Одновременно с этим православные священники принимали в свои семьи или пристраивали в семьях своих прихожан многочисленных беженцев, сирот, детей, на долю которых выпало страшнейшее испытание. В 1943 году благодаря стараниям митрополита Сергия были отпущены и отданы на воспитание в православные семьи и в семьи священников дети из концлагеря Саласпилс.
Начиная с 1942 года православные священники организовали постоянный сбор средств для поддержания советских военнопленных, находящихся в фашистских концлагерях. Невозможно без слёз читать воспоминания о том, как в таких лагерях проводились церковные службы, как проходили пасхальные литургии. При этом нередко еду и вещи, собранные для узников, гитлеровцы конфисковывали и отправляли на фронт. Обычно это происходило в критические для немцев моменты войны — после разгрома под Москвой, под Сталинградом и под Курском. Впоследствии органами НКВД было поставлено в вину членам Псковской православной миссии то, что они сознательно собирали еду и вещи для фашистских солдат!
В вину ставилось и то, что православные священники якобы активно агитировали народ за Гитлера. Но и здесь советские карательные органы были в подавляющем большинстве случаев несправедливы. Да, в присутствии немцев священникам приходилось что-то говорить в их защиту. Но чаще всего они обращались к памяти русских воинов, сражавшихся за Родину, вспоминали священные образы Александра Невского, Дмитрия Донского, Кузьмы Минина, Дмитрия Пожарского, Фёдора Ушакова, Александра Суворова, Михаила Кутузова, вселяли в сердца людей уверенность, что и гитлеровских захватчиков рано или поздно сметут с лица земли Русской. В 1942 году должно было праздноваться семисотлетие Ледового побоища. А в это время берега Чудского озера были в плену у новых «крестоносцев». Но русские священники обнадёживали прихожан, говоря, что светлый князь Невский незримо явится и вновь одержит победу. Антигитлеровскую пропаганду члены Псковской православной миссии особенно активно развернули после Сталинградской битвы. И чаще всего им это сходило с рук. Немцы даже не могли представить себе, что «русские попы» могут быть столь неблагодарны, ведь они им помогали восстанавливать храмы и даже снабжали их в первое время продовольствием.
Во время существования Псковской православной миссии Павлом Судоплатовым был проведён в жизнь план спецоперации под кодовым названием «Послушники». В Псково-Печерскую обитель были внедрены два агента наших спецслужб. Они выдавали себя за членов тайного сообщества священников-подпольщиков, действующих против советской власти. Якобы это антисоветское православное подполье столь сильно, что может действовать в Куйбышеве, который стал с конца 1941 года «запасной столицей». С этим «православным подпольем» была налажена связь по рации, двое мнимых послушников получали оттуда информацию и передавали её немцам. На самом деле это была дезинформация, которая сыграла свою роль ещё в 1942 году, но особенно помогла во время сражения на Курской дуге. Успех операции «Послушники» получил высокую оценку самого Сталина, о ней он говорил со своими приближёнными накануне принятия судьбоносного решения о возрождении патриаршества.
Когда в Москве произошло избрание Сергия (Страгородского) Патриархом Московским и всея Руси, Гитлер потребовал, чтобы все русские священники на оккупированных территориях предали его анафеме и осудили решение Святейшего синода Русской Православной Церкви. Что же произошло далее? Представители Русской Зарубежной Церкви собрались в Вене и осудили нового Московского Патриарха за сотрудничество с большевиками. А митрополит Сергий (Воскресенский) собрал всех представителей Псковской Православной миссии, которой тогда руководил отец Кирилл Зайц, обсудил с ними суть вопроса и далее единогласно было принято решение: никакой анафемы и никакого осуждения! Отныне Псковская Православная миссия считала себя в подчинении у Патриарха Сергия (Страгородского). Тем самым она сознательно избрала для себя путь мученичества. Немцы начали проводить репрессии против русских православных священников на территориях Прибалтики и Псковщины. Впрочем, особо они в этом не преуспели, поскольку Красная армия стремительно наступала. В начале 1944 года Псковская земля была освобождена от захватчиков, и Псковская православная миссия прекратила своё существование.
Мучеником оказался сам экзарх Прибалтики. Весной 1944 года немцы решились на его уничтожение. Организовать покушение поручено было начальнику полиции Остланда обергруппенфюреру СС Эккельну. На дороге из Каунаса в Вильнюс машина, в которой ехал митрополит Сергий, была изрешечена пулями. Немцы подстроили дело так, будто нападение совершили партизаны.