Второй отряд, состоящий из номерных миноносцев и трех миноносок, сразу начал прорыв через пролив Хирадо на юг. Его единственной задачей являлось оттягивание возможных резервов северной группы дозоров противника к проливу Хирадо, для облегчения прорыва миноносок к Осиме, а также рассеивание или уничтожение японских патрульных судов и сил их прикрытия в самом проливе и на ближних подступах к нему для безопасного прохода этим же маршрутом шедших следом транспортов с основными силами десанта. Предполагалось, что крупные корабли и миноносцы японцев к этому времени уже будут отправлены от Сасебо на юг, откуда, согласно плану, должна ломиться вся наша эскадра.
Третий отряд десантной группы состоял только из вооруженных транспортов с пехотой на борту и трех пароходов-прорывателей, тоже имевших кое-какое вооружение. Задачей этого отряда до объединения с флотом было «…по возможности скрытно форсировать пролив Хирадо без потерь и повреждений и объединиться с броненосными отрядами, которые будут прорываться с юга». Точка рандеву намечалась западнее входа в Сасебский залив недалеко от острова Куро, который предварительно должны были осмотреть миноносцы и миноноски десантной группы.
В дальнейшем на пароходы с десантом и прорыватели возлагалась самая главная задача первого этапа операции – своевременно обеспечить развертывание тральных партий для быстрого прорыва основными силами минных заграждений на подходах к Сасебо, а затем высадить экспедиционные силы для окончательного подавления береговой обороны и уничтожения береговых объектов в самой базе противника.
Все действия броненосцев, крейсеров, миноносцев и миноносок на начальном этапе операции должны были, в первую очередь, обеспечить выполнение задач транспортов. В случае потери судов десантной группы либо неудачи с их прорывом к зонам высадки шансов на успех уже не было никаких.
После набега русских на Нагасаки и первой, считавшейся неудачной для противника атаки Сасебо главнокомандующий военно-морским районом Сасебо контр-адмирал Самадзима Козунори составил подробный рапорт о произошедшем, отправленный им в Ставку Верховного главнокомандующего. Для детального разбора и устранения недостатков в обороне крепости в качестве официального представителя МГШ направили капитана первого ранга Арикава.
После гибели плавбазы миноносцев «Касуга-Мару», которой он командовал, Арикава был прикомандирован ко 2-му отделу МГШ, где возглавил гидрографический департамент. Контр-адмирал Самадзима быстро нашел с ним общий язык, и вместе они разработали перечень первоочередных мер для повышения обороноспособности главных портов Японской империи, с которым Арикава и отбыл обратно в Токио.
А начальник морского района Сасебо затребовал у главной квартиры организации плановых и регулируемых перевозок морем всех грузов из Симоносекского пролива в южном направлении вокруг острова Хирадо, с обязательным уведомлением командования морского района о сроках, типах и количестве отправляемых судов заранее.
В своем рапорте на имя морского министра он указывал, что «сложившаяся к этому времени практика беспорядочного круглосуточного передвижения огромного количества небольших судов всех видов с чисто гражданскими экипажами, не имеющими представления о порядке организации патрульной службы, этими маршрутами в обоих направлениях делала совершенно невозможной организацию надежного контроля дальних подступов к крепости».
Однако против этого активно возражал начальник управления связи и перевозок отдела армии Ставки Верховного главнокомандующего, поскольку тогда неизбежно резко сокращался объем грузов для армии, перевозимых через пролив Симоносеки к пунктам дальнейшей отправки. Так как по вине флота все графики снабжения войск и так уже были безнадежно сорваны, под давлением Главного штаба морской министр Ямамото был вынужден уступить, отдав приказ Самадзиме организовать охрану этих перевозок таким образом, чтобы ни в коем случае не вызывать задержек в движении судов. Сами суда, хотя бы частично, обеспечить флотскими сигнальщиками. Для этого разрешалось задействовать, помимо остатков экипажей погибших кораблей, еще и гардемаринов военно-морской школы в Нагасаки.
Но Самадзима сразу заявил, что в этом случае он рассчитывает получить хотя бы дополнительные силы для организации надежной, глубоко эшелонированной обороны единственного уцелевшего крупного порта и главной базы военно-морского флота империи на западном побережье. Соответствующая заявка им была составлена заранее.