Благие результаты комендантской деятельности Аракчеева сказались быстро. Больные солдаты в госпиталях с изумлением обнаружили, что их стали лучше кормить, а медицинский персонал сделался заботливее. В полках до солдат стало доходить все положенное им из обмундирования, продуктов питания и даже денег. Но для офицеров и разного рода гражданских чиновников служба сделалась тяжелей прежнего. Аракчеев кружил над всеми, словно коршун, выискивающий добычу. Добычей же были для него те, кто допускал разные упущения по службе, не выполнял устав или содержал вверенное ему имущество не в должном порядке. Наказания за это следовали незамедлительно. Причем Аракчеев всякий раз стремился обнаружить как можно больше виновных и совершенных проступков и обо всем, даже самом мелком, непременно докладывал Его Величеству.
— Что вам за охота, Алексей Андреевич, из-за пустяков гневить государя? — заявил однажды Аракчееву флигель-адъютант Котлубицкий.
— Как так? — удивился Аракчеев.
— Вы взыскали — ну и концы в воду, к чему же обо всем докладывать? Вы бы хоть обмолвкою иногда кого-нибудь похвалили.
Аракчеев ничего не сказал в ответ на этот совет, а лишь слегка улыбнулся. Котлубицкий заметил верно: службе Аракчеева в должности петербургского коменданта истекал в то время целый месяц, а он никого еще не поощрил, только сыпал направо и налево руганью да наказаниями. 8 декабря 1796 года был объявлен высочайший приказ о производстве капитана Глинки в следующий чин за исправность, найденную — что всех удивило чрезвычайно — комендантом Аракчеевым.
«Гатчинскому капралу» хватило месяца работы в Петербурге, чтобы вызвать у петербургских служилых людей безотчетный страх. Алексей Андреевич был убежден, что лишь посредством страха можно навести порядок. «Только то и делается, что из-под палки», — часто говаривал он. И страх, внушаемый им, действительно порождал порою просто чудеса повиновения.
Приказом от 15 декабря 1796 года император Павел распорядился создать в Зимнем дворце тактический класс для обучения штабных офицеров правилам нового устава. Контроль за ходом занятий и посещением их офицерами был возложен на вездесущего Аракчеева. Алексей Андреевич сумел поставить дело надзора так, что класс стали посещать даже те, кто был освобожден от занятий и кому это посещение никаких новых знаний не прибавляло. Среди персон, добровольно зачисливших себя в ученики, было немало генералов, а один являлся даже генерал-фельдмаршалом — князь Николай Васильевич Репнин.
28 февраля 1797 года Аракчеев был освобожден от должности коменданта Санкт-Петербурга. Порядок в столице был наведен — император Павел решил, что ретивый к службе генерал должен сосредоточиться на армейских делах.
В апреле 1797 года Его Величество назначил Аракчеева на должность генерал-квартирмейстера. Вместе с небольшой группой штабных офицеров, называвшихся «Свитой по квартирмейстерской части», Алексей Андреевич призван был выполнять функции распущенного Павлом Генерального штаба. Однако к исполнению этой должности он смог приступить лишь в августе. В мае-июне генерал Аракчеев инспектировал по поручению императора полки и крепости, находившиеся в Белоруссии и Прибалтике, а в июле был со своими преображенцами на маневрах.
К моменту назначения Аракчеева генерал-квартирмейстером в его свите состояло 37 офицеров. К концу 1797 года он довел ее численность до 66 человек, отобрав для работы по квартирмейстерской части наиболее способных офицеров прежнего Генерального штаба. О том, что конкретно сделал Аракчеев в этой своей должности, мало сохранилось сведений. По некоторым документам можно заключить, что, ознакомившись с состоянием приграничных крепостей, он принял меры к их совершенствованию. Постарался назначить туда новых офицеров, как правило, с инженерным образованием, талантливых и опытных.
Что же касается воспоминаний современников, то до нас дошел, по-видимому, лишь рассказ графа Толля, состоявшего при Аракчееве в его свите по квартирмейстерской части, да и то не в собственных его словах, а в переложении другого лица. Рассказ этот повествует исключительно о том, как Аракчеев относился к своим подчиненным. Судя по нему, Алексей Андреевич не изменял своему характеру и в должности генерал-квартирмейстера. Первое, что он сделал, это запряг всех свитских офицеров в постоянную изнурительную работу, мало оставлявшую им свободного времени и сил. В семь часов утра все офицеры должны были являться на службу в Зимний дворец, в комнаты, выделенные им их начальником из собственных покоев. Не разгибаясь и не вставая из-за столов, они просиживали до 12 часов дня за копированием планов, чертежей, составлением ведомостей и инструкций. В полдень Аракчеев отпускал их по домам на два часа отобедать и отдохнуть. В 14.00 офицеры вновь были на рабочих местах и продолжали работать до семи часов вечера.