением казаков, нуждающихся для выхода на службу в пособиях или ссудах; избранием лиц на общественные станичные должности. Сбор созывался, как правило, один или два раза в месяц, а иногда и реже.
Станичное правление представляло собой орган, в состав которого входили: станичный атаман, его помощники, станичный казначей и доверенные. Станичное правление решало менее важные вопросы по сравнению со станичным сбором. Оно занималось ежемесячной поверкой станичных сумм, проверкой всего станичного имущества (не реже одного раза в год), ежегодным составлением сметы станичных доходов и расходов, составлением возрастных и очередных списков и организацией публичных торгов. Станичный суд рассматривал дела, связанные с маловажными проступками, и состоял из двух органов: суда станичных и суда почетных судей. Под юрисдикцию станичного суда подпадали гражданские дела на сумму до 100 руб., а уголовные – по мелким преступлениям85. Суд станичных судей действовал в каждой станице, в его состав ежегодно избирались от 4 до 12 человек. Суд почетных судей (3–6 человек) был один на две станицы. В его ведении были дела, уже рассмотренные первым судом, как правило жалобы на станичных судей, по остальным делам потерпевшие должны были обращаться к земским начальникам или городским судьям.