Собственно, Гатчина, как ни парадоксально это звучит, определила всю карьеру Аракчеева, в том числе и в следующее царствование. Хотя Александр I назначил его на официальные должности лишь в мае 1803 г., нет сомнения, что он помнил о преданном генерале и намеревался со временем приблизить его к себе. Вернувшись в Петербург, Аракчеев, по всей видимости, сумел проявить себя как виртуозный дипломат и психолог и ни словом, ни взглядом, ни интонацией не заступил за роковую, магическую черту, которой была обведена для Александра ночь с 11 на 12 марта 1801 г. Таким образом, молодой император оказался в чрезвычайно комфортной и, что особенно важно, стабильной психологической ситуации: всё изменялось, один лишь Аракчеев оставался «верным гатчинским дядькой, стерегущим вечно юного царя от опасных влияний и соблазнов молодости». Никто иной не мог играть при Александре I эту роль хотя бы в силу чисто биографических обстоятельств.
А поскольку, несмотря на многочисленные перемены стилей поведения и всю загадочность и непредсказуемость своей натуры, император всегда оставался собой, то и Аракчееву была суждена долгая и беспримерно ровная — пусть и с некоторыми огорчениями — служба при нем, примерно с 1815 г. превратившаяся в управление всеми внутренними делами государства. Немаловажно и то, что Аракчеев оказался своего рода орудием императорской власти в крайне сложных взаимоотношениях монарха с дворянством. Стремясь обуздать недальновидное и эгоистичное дворянское своеволие (проявлявшееся на самые разные лады: от активного неприятия конституционных начал в первые годы царствования, всеобщей исступленной ненависти к Сперанскому, генеральского фрондерства, процветавшего в кругу А. П. Ермолова, А. А. Закревского, П. Д. Киселева, И. В. Сабанеева, — до замыслов цареубийства), Александр I мог опираться на Аракчеева как на вассала, который был предан лично сюзерену, с равной неприязнью относился ко всем придворным группировкам (это не значит, что он не участвовал в интригах) и чуждался вельможной позы. Разумеется, репутация последнего в ходе этой напряженной борьбы не могла не деформироваться совершенно определенным образом: нелестные характеристики типа «всей России притеснитель» приросли к Аракчееву намертво.
Один из эпизодов этой службы Аракчеева государю (и уже потом — отечеству) пагубнее всего сказался на его облике в глазах современников и потомков. Речь идет о преобразовании армии, а точнее — о создании военных поселений. В глазах императора это мероприятие было не менее, а судя по тому, что устройство их было поручено лично Аракчееву, — возможно, и более важно, чем все другие государственные реформы.
Учреждение поселений было ответом на вопрос, возникший еще перед Петром I и в нерешенном виде перешедший к его наследникам: как содержать регулярную армию в мирное время без убытка для государственной казны? Павел I в 1770-е гг., в бытность цесаревичем, обдумывал проекты размещения армии на постоянных квартирах, где солдаты жили бы вместе со своими семействами, а их дети со временем заменяли бы отцов в строю. Но за свое недолгое царствование Павел не успел осуществить эти замыслы, и к началу XIX в. принципы комплектования, содержания и расположения армии оставались прежними: рекрутские наборы, при которых солдаты на долгое время отрывались от родных домов; частые переводы полков с одного места на другое; квартирование офицеров и солдат по обывательским домам. Строительство военных городков и поселение в них солдат вместе с их семьями решало бы задачи профессиональной подготовки; совмещение солдатами воинской службы с крестьянским трудом отменяло бы проблему обеспечения армии провиантом; по мере расширения числа военных поселений можно было бы постепенно сократить разорительные для крестьян рекрутские наборы, а затем и вовсе избавиться от них — такова была логика Александра I.
Первый опыт преобразования состоялся вскоре после административной реформы Сперанского — высочайший указ от 9 ноября 1810 г. предписывал переселить в Новороссию государственных крестьян нескольких деревень Климовичского уезда Могилевской губернии и в этих деревнях разместить запасной батальон Елецкого мушкетерского полка. В 1811 г. мужиков выселили, батальон разместили, но завершить эксперимент не удалось — следующим летом началась Отечественная война.