По дубайскому соглашению, доктор Хан предоставил иранскому ядерному проекту центрифуги, уран, технологии и специалистов. Атомный проект не был сосредоточен в одном месте, а состоял из разных участков, работавших в Тегеране, Натанзе, Куме, Исфахане, Фордо и других местах в стране. Руководители проекта усвоили урок 1981 года, когда Израиль разбомбил ядерный реактор Саддама Хусейна «Осирак» недалеко от Багдада. Чтобы весь проект невозможно было уничтожить одним авиаударом, иранцы возвели секретные комплексы в различных местах в отдаленных регионах. На одной базе специалисты трудились над запуском центрифуг, на другой разрабатывали бомбу, которая будет содержать ядерный заряд, на третьей конструировали ракетную боеголовку, способную доставить ядерную бомбу к цели. Лучшие лаборатории Тегеранского университета и других научных учреждений были в полном распоряжении группы ученых, занимавшихся перспективными атомными исследованиями.
Иранский проект был обнаружен Моссадом только через 17 лет после его запуска. Это был крупный провал Моссада. Но даже после раскрытия объекта в Натанзе и разоблачения его тайн Моссаду не удалось убедить Соединенные Штаты в том, что Иран тайно ведет разработку ядерного оружия. Спутниковые фотографии, письменные отчеты и меморандумы, показания первоклассных израильских шпионов были отвергнуты ЦРУ и расценены как «попытки Израиля вовлечь США в опасный конфликт с Ираном». Американцы изменили свое мнение только после драматического события, произошедшего в прямом эфире на телевидении. Посреди интервью пакистанскому телевидению доктор Хан вдруг расплакался и признался, что продавал центрифуги и технологии странам «оси зла», прежде всего Ирану. Тогда Вашингтон наконец согласился сотрудничать с Израилем в борьбе с иранским проектом.
Моссад очень беспокоили ядерные амбиции Ирана, так как режим аятолл не упускал возможности заявить о намерении стереть Израиль с лица земли. Подстрекательству и слепой ненависти иранского режима не было предела. Поэтому Израиль опасался, что, если Ирану удастся создать ядерное оружие, он не колеблясь применит его против еврейского государства. Генерал Меир Даган, которого его друг Ариэль Шарон назначил рамсадом в сентябре 2002 года, сосредоточил основные усилия Моссада на борьбе с иранским проектом. Он знал, что Моссад в одиночку не сможет помешать завершению проекта. Но он также знал, что в их силах отбросить иранский ядерный проект на много лет назад, и не жалел на это сил, времени и средств.
Сотрудники Моссада проникли в Иран. При поддержке ЦРУ США и британской МИ-6 они начали операцию против иранского проекта. Иранские военные самолеты, перевозившие ученых и высокопоставленных офицеров, разбивались при загадочных обстоятельствах. В лабораториях ядерных исследований вспыхивали пожары, каскады центрифуг взрывались, поскольку при их сборке использовались бракованные компоненты, поставленные в Иран израильскими фирмами-прокладками. Некоторые иностранные источники утверждают, что взрыв на стартовой площадке ракеты «Шахаб», предназначенной для доставки смертоносного ядерного заряда в Израиль, также был делом рук Моссада. Неуловимые вирусы, такие как «Старс», запущенные израильскими и американскими инженерами в вычислительную систему иранского проекта, парализовали ее деятельность на несколько месяцев. Другой вирус, «Стакснет», был внедрен в обогатительные установки объекта в Натанзе. Ученые и высокопоставленные офицеры, такие как Али Реза Асгари, бывший заместитель министра обороны Ирана, внезапно исчезали; некоторые из них бежали на Запад с помощью Израиля. Еще несколько ученых, игравших ключевые роли в проекте, были убиты на улицах Тегерана.
Результаты были впечатляющими: у иранского проекта возникли проблемы. Даган выступил перед комитетом кнессета по обороне и иностранным делам и сухо заявил: «Иранский ядерный проект задерживается из-за технологических трудностей».
Операции Моссада, описанные в мировой прессе, поразили циничных обозревателей израильских СМИ. Когда Дагана назначили рамсадом, над ним издевались и потешались. «Даган, кто это вообще?» — ухмылялся один популярный эксперт. Но теперь заголовки изменились. «Человек, который восстановил честь Моссада», — ликовали газеты после нескольких успешных операций людей Дагана в Иране.
Даже крупнейшая египетская ежедневная газета «Аль-Ахрам», обычно весьма враждебно настроенная по отношению к Израилю, не смогла остаться равнодушной. В январе 2010 года она опубликовала статью известного обозревателя Ашрафа Абу аль-Хауля под названием «Супермен Государства Израиль». Аль-Хауль писал: «Если бы не Даган, иранский ядерный проект завершился бы много лет назад… Израильский рамсад за последние семь лет нанес болезненные удары по иранской ядерной программе… Моссад осуществил несколько дерзких операций на Ближнем Востоке… Поэтому Дагана можно назвать Суперменом Израиля».