В 2004 г. было достигнуто соглашение об объединении «Газпрома» и «Роснефти», в результате которого была создана компания OOO «Газпромнефть» (стопроцентная «дочка» «Газпрома»), которой передавались нефтегазовые активы «Газпрома» и Роснефти». Богданчиков принял предложение Алексея Миллера возглавить ООО «Газпромнефть» и 1 ноября 2004 был назначен его гендиректором.
С апреля 2005 года — член Морской коллегии при Правительстве РФ.
С мая 2005 года — член совета директоров ОАО «Роснефтегаз».
С декабря 2005 года — член Правительственной комиссии по вопросам топливно-энергетического комплекса и воспроизводства минерально-сырьевой базы. (Биографические данные С.М.Богданчикова приведены по
Г-н Богданчиков, как говорят в олигархических кругах, отлично «упакован». Его сын Евгений весной 2004 года женился на дочери тогдашнего министра промышленности и энергетики Виктора Христенко Юлии
Поначалу ничто не предвещало для Богданчикова бури. В июле 2003 г. еженедельник «КоммерсантЪ Власть» назвал его главным финансистом властной группировки «питерские чекисты». РБК Daily (10.12.2007) в подтверждение этого опубликовал сенсационный материал, в котором рассказал о том, что зарегистрированный в Джерси офшор «Р-Трейд Лимитед» стал новым крупным покупателем нефти «Роснефти». Корреспонденту РБК Daily удалось обнаружить судебный акт московского арбитража от 2 августа 2007 года, согласно которому госкомпания «Роснефть» 21 мая 2004 года заключила контракт с «Р-Трейд Лимитед» на продажу и последующую экспортную поставку нефти на общую сумму 680 млн. долл. Причем, судя по данным документа, платежи по контракту продолжались и в ноябре 2006 года, что свидетельствует о его долгосрочном характере. Источник РБК Daily в банковских кругах утверждает, что акционерами «Р-Трейд Лимитед» в 2004 году были топ-менеджеры «Роснефти». Арбитражный суд Москвы в августе 2007 года обязал «Роснефть» заплатить штраф 40 тыс. руб. на основании постановления территориального управления Федеральной службы финансово-бюджетного надзора в Москве, которое обвинило компанию в неправильном оформлении паспорта сделки по продаже и последующей экспортной поставке нефти компании-нерезиденту «Р-Трейд Лимитед», расположенной в Джерси. Согласно документу паспорт сделки по контракту от мая 2004 года на общую сумму 680 млн. долл. был оформлен в Банке Сосьете Женераль Восток. В отчетности «Роснефти» за 2004 год подобные крупные сделки не фигурировали, а «Р-Трейд Лимитед» не указана в качестве аффилированной структуры госкомпании. В «Роснефти» отказались эту ситуацию комментировать. Но вот 30 августа 2004 года акционеры одной из «дочек» «Роснефти» ОАО «Роснефть-Пурнефтегаз» одобрили кредитные договоры «Роснефти» по сделке, где фигурируют банки «Сосьете Женераль Восток» и Международный московский банк. Кредит выдавался на пять лет и включал, в том числе, обязательства по поставкам нефти нескольким крупным трейдерам — Gunvor, Petraco Oil Company, Vitol, с которыми были заключены агентские договоры. Причем в качестве одного из фигурантов договора с каждой из этих трех трейдерских компаний фигурирует и «Р-Трейд Лимитед».
Обнаружилась и еще одна пикантная деталь. У «Роснефти», как, оказалось, есть несколько трейдерских «дочек», зарегистрированных в Санкт-Петербурге, одна из них ООО «РН-Трейд». А тот факт, что «Роснефть» кроме этого поставляет нефть на экспорт через швейцарского трейдера Gunvor, который выиграл ее тендер по поставкам топлива, вновь поднял волну слухов о связях владельца Gunvor Геннадия Тимченко, давнего знакомого В.В. Путина еще по временам Собчака, с той самой властной группировкой «питерские чекисты», о которой писал «КоммерсантЪ Власть».