21 февраля Богданов был снят с должности командира полка и откомандирован в распоряжение Войскового штаба990. В июне 1919 г., лишенный шефства и полка, он написал заявление с просьбой о восстановлении и того и другого, но Круг просьбу о шефстве отклонил, а просьбу о назначении командиром полка передал в Войсковой штаб991. Вскоре Богданов получил назначение командиром 2-й Отдельной Оренбургской казачьей бригады и был произведен в полковники. 8 сентября 1919 г. вместе с бригадой в полном составе (более 1500 сабель, в том числе 80 офицеров) и со всем вооружением он перешел на сторону красных. В ночь на 22 сентября Богданов и другие перешедшие к красным казачьи офицеры были представлены председателю ВЦИКа М.И. Калинину, прибывшему на фронт, причем «Богданов и другие военнопленные горячо благодарили за прием, оказанный Советской властью, каялись в своих ошибках, клялись честно служить народу, защищать Советскую власть»992.
Тогда же Богданов подписал обращение к оренбургским казакам:
«Дорогие товарищи трудовые казаки! Вы, запуганные, забитые и обманутые тысячу раз своими вождями, не присоединились к нам – Вашим братьям-казакам, перешедшим в объятия Советской Республики. Спешим уведомить и убедить Вас, что Советская власть совершенно не стремится к уничтожению Вас всех. Советская власть старается прекратить братоубийственную, кровопролитную войну и обратиться к мирному строительству жизни всей трудящейся массы. Советская власть не отнимает у Вас ни земли, ни воды, ни леса. Наоборот, Советская власть идет навстречу всем труженикам, оказывая им всякую поддержку.
Поверьте нам, Вашим братьям, что ни один гражданин-труженик в Советской России не обижен, не обездолен, как это делается в Стране Сибирского Правительства.
Бросайте Ваше оружие и переходите к нам, мы Вас примем как родных братьев после долгой разлуки. Все Ваши старые грехи, совершенные по темноте Вашей, Советская власть Вам простит.
Берите пример с нас. Вся наша бригада перешла целиком, и ни один казак, ни один офицер, ни один доброволец не расстреляны. Все приняты, как братья! Мы твердо верим в правоту стремлений всей трудящейся массы. Мы труженики, мы землеробы всегда пойдем рука об руку с нашими братьями рабочими. За Нашими Революционными вождями, стоящими во главе Правительства Р.С.Ф.С.Р.
Если Вы хотите быть свободными гражданами, то бросайте своих генералов и спешите к нам, пока не поздно. Если Вы хотите быть рабами Ваших Генералов, то оставайтесь с ними, и Вы заслужите проклятье Вашего потомства! Наша бригада определенно заявляет: к старому нет возврата. Мы каменщики, стремящиеся к созданию фундамента для новой свободной жизни.
За Землю и волю; равенство и братство.
За народоправие мы все готовы умереть. Вот наши лозунги! Эти лозунги мы будем защищать всеми своими силами и знанием военного дела.