Менее года спустя — 23 июля 1793 года — Аракчеев стал майором артиллерии и подполковником армии. Об этом радостном событии он уже на следующий день писал П. И. Мелиссино: «Я столько смел, что думаю и ласкаю себя надеждою, что моя преданность, усердность и почитание к вашему превосходительству вам известны, а продолжение оных за счастье буду почитать, если позволено будет им пребывать от вашего превосходительства до последнейшего конца моей жизни. Ибо с начала самого моей службы и до сего времени полученные мною благополучия есть источники ваших ко мне милостей и наставлений, то я и положил себе за правило, при всяком моем благополучии, уведомить вашего превосходительства, яко первого основателя моих благополучий. Вчерашнего числа[70] Его Императорское Высочество, великий князь Павел Петрович изволил пожаловать меня артиллерии Майером, который чин объявя мне, изволил послать об оном к графу Николаю Ивановичу[71] объявить ему свою волю. Сколько мне оное не лестно, но вторая его высокая милость меня утешает более оной: всем моим офицерам до последнего изволил пожаловать чины, проговаривая при оном, что оное изволит делать для меня. Донося оное вашему превосходительству, прошу Всевышнего, чтоб он продлил ваши лета, в которые, конечно, чрез ваши о воспитывающихся под вашим начальством старания, увеличится число счастливых. Я ж пребуду навсегда вашего высокопревосходительства, милостиваго государя, верным и покорным слугою. Алексей Аракчеев».
Алексей Андреевич был очень памятлив на причиненное ему зло, но не менее помнил и добро, когда-либо ему сделанное. И благодетелей своих чтил всю жизнь, воздвигая им памятники не только в душе своей, но и на земле…
За год, проведенный Аракчеевым в Гатчине, доверие Павла к нему заметно выросло. Так что именно ему Его Высочество поручил подобрать из выпускников Артиллерийского и Инженерного шляхетского кадетского корпуса офицеров для гатчинской артиллерии. Алексей Андреевич выбрал П. С. Апрелева, Л. С. Бреверна, П. М. Капцевича, Н. О. Котлубицкого. Все они впоследствии станут генералами и хорошими администраторами.
Благоволение Павла к расторопному и умному артиллерийскому офицеру выражалось в различных формах. Так, в 1795 году Его Высочество вручил Аракчееву учрежденную им для своих гатчинцев награду — орден Святой Анны на шпаге — «Анненскую шпагу». Вручил на следующих условиях, начертанных им собственноручно на приложенной к шпаге бумаге: «1) Аресту не подвержен. 2) Не теряет, иначе как по суду, чины и дворянство. 3) При смерти возвращается назад».
25 июня 1796 года у Павла родился третий сын — Николай. По этому случаю майор артиллерии Аракчеев был представлен цесаревичем к присвоению следующего чина — подполковника артиллерии и соответственно полковника армии. Данный чин мог быть присвоен только через посредство генерал-фельдцейхмейстера. Князь Платон Зубов, занимавший данную должность, получив представление на Аракчеева, решил поинтересоваться, какую должность занимает претендент на чин подполковника артиллерии. Узнав о запросе князя П. А. Зубова, Алексей Андреевич испугался — не дают ли ему с новым чином новое назначение и не хотят ли забрать его из Гатчины. Забеспокоился и Павел, который не хотел лишиться исполнительного и умного офицера. Он приказал Аракчееву срочно прибыть в Павловск, а сам отправился в Царское Село к матери-императрице. Утром 29 июня Алексей Андреевич прибыл в Павловск и сразу узнал о том, что произведен в новый чин. О новом же назначении никаких сообщений не было. Полдня провел он в волнении, пока наконец не получил собственноручную записку от Павла. «Зубов мне велел сказать, что ты именно у меня остаешься и о сем именно приказано куда следует. Вот и объяснение всего», — говорилось в ней.
Павел был настолько увлечен артиллерией, что малейшее нарушение какого-либо порядка в ней приводило его в неудовольствие, а то и просто в гнев. Не избежал промахов по службе и Аракчеев. 11 декабря 1794 года цесаревич разразился в его адрес следующей запиской: «Присланное вами, г. подполковник Аракчеев, сегодня с нарочным дело, будучи текущее, а сверх сего, по существу своему, и никакого исследования не заслуживающее, то и удивляюсь я, почему вы отправили с оным нарочного козака, а не дождались учрежденной в Гатчине почты, тем более, что окроме артиллерии, ничто под командою вашею не состоит, и для того остерегаться вам и вперед от подобных сему дел. Усмотря же из возвращаемого при сем произведенного над фурлейтом Егоровым следствия несоблюдение формы, ибо вам должно известно быть, что у нас название секунд- и пример-майоров не существует[72], то и не могу, чтоб не дать вам знать о моем по сему удивлении, рекомендуя вам стараться о избежании и впредь таковых новостей».