В 1735 г. была построена крепость в устье реки Орь (позднее город Орск), а в 1742 г. – крепость в устье реки Сакмара (Оренбург)74. В 1730—1740-х гг. на Южном Урале в основном было завершено строительство Оренбургской оборонительной линии – мощной системы пограничных укреплений, включавшей в себя шесть оборонительных линий: Самарскую, Сакмарскую, Нижне– и Верхнеяицкую, Исетскую и Уйско-Тобольскую75. В 1744 г. был образован Оренбургский нерегулярный казачий корпус, который в 1748 г. по указу Военной коллегии Сената в целях обороны линии получил единое командование76.Так началось создание Оренбургского казачьего войска. На линию были переселены уфимские, самарские, исетские и отчасти яицкие казаки, в связи с острой нехваткой людей для обороны границы в состав войска были включены малороссийские казаки и даже местные беглые крестьяне. В итоге было сформировано одно из крупнейших, как по площади территории, так и по численности населения, казачьих войск Российской империи. Оренбургские казаки принимали участие практически во всех вооруженных конфликтах России XIX в.: в Отечественной войне 1812 г. и заграничных походах 1813–1814 гг. (в составе четырех казачьих полков), в подавлении польского восстания 1830 г., в Русско-турецких 1828—1829-го и 1877–1878 гг. и Крымской войнах, а также в покорении Туркестана.
В первой половине XIX в. правительство предприняло ряд мер по укреплению войска и увеличению его численности. В войсковое сословие в массовом порядке было зачислено все население, проживавшее на войсковой территории, в войско также переселялись солдаты и малолетки, государственные крестьяне других губерний, татары, башкиры и мещеряки (по собственному желанию)77. В состав войска, в котором числилось 42 000 казаков, вошло 25 000 крестьян, около 10 000 отставных солдат и 1700 калмыков Ставропольского калмыцкого войска78.
Одной из особенностей войска была тесная взаимосвязь в нем военного и гражданского управления. Положение об Оренбургском казачьем войске от 12 декабря 1840 г. разделило войско на два военных округа, в каждый из которых было включено по пять полковых округов. Полки имели две очереди: для службы на линии и для внешней службы. Помимо десяти полков могли формироваться сводные казачьи полки. Число выставляемых частей должно было увеличиваться по мере роста численности казачьего населения. Во главе всей войсковой администрации стоял войсковой Наказный атаман, подчиненный командиру Отдельного Оренбургского корпуса как главному начальнику войска79. Атаман являлся оренбургским гражданским губернатором, обладавшим в военном отношении правами начальника дивизии, а командир Корпуса являлся оренбургским военным губернатором. При атамане существовал штаб (Войсковое дежурство) во главе с начальником штаба – штаб-офицером или генералом, не принадлежавшим к войску. Войсковое дежурство являлось прежде всего органом военного управления, но также ведало хозяйственными и судебными вопросами, в административно-хозяйственном отношении оно действовало через окружные дежурства. В целом войско было преобразовано в практически полностью изолированный от внешнего воздействия орган, а выход из казачьего сословия был запрещен. К началу 1853 г. на действительной службе состояло 4673 казака. В укреплениях Оренбургской пограничной линии, по данным на 1857 г., несли службу 4829 оренбургских и 955 уральских казаков, 1062 солдата и 248 артиллеристов80. И хотя в этот период линия уже утрачивала свое военное значение, кордонная стража с нее была снята лишь в 1871 г.
Важным звеном в процессе реформирования системы войскового управления стала эпоха Великих реформ. Пересмотр положений о казачьих войсках начался еще в конце 1850-х гг. В 1865 г. Оренбургское казачье войско было в административном, судебном и полицейском отношениях объединено с Оренбургской губернией, причем представители неказачьих сословий получили разрешение селиться на казачьих землях без причисления к казачеству81. Казаки составили часть губернского населения, что положило конец их обособленности. Должность Наказного атамана по традиции осталась объединенной с должностью гражданского губернатора. При атамане был создан новый орган – Войсковое хозяйственное правление, регулировавший хозяйственную деятельность войска, взаимодействуя непосредственно со станичными правлениями82. Высшим органом военного управления войска был Войсковой штаб. С упразднением Отдельного Оренбургского корпуса создавался Оренбургский военный округ во главе с командующим. В 1866 г. территория войска была разделена на три округа.