Начиная с 1893 года Шокальский был одним из рьяных сторонников освоения Северного морского пути. При его активной помощи адмирал С. О. Макаров добился постройки ледокола «Ермак». Прекрасное владение английским и французским языками позволяло ему следить за состоянием зарубежной науки и общаться с иностранными учёными. С 1895 года он принимал участие во всех международных географических конгрессах, выступая на каждом с докладами. После смерти П. П. Семёнова–Тян–Шанского Юлий Михайлович был избран президентом Русского географического общества. Его труд «Исчисление площадей бассейнов административных подразделений Азиатской России» (1903) с картой бассейнов был удостоен первых премий Российской и Парижской академий наук. В 1905 году под редакцией Шокальского вышел Большой географический атлас. Законченная тогда же работа «Исчисление поверхности Азиатской России» в 1909 году также была удостоена премии Российской академии наук, а в 1911 году – Парижской академии наук. В 1917 году он выпустил своё выдающееся исследование «Океанография». Всего же к началу 1920–х годов Шокальским было написано более 400 научных работ, в основном по проблемам гидрологии и океанографии. На протяжении почти четырёх лет (1924—1927) организованная им черноморская экспедиция на специально оборудованном корабле занималась гидрологическим обследованием Чёрного моря.
Ю. М. Шокальский к концу жизни являлся почётным членом Академии наук СССР, заслуженным деятелем науки, доктором географических наук, доктором ряда зарубежных университетов, почётным председателем Русского географического общества, почётным членом многих академий мира, почти всех географических обществ и учреждений земного шара. Его именем назван пролив на юго–востоке Земли Александра I в Антарктике, открытой экспедицией Ф. Ф. Беллинсгаузена, а в Арктике – небольшой остров в проливе Карские Ворота, ледник в западной части северного острова Новая Земля, пролив между двумя островами в архипелаге Северная Земля, озеро на полуострове Канин, остров при входе в Обскую губу и тёплое течение, идущее вокруг архипелага Шпицберген в Баренцевом море.
С 1881 года Юлий Михайлович был женат на Л. И. Скворцовой, которая всю жизнь посвятила заботам о муже. Их дочь Зинаида Юльевна Шокальская много лет работала директором Центрального музея почвоведения имени В. В. Докучаева Академии наук СССР.
Екатерина Ермолаевна до конца дней своих жила в семье сына в квартире на Английском проспекте и умерла 6 февраля 1904 года. На этом доме теперь установлена мемориальная доска, посвященная академику Шокальскому. После смерти матери Юлий Михайлович обнаружил в кладовке её портрет работы неизвестного художника, изрядно помятый и поцарапанный. Один из лучших учеников Репина отреставрировал портрет, и он долго висел в кабинете Шокальского. Зинаида Юльевна хранила его до самой смерти (24 января 1961 года); сейчас портрет Е. Е. Шокальской–Керн находится в экспозиции Пушкинского музея–заповедника в Тригорском.
Академик Шокальский писал о матери музыковеду А. Н. Римскому–Корсакову: «Она скончалась в 86 лет и до последнего момента была ясна в мыслях и вспоминала Михаила Ивановича постоянно всегда с глубоким горестным чувством. Очевидно, она его любила до конца своей жизни». Год её смерти совпал со 100–летним юбилеем великого русского композитора. «Страдая какой–то манией истребления, – сообщил Юлий Михайлович в 1905 году Б. Л. Модзалевско–му, – она в конце жизни сожгла свою переписку с Глинкою».
Михаил Иванович Глинка умер 3 февраля 1857 года. Анна Петровна присутствовала на панихиде в Конюшенной церкви. «Его отпевали в той же самой церкви, – вспоминала она, – в которой отпевали Пушкина, и я на одном и том же месте плакала и молилась за упокой обоих!»
Анна Петровна вместе с мужем часто навещала свою старинную подругу, сестру Пушкина Ольгу Сергеевну. В письме сыну от 19 мая 1857 года О. С. Павлищева упоминает об одном таком визите: «Виноградский неизбежный читал свои поэтические произведения, которые совсем не дурны»[69].
Осенью 1857 года князь С. А. Долгоруков вышел в отставку и отправился со всей семьёй за границу. Домашнему учителю его детей Маркову–Виноградскому было предложено последовать с ними, но без жены и сына, на что он, разумеется, не согласился. Правда, Александр Васильевич в дневнике изобразил ситуацию несколько иначе – написал, что 30 сентября Долгоруковы просто «отказали ему в продолжении занятий, не вознаградив за трёхлетний труд ничем». Между тем Александрина Долгорукова пыталась пристроить его на государственную службу и рекомендовала его сначала М. Н. Мусину–Пушкину, затем князю П. А. Вяземскому и А. С. Норову; но ничего не удалось сделать, поскольку в послужном списке Александра Васильевича была запись о его судимости.