По рассказу Толля, многие из документов, изготавливавшихся квартирмейстерской свитой, были никому не нужными, тем не менее Аракчеев требовал, чтобы они составлялись в высшей степени аккуратно. А бывало и так, что никакой работы не имелось, но офицеры все равно должны были приходить в Зимний дворец и сидеть за столами. Аракчеев, пользуясь тем, что проживал рядом, по два-три раза на дню забегал в комнаты, где располагалась свита по квартирмейстерской части, и всякий раз обнаруживал в работе своих подчиненных какую-нибудь неисправность и находил обидные слова в их адрес.
Императору Павлу петербургская ретивость Аракчеева поначалу нравилась так же, как и прежняя, гатчинская. Фамилия «Аракчеев» постоянно мелькала в Павловых высочайших приказах в связи с различного рода наградами и поощрениями. Так, в приказе от 23 января 1797 года читаем: «Его императорское величество объявляет свое удовольствие за сегодняшнее учение Преображенского полка гренадерскому батальону генерал-майора Аракчеева и ему, генерал-майору Аракчееву спасибо». 24 июля 1797 года: «Его императорское величество объявляет свое удовольствие лейб-гвардии Преображенского полку генерал-майора барона Аракчеева гренадерскому батальону за сегодняшнее ученье и генерал-майору барону Аракчееву, штаб- и обер-офицерам объявляется похвала, а нижним чинам жалует по рублю и по два фунта говядины на человека».
До тех пор пока служебное рвение Аракчеева навлекало неудовольствие только на него самого, Павел полностью одобрял все его действия и не вмешивался в них. Когда же это неудовольствие шло выше Аракчеева и доходило до персоны Его Величества, отношение Павла к своему любимцу менялось. Следы таких перемен сохранились в ряде документов.
10 августа 1797 года командир батальона преображенцев генерал-майор Аракчеев был назначен командовать лейб-гвардии Преображенским полком. Это повышение в должности поставило его в довольно затруднительное положение. В письме к великому князю Александру, написанном на следующий день, 11 августа, Алексей Андреевич не скрывал своей досады: «Батюшка ваше императорское высочество! Видно мое такое счастие, что мне определенно во всю жизнь мучиться, но не знаю, будет ли моих сил, чтоб что-нибудь с оным полком сделать, а я думаю, что он сделает, что я скоро умру. Войдите в мое положение; как мне можно будет взыскивать, ибо у меня три генерал-майора в команде и я такой же, то может ли тут быть хорошая субординация. То и от меня, ваше императорское высочество, изволите получить скоро просьбу об увольнении». Опасения Аракчеева были не напрасны. Едва он принялся переустраивать жизнь Преображенского полка в соответствии с собственными представлениями о воинской дисциплине и в обычной своей манере, то есть с бранью, угрозами и наказаниями, как в батальонах, состоявших под командой генерал-майоров, началось брожение. Их офицеры, не стесняясь, громогласно и повсюду стали выражать свое возмущение новым командиром полка. Павел в августе терпел, но в сентябре решил вмешаться. «Сведал я, — писал он Аракчееву, — что офицеры ваши разглашают везде, что они не могут ни в чем угодить, забывая, что если бы они делали, что других полков делают, то бы они равно им угождали; то извольте им сказать, что легкой способ сие кончить, отступиться мне от них и их кинуть, предоставя им всегда таковыми оставаться, каковы мерзки они прежде были, что я и исполню, а буду заниматься и без них обороною государственною». Не удовлетворившись данными увещеваниями, Павел, пребывавший в это время в Гатчине, приказал Аракчееву прислать для лучшего разъяснения дела одного из Преображенских офицеров: «Гренадерского батальона полковнику Ланскому быть сюда». Алексей Андреевич, почувствовав, что государь император им недоволен, расстроился вконец и от расстройства дал промашку — вместо одного полковника выслал в Гатчину еще и его батальон. Павел раздражился еще больше. «С крайним удивлением увидел я, что вы, видно, не прочли моей руки, — выговаривал он Аракчееву в своей записке, — я писал прислать полковника Ланского, гренадерского батальона, а отнюдь не о батальоне, ибо его и поставить негде. Оной же батальон к вам возвращаю».
Всякий случай, когда Павел выражал свое неудовольствие им, Алексей Андреевич переживал как большое несчастье. Огорчение его доходило до отчаяния, но при всем том — удивительно! — поведения своего он не менял.