Третьего июня 1943 года 16-летний Владимир Шахурин, сын наркома авиационной промышленности СССР генерал-лейтенанта инженерно-авиационной службы Алексея Шахурина, убил свою подругу Нину Уманскую, дочь дипломата Константина Уманского, посла СССР в США и затем в Мексике. Застрелив девушку, Шахурин застрелился и сам. Инцидент произошёл на лестнице Большого Каменного моста, со стороны Дома на набережной, буквально в сотне метров от Кремля. Ссора и выстрелы произошли на глазах их общего друга, 15-летнего Вано Микояна. Более того, именно Вано вынес из дома пистолет «Вальтер», принадлежавший старшему брату, боевому лётчику Степану, и отдал его Володе Шахурину, по его просьбе.
Вано допросили. Он сказал, что Шахурин приревновал Уманскую. Её отца назначили послом в Мексику, девушка собралась уезжать, а сердечному другу это не понравилось. Далее — ссора и роковые пули.
Для порядка следователи обыскали комнату Шахурина в родительском доме. Они нашли дневник, а в нём — план смены власти в Советском Союзе и список членов нового правительства. В списке были в том числе имена Вано и Серго Микоянов. Серго тогда едва исполнилось 14 лет.
Следствие было поручено главе Следственного отдела Прокуратуры СССР Льву Шейнину. Он здраво рассудил, что скандал с детьми руководителей страны в разгар войны никому не нужен и решил дело закрыть, о чем и доложил наверх.
Но наверху сидел глава НКВД Берия и он приказал передать дело другому следователю, начальнику Следственной части по особо важным делам НКГБ Влодзимирскому, которого, по совпадению, тоже звали Лев. Он возобновил допросы и выявил внушительную антисоветскую организацию из трёх десятков юношей и девушек, большинство из которых были несовершеннолетние. Вано и Серго Микоянов арестовали, а также Леонида Барабанова (сына секретаря Микояна Александра Барабанова), Артёма Хмельницкого (сына генерал-лейтенанта Рафаила Хмельницкого), Петра Бакулева (сына хирурга, будущего академика АН СССР Александра Бакулева) и ещё несколько человек. Всех подростков поместили в следственный изолятор на Лубянке.
Вано и Серго содержались в отдельных камерах, они ничего не знали о судьбе друг друга. Более того, их отец — член Политбюро и народный комиссар — тоже не знал, где находятся его дети. 18 декабря 1943 года Вано и Серго, отсидевших почти полгода, выпустили и передали на руки матери, Ашхен Лазаревны. Мать сообщила сыновьям волю отца: подписать признательные показания. Никакого суда не было, юношам просто объявили о наказании. Восемь активных участников организации получили по году ссылки.
Младших братьев Микоян увезли в Сталинабад (Душанбе). Так нарком Анастас Микоян первые за всю жизнь оказался «на крючке» у Сталина. Его подвели те, кем он гордился и кого любил: собственные младшие сыновья. Неоперившиеся мальчишки впутались в дурную игру и, прямо скажем, создали отцу большие проблемы. Теперь Микоян выбыл из числа «неприкасаемых» соратников Сталина, чьи семьи не были затронуты репрессиями, и передвинулся ближе к Кагановичу, у которого в 1941 году застрелился, под угрозой ареста, старший брат Михаил. Потом из числа «неприкасаемых» выйдет и Молотов: его жену Полину Жемчужину Сталин сошлёт в 1949 году. В том же году будет арестован член Политбюро Николай Вознесенский.
Во времена Ежова за участие сыновей в антисоветской организации и сам Микоян, и вся его семья быстро пошли бы в распыл. Но в 1943-м уже были другие времена. Микояна можно было, конечно, расстрелять, и жену его, и сыновей, и брата-авиаконструктора, и шурина военного разведчика Гая Туманяна, — но зачем? Кем их заменить? Что бы сказал Сталин торговым представителям США и Великобритании? «Господа, работавший недавно с вами Микоян оказался врагом»? Ответ англосаксов был бы логичным: если у вас на таком уровне работают враги, то как вообще можно иметь с вами дело?
Вано и Серго отбыли год ссылки. В Душанбе Вано окончил школу и затем военное авиационное училище. Чтобы его допустили к учёбе в лётной школе потребовалось специальное разрешение из Москвы. 2 января 1945 года оба младших Микояна «отмотали срок от звонка до звонка» и вернулись домой. Вано успел подать заявление на зачисление в действующую армию, но пока оформляли бумаги — война закончилась. Тогда он пошёл учиться в Военно-воздушную инженерную академию имени профессора Н. Е. Жуковского.
Серго — самый младший Микоян, единственный из пяти братьев, авиацией не заинтересовавшийся, — решил стать дипломатом и поступил в МГИМО.