Попытка Сперанского восстановить твердое положение российских финансов (в государстве, пережившем военную кампанию, и вдобавок ослабленном Континентальной блокадой) была более успешной. Правительственным средством для того, чтобы справиться с непомерно возросшими расходами во время войны Третьей коалиции, было одно — печатать все больше и больше бумажных денег, или ассигнаций, что в итоге означало их обесценивание. В 1810 году Сперанский подготовил указ, обещающий выкупить ассигнации и прекратить их дальнейший выпуск (на деле последствия кампании 1812 года это обещание благополучно похоронили, а выпуск ассигнаций значительно вырос). Управление финансами со стороны Министерства было улучшено, положительно сказалось введение ежегодного бюджета. Количество доходных статей увеличилось за счет продажи государственных земель и расширения области налогов, включая временный налог на дворянство, что вызвало новый взрыв негодования. Большинство дворян, как истинные патриоты, были готовы оказать финансовую поддержку военным силам, но противились формальной обязанности, частично оттого, что эта инициатива исходила от сына священника.
Хотя и эти реформы были важны, основное значение имели для Сперанского гораздо более амбициозные планы переделки всего внутреннего устройства России. Они были изложены в проекте, представленном Александру в 1809 году, и держались в секрете от всех, кроме нескольких доверенных советчиков. Сперанский рассматривал преобразование российского центрального и местного управления и предлагал формальное разделение функций между исполнительной (возглавляемой министрами), судебной (для которой высшей инстанцией должен был стать Сенат) и законодательной (Государственная Дума) властями; вся структура возглавлялась царем и Государственным Советом. На местном уровне владельцы собственности во всех волостях каждые три года должны были избирать волостную думу, из нее депутаты делегировались в уездную думу, из которой, наконец, выбирались депутаты в губернскую думу. Эти думы должны были избираться один раз в три года и не имели права издавать законы. Государственная Дума формировалась ежегодно представителями, отобранными царем из списка, представленного губернскими думами.
В общеизвестной биографии Сперанского историк Марк Раефф представляет его как осторожного, консервативного реформатора, который хотел основать упорядоченное, действенное правительство, чуткое к букве закона, но не был готов дать реальную законодательную власть Государственной Думе и был весьма консервативен в решении социальных вопросов. Раефф указывает, что предлагаемая Дума была бы полностью подчинена царю и не имела бы никакого влияния на формирование бюджета и политики. Хотя для выборов местных и губернских дум была предложена сложная система, она не включала крепостных, которые вообще не принимали никакого участия в выборах. (Тем не менее в ней учитывалось крестьянское сословие, которое могло делегировать в волостные думы одного старейшину от 500 человек — самый низкий уровень представительства). Собственное объяснение Сперанского в письме Александру является подтверждением взгляда на него как на консервативного реформатора:
В самом начале Вашего правления после многочисленных колебаний нашего правительства Ваше Императорское Величество поставили себе целью установление твердого правления, основанного на законе. Из одного этого принципа постепенно разошлись все Ваши основные реформы. Все эти занятия, возможно, сотни бесед и обсуждений с Вашим Величеством, должны были быть наконец собраны в единое целое. В сущности, он [план] не содержал ничего нового, но он давал систематическое выражение тех идей, которые занимали Ваше внимание с 1801 года[93].
Это, тем не менее, было написано не в 1809 году[94], а в январе 1813 года, когда Сперанский уже был с позором изгнан, а план его дискредитирован.
Публикация в 1961 году ранних сочинений Сперанского и первого наброска его плана 1809 года изменила понимание историками масштаба его радикализма и характера его отношений с Александром. На самом деле, Сперанский ясно выразил свое отвращение к крепостному строю в письмах 1802 и 1803 годов. Этот строй, по его мнению, вел к деградации не только крестьянства, но и дворянства, которое было не лучше крепостных в своей рабской зависимости от государства. В 1802 году он писал: