— Назначен командиром корабля «Георгий Победоносец». Командирован в Санкт-Петербургскую корабельную команду.
— По поручению Адмиралтейств-коллегии командирован в Рыбинск и Тверь для доставки в Санкт-Петербург корабельного леса.
— Командовал придворными яхтами на реке Нева до половины сентября, после чего был откомандирован в Кронштадт.
— Назначен командиром 64-пушечного корабля «Виктор».
— Командуя кораблем «Виктор», в составе эскадры контр-адмирала Я. Ф. Сухотина, назначенной для защиты нейтральной торговли в соответствии с условиями «вооруженного нейтралитета», совершил переход из Кронштадта в Средиземное море.
— В составе эскадры контр-адмирала Сухотина, командуя кораблем «Виктор», плавал в Средиземном море.
— Произведен в капитаны 2 ранга. Командуя кораблем «Виктор», вернулся из Средиземного моря в Кронштадт.
— Назначен командиром на вновь построенный фрегат «Проворный».
— Плавал в Балтийском море от Кронштадта до Ревеля, производя ходовые испытания фрегата «Проворный», обшитого белым металлом, и фрегата «Св. Марк», обшитого медью.
— Переведен в Черноморский флот с назначением командиром строившегося в Херсоне корабля № 4. В Херсоне принимал деятельное участие по борьбе с чумой, за что получил благодарность.
— Произведен в капитаны 1 ранга.
— Получил благодарность Адмиралтейств-коллегии за успешные действия по борьбе с чумой. Награжден орденом Св. Владимира 4-й степени за успешную деятельность по борьбе с чумой в Херсоне. Назначен командиром вновь построенного линейного корабля «Св. Павел».
— Командуя линейным кораблем «Св. Павел», руководил его проводкой по Днепру от Херсона до Глубокой пристани, где были осуществлены постановка мачт, вооружение такелажем и парусами и установка артиллерии. Подготовив корабль к плаванию, совершил переход Днепровским лиманом и Кинбурну и далее Черным морем в Севастополь. В составе корабельной эскадры вместе с экипажем корабля участвовал в строительстве Севастопольского порта (пристаней, складов, жилых помещений и пр.).
Командуя кораблем «Св. Павел», находился в составе Севастопольской корабельной эскадры под командой капитана 1 ранга М. Войновича.
— Произведен в капитаны бригадирского ранга.
— Командуя кораблем «Св. Павел» и одновременно 3-й эскадрой корабельного флота, находился в практическом плавании в Черном море от Севастополя до Феодосии.
— Соединившись в море с остальным флотом под командой контр-адмирала М. Войновича, продолжал плавание у берегов Крыма.
— Командуя в начале войны с Турцией авангардом в составе Черноморского корабельного флота под командой контр-адмирала М. Войновича, на корабле «Св. Павел» вышел из Севастополя к румелийским берегам для поиска турецкого флота. При подходе к Варне у мыса Калиакрия флот был застигнут жестоким штормом, продолжавшимся пять дней, во время которого корабль «Св. Павел», потеряв две мачты, был отнесен к берегам Абхазии. Ведя неустанную борьбу за спасение сильно поврежденного корабля, Ушаков привел корабль в Севастополь.
— Ввиду болезни бригадира П. Алексиано, назначенного начальником Лиманской корабельной эскадры, был командирован в Херсон для принятия этой эскадры. Пробыв здесь до марта, без ведома Потемкина отправлен контр-адмиралом Н. Мордвиновым в Севастополь к месту службы, за что Мордвинов получил выговор от Потемкина, считавшего нужным поручить Ушакову руководство боевыми действиями на Лимане.
— Продолжая командовать кораблем «Св. Павел» и авангардом флота, находился в Севастополе.
— Командуя тем же кораблем и авангардом, вышел в составе флота из Севастополя к румелийским берегам для поиска турецкого флота.
— В сражении с турецким флотом у острова Фидониси блестящими действиями своего авангарда расстроил замыслы турецкого командования и нанес поражение противнику, вынудив его к поспешному выходу из боя.
— За отличное руководство в сражении у острова Фидониси награжден орденом Св. Владимира 3-й степени.
— Командуя кораблем «Св. Павел» и авангардом флота под командой контр-адмирала М. Войновича, выходил в море для прикрытия берегов Крыма ввиду появления перед Севастополем турецкого флота.
— За храбрость и мужество в сражении у острова Фидониси награжден орденом Св. Георгия 4-й степени.
— Командуя тем же кораблем и авангардом, в составе флота под командой контр-адмирала М. Войновича выходил в крейсерство у румелийских берегов в районе между Дунаем и мысом Калиакрия.