После победы Александр I вернулся к своей идее, несколько видоизменив ее. Могилевский опыт показал, что переселение крестьян в новые губернии — слишком дорогостоящее для казны дело. Поэтому решено было помещать солдат не вместо крестьян, а вместе с ними, формируя из мужиков новые военные части. В 1816 г. на землях государственных крестьян Новгородской губернии была поселена 1-я гренадерская дивизия, в 1817-м в Херсонской и Слободско-Украинской губерниях — 3-я Украинская и Бугская дивизии. Непосредственное начальство над украинскими поселениями император поручил генералу И. О. Витту, над новгородскими — Аракчееву, который, впрочем, по должности председателя Военного департамента Государственного совета и по личной просьбе монарха курировал организацию и ход всего дела. В 1821 г. военно-поселенческие части были объединены в Отдельный корпус под общим командованием Аракчеева, учрежден штаб этого корпуса и Совет «главного над военными поселениями начальника» (т. е. Аракчеева). К 1825 г. на военно-поселенческий режим было переведено около 150 тысяч солдат и 375 тысяч государственных крестьян; новые поселения были организованы в Петербургской и Могилевской губерниях.
Александру I, размышлявшему о поселениях, «рисовались в будущем идиллии Геснера, садики и овечки». Аракчеев демонстрировал императору и овечек, и садики, а тот, периодически осматривая поселения, оставался крайне доволен эстетическим порядком: стройными линиями связей (так назывались типовые дома на две семьи), четким режимом опрятных поселян (подъем — по гонгу, строевая служба — по гонгу, полевые работы — по гонгу, дойка коров — по гонгу и т. д.), чисто выметенными улицами, ровными дорогами, осушенными болотами, новыми мостами. Поселяне классифицировались по различным признакам: по оседлости различались коренные жители и поселенные солдаты, по возрастам — инвалиды, солдаты и кантонисты. Каждый разряд имел свое обмундирование; форма шилась и для детей, которых еще малолетними зачисляли в кантонисты и впоследствии обучали в специальных школах (женщины должны были каждый год прибавлять к новой породе людей по мальчику, а если рождалась девочка, — платить штраф). Духовные лица также были облачены по уставу военных поселений: «благочинные и старшие священники имели обязательно форменные рясы темно-зеленого сукна с красным подбоем, а рядовые священники и диаконы — рясы такого же сукна, но с голубым подбоем, причетники носили такие же подрясники, и волосы у них должны были быть заплетены в косу с голубой лентой».
Несомненно, Аракчеев обладал поистине колоссальной волей и работоспособностью, если под его руководством химерической идее императора за столь непродолжительное время удалось придать видимость реализации. Современников поражали масштаб и волшебная скорость изменений, которые происходили в Новгородской губернии, расположенной между двумя столицами и потому находившейся на виду: «Поселения удивительны во многих отношениях. Там, где за восемь лет были непроходимые болота, видишь сады и города». Административный почерк Аракчеева без труда читался в методах реализации проекта, и современники вполне обоснованно связывали устройство поселений с его именем, хотя инициатива здесь принадлежала императору, а сам граф неизменно подчеркивал, что он лишь беспрекословный исполнитель монаршей воли; чрезмерную жестокость, сопровождавшую введение поселений, он с характерной язвительностью объяснял излишним усердием своих подчиненных.
Негодование по поводу поселений было всеобщим, а обращенные в солдат новгородские крестьяне (они были в основном старообрядцами) не сомневались, что под видом графа ими и Россией управляет сам Сатана. Как бы то ни было, военные поселения оказались завершающим этапом демонизации Аракчеева, упрощения его образа до маски «мрачного идиота». Поэтому Николай I, даже не питая к графу личной неприязни, не мог без ущерба для собственной репутации оставить все так, как было при старшем брате, и потому уже 20 декабря 1825 г. уволил Аракчеева от дел Государственного совета, Комитета министров и Собственной канцелярии, сохранив за ним лишь должность главноначальствующего над военными поселениями. За две недели сдав все дела, Аракчеев весной 1826 г. уехал на лечение за границу. Отстранение было обставлено бесспорными знаками монаршего благоволения и признательности за совершенные труды: император пожаловал Аракчееву 50 000 рублей для лечения на карлсбадских водах, разрешил по-прежнему пользоваться яхтой, подарком покойного царя; после высочайших осмотров новгородских военных поселений (в конце апреля и середине июля 1826 г.) граф получил два милостивых рескрипта. Вплоть до кончины он не выходил в отставку и продолжал числиться в службе, оставаясь членом Государственного совета, сенатором, генерал-инспектором всей пехоты и артиллерии, шефом полка своего имени и в качестве генерала от артиллерии командующим 2-й лейб-гвардейской артиллерийской бригадой.