По высказываниям ряда американских специалистов, использование «ветеранов» F-111F оказалось более результативным, чем F-15E. В частности, отмечалась недоведенность системы LANTIRN, в результате чего часть «Страйк Иглов» несла неполный комплект этого оборудования, что не позволяло применять оружие с лазерным наведением, а некоторые F-15E пришлось оснастить контейнерами с оптоэлек- тронной системой «Пейв Тэк», заимствованными с F-4E. Сказалась и недостаточная обученность экипажей – перед началом боевых действий они только приступили к освоению LANTIRN. И все же американское командование считало, что с учетом фактора новизны техники F-15E оправдали возлагаемые на них надежды. В ходе боевых действий «Страйк Иглы» выполнили 2142 боевых вылета. Первоначально сообщалось, что потери составили два самолета, однако в более поздних публикациях говорится уже о трех сбитых машинах этого типа.
Боевые столкновения между иракской и американской авиацией эпизодически продолжались и после завершения «Бури в пустыне». Так, 25 декабря 1992 г. над южным Ираком состоялся бой между МиГ-25П и F-15E, завершившийся безрезультатно. 2 января 1993 г. иракский МиГ-25П попытался перехватить высотный разведчик U-2, но сам был атакован F-15C, однако и на этот раз все завершилось без последствий для обеих сторон. 15 января 1999 г. произошел очередной инцидент. Пара F-15 патрулировала закрытую для полетов зону к юго-западу от Багдада. Через какое-то время сработали бортовые системы оповещения об облучении РЛС, позволившие летчикам «Иглов» определить, что их пытаются атаковать два МиГ-25П. Выполнив оборонительный маневр, американцы выпустили по противнику одну ракету «Спарроу» и три AIM-120A AMRAAM, однако иракские истребители удачно уклонились от этого залпа и скрылись. Пуск ракет с их стороны зафиксирован не был.
F-15E принимали участие и в операциях стран НАТО на территории бывшей Югославии. 21 ноября 1994 г. они находились среди 39 самолетов различных типов, атаковавших авиабазу боснийских сербов в г. Удбине. F-15E сбросили несколько КАБ «Пейвуэй»III с лазерным наведением на прилегавшие к авиабазе участки скоростной автострады, которые могли служить запасными ВПП. По признанию «миротворцев», в целом, этот налет не удался: причиненный ущерб оказался незначительным, авиабаза и ее средства ПВО сохранили боеспособность. Через три дня 20 самолетов НАТО атаковали сербские ЗРК в районе г. Отока, при этом F-15Е нанесли удар по позициям С-75 при помощи противорадиолокационных ракет AGM-88 HARM.
F-15C были наиболее мощными истребителями НАТО, принимавшими участие в боевых действиях на Балканах в 1999 г. На них возлагалось, в частности, эскортирование бомбардировщиков стратегической авиации США, а также обеспечение ПВО в зоне боевых действий. Один из первых результативных воздушных боев с участием «Иглов» произошел вечером 26 марта над северо-востоком Боснии, когда пара F-15C из 48-го истребительного авиакрыла по командам с борта самолета ДРЛО Е-3 «Сентри» была наведена на группу сербских самолетов, углубившуюся на 8 км в боснийское воздушное пространство. Американское командование объявило тогда об уничтожении двух МиГ-29, один из которых «упал на территорию Боснии, однако сербскому летчику удалось катапультироваться и скрыться от преследования». В свою очередь, югославы сообщили о том, что они сбили два F-15 и сами «боевых потерь не понесли».
Некоторую ясность в эту ситуацию внесли кадры телевизионной хроники: сначала западные телекомпании показали обломки «сербского» самолета, которые удалось заснять уже поздно ночью. Однако при ближайшем рассмотрении на одном из относительно хорошо сохранившихся участков обшивки якобы «МиГа» были обнаружены трафареты на английском языке, что однозначно свидетельствовало о НАТОвском происхождении сбитой машины. Несколько позже, уже под утро, удалось предъявить прессе другие обломки, в которых однозначно угадывался МиГ-29. «Распластанный» на земле самолет сохранился относительно хорошо, даже ракеты Р-27Р1 остались на узлах внешней подвески. Приблизительно в то же время по ведущим телеканалам мира прошли кадры хроники: подбитый F-15 из последних сил «тянет» под прикрытием другого истребителя над Адриатикой, оставляя за собой белый шлейф.