Прежде всего, аэродинамикой. Самолет получил новое крыло увеличенной площади с уменьшенной кривизной профиля и «срезанными» законцовками, на которых разместили пусковые устройства ракет. Это позволило отказаться от специальных противофлаттерных грузов и увеличить количество точек подвески с 8 до 10. Переднюю кромку оснастили предкрылками, а взамен «живших отдельно» закрылков и элеронов вновь применили флапероны. Для снижения сопротивления изменили обводы носовой части фюзеляжа и хвостовой балки, применили новый фонарь кабины. Контуры мотогондол удалось облагородить благодаря переносу коробок приводов агрегатов на двигателях снизу наверх. Для защиты от попадания посторонних предметов воздухозаборники снабдили решетками, перекрывающими воздушные каналы во время движения самолета по земле. На нижней поверхности воздухозаборников сделали створки дополнительной подпитки. Значительным изменениям подверглось шасси, особенно передняя опора, которую сдвинули назад на 3 м, чтобы брызги не попадали в воздухозаборники, и усилили. Уменьшение базы шасси обеспечило отличную маневренность самолета на земле. А вот от использования створок шасси в качестве тормозных щитков пришлось отказаться – их отклонение вызывало тряску горизонтального оперения (ГО). Все эти меры позволили сократить площадь миделя истребителя примерно на 15%.
Серьезным переделкам подверглось оперение. Испытания Т10-1 показали, что с ростом угла атаки увеличивается не только подъемная сила, но и момент тангажа, который продолжает задирать нос машины. Чтобы удержать самолет на траектории, необходимо компенсировать эту тенденцию увеличением момента на пикирование. Однако компоновка Т10-1 сделать это не позволяла. Чтобы выйти из положения, сначала предложили сдвинуть стабилизатор назад. Но тут же выяснилось, что на самолете с отрицательной центровкой расположенное близко к крылу ГО играет роль своеобразного щелевого закрылка, повышая суммарную подъемную силу всей системы. С отдалением оперения от крыла этот эффект уменьшается. Решить проблему выбора оптимального положения стабилизатора помогло вертикальное оперение. Оказалось, что, раздвинув кили, момент ГО на пикирование можно резко увеличить. Подъемная сила крыла при этом все же немного падает, т.к. кили оказываются в зоне внутренних вихревых жгутов и снижают их интенсивность, однако выигрыш все же остается ощутимым. Эффективность такого решения была повышена за счет дополнительных подфюзеляжных килей, образующих нижние части «корневых шайб на ГО». Новое расположение килей положительно сказалось и на сохранении эффективности самого вертикального оперения при маневрах на больших углах атаки и скольжения, а попутно обеспечило удобный доступ к коробкам приводов на двигателях.