Первоначальное домашнее обучение детей было в обычае того времени. Михаил Васильевич занялся этим самолично. Ежедневно оба старших сына под неупустительным его наблюдением старательно выводили прописи на линованной бумаге. Весь курс начальных классов гимназии преподавал им отец. Чтобы приохотить детей к географии, придумывал он разные игры. К примеру, брал подходящую книгу и, рассматривая с ними картинки, совершал изустно увлекательные путешествия по различным частям света. Попутно знакомились с растительным и животным миром, с дальними странами и населяющими их народами. К изучению географической карты Михаил Васильевич подошел со всей серьезностью. В долгие зимние вечера, когда за покрытым морозными узорами окном завывала вьюга, Саша и Сережа с усердием вычерчивали контуры материков, закрашивали горы и низменности, прокладывали извилистые линии рек и отмечали большие озера.
Много мысли влагал Михаил Васильевич в математическое образование сыновей. Стремясь развить их числительные способности и приучить их к быстрому счету, пробовал он разные методы. Например, заставлял заполнять целые строчки цифрами, прибавляя на первой строке по одному, на второй — по два, на третьей — по три и так далее. Сам Ляпунов гордился своим уменьем удивительно быстро считать и полагал его необходимым для всякого посвятившего себя точным наукам. Но не всякий на то способность имеет, не всякий. С удовольствием отмечает Михаил Васильевич, что Саша склонен к умозрению и вполне успевает по арифметике. Сережа — тот матушкин сынок, все больше у пианино крутится. Может, мал еще? Да только очень уж музыку любит. Стоит Софье Александровне за инструмент сесть, он тут как тут. И замрет недвижно во все время игры. Особенно полюбилась ему в исполнении матери увертюра к «Вильгельму Теллю» в переложении Листа.
Ох и вещий же старик был Симонов! Каково напророчил в своем свадебном тосте: старший сын, мол, непременно ученым, а второй пусть музыкантом будут. Хоть и рано еще делать выводы, но пока что их природные наклонности к тому и ведут. Только про Бореньку ничего не скажешь, кроме того, что озорник. Маленек для ученья. Вот он как раз подглядывает в непритворенную дверь кабинета. Очень его тянет к братьям, а те не в меру горды и серьезны с ним. Скрывая улыбку, Михаил Васильевич погрозил шалуну пальцем.
Ученье ученьем, а без развлечений детям тоже нельзя. Это хорошо сознавали родители Ляпуновы. А потому, чтобы доставить сыновьям удовольствие, раз в две-три недели запрягали они лошадей в бричку или крытый тарантас и отправлялись к родным или знакомым, во множестве обитающим по всей ближней и дальней округе. Самая большая радость охватывала мальчиков, когда в экипаж укладывали коробок с провизией. Это значило, что путь предстоит не близкий, и, стало быть, отец решил навестить свою младшую сестру.
Выйдя замуж за Рафаила Михайловича Сеченова, Екатерина Васильевна поселилась в его родовом имении Теплый Стан. Дорога туда шла степью, редко когда на горизонте выступали темными пятнами рощи. Приходилось переезжать реку Пьяну. Принимали Ляпуновых в Теплом Стане с неизменным вниманием и приветом, и гащивали они у Сеченовых по нескольку дней. Нередко собиралась там большая, веселая компания из различных родственных семей. Крепкая дружба сразу же сложилась у мальчиков с дочерью Екатерины Васильевны — Наташей Сеченовой. Приходилась она им ровесницей — лишь годом младше Саши. Потому у неразлучной троицы всегда находились общие интересы, занимательные только для детей их возраста.
Несчастья и беды сильнее сплачивают родственников, чем счастливые, радостные события. Когда год спустя после рождения умер внезапно самый младший из сыновей Ляпуновых, в Болобонове объявились многие родственники, разделившие с ними их скорбь. А через несколько месяцев скончалась старшая из сестер Михаила Васильевича, живших в Плетнихе. Теперь они остались там втроем — Елизавета, Марфа и Глафира. Матери не стало еще два года прежде.
Сыновья супругов Ляпуновых постепенно узнавали свою обширную родню и привыкали уже к многочисленным тетям и дядям. Но с некоторой поры поездки с родителями по окрестным имениям прекратились. В 1867 году у Софьи Андреевны родилась дочь. Маленькая Екатерина приковала на время семью к дому. Горизонт снова замкнулся для мальчиков хорошо знакомыми болобоновскими местами. Однако не зря так усердно обучались они грамоте все эти годы. Саша начал обмениваться с Наташей Сеченовой простодушными детскими посланиями. Оказалось, что Наташа тоже скучала в Теплом без мальчиков.
Следующим летом поездки в Теплый Стан возобновились. Возобновились и прерванные было родственные общения. Все трое сыновей Михаила Васильевича были теперь постоянно радостны и оживлены. Сам же он большей частью выглядел сумрачным и приметно угнетенным. В душе у него завелся свой «червяк».