Близилась к завершению средиземноморская экспедиция. Получив распоряжение оказать помощь англичанам в освобождении острова Мальта, Ушаков принял на корабли две тысячи гренадер, посланных Суворовым, и отправился в Сицилию с намерением дальнейшей переброски войск на Мальту. Во время перехода был получен другой приказ: прекратить боевые действия и возвращаться в свои черноморские базы. 26 октября 1800 года Федор Федорович привел эскадру в родной Севастополь, оставленный им более двух лет назад.
Ушакову после этого героического похода недолго пришлось оставаться командующим Черноморским флотом. Наступило царствование Александра I — самая мрачная пора в истории русского флота. Необходимость его совершенствования не только ставилась под сомнение, но и отрицалась вовсе. Морским учреждениям, и в частности Морскому корпусу, стремились придать сухопутный характер. Ревностным исполнителям воли государя, таким, как Мордвинов, Аракчеев и другие, на командных должностях нужны были иные люди, чем строптивый и независимый адмирал Ушаков. Брали верх и давние интриги бездарных адмиралов и всякого рода авантюристов. Зависть, сопровождавшая Федора Федоровича долгие годы, в общем-то понятна. Не имевший никакого отношения к придворным кругам, человек из российской глубинки, он достиг таких высот в службе и такого авторитета, какие большинству его недоброжелателей могли привидеться разве что в счастливом сне. Подобное не проходило бесследно.
Ушакову пеняли на то, что он не дворянин, и ему пришлось документально доказывать свое дворянское происхождение. Но с карьерой было покончено. Его перевели в Петербург и назначили главным командиром Балтийского гребного флота и начальником флотских команд. Такое оскорбительное отношение к заслугам тяготило прославленного флотоводца. Понимая, что он больше не нужен русскому флоту, Ушаков подает в отставку. Его прошения по этому поводу немногословны, но полны душевной боли. В январе 1807 года Ушаков был уволен в отставку с ношением мундира и пенсией в размере половинного жалованья. Он покидает Петербург и поселяется в деревне Алексеевка неподалеку от Санаксарского монастыря на Тамбовщине (ныне Мордовия). Там с не меньшей силой проявились его незаурядные душевные качества, милосердие и благотворительность.
Он жил в полной гармонии со всем, что его окружало, со своим мироощущением и, казалось, торопился отдать людям все свои богатства, что были получены им за безупречную службу, блестяще одержанные победы во славу Отечества. Характерно в этой связи письмо Федора Федоровича обер-прокурору Синода в апреле 1813 года, в котором на обращение императрицы Елизаветы Алексеевны он писал: «Я давно имел желание все сии деньги без изъятия раздать бедным, нищей братии, не имущим пропитания…»И отдавал все, что имел, всем, кто обращался за помощью. Из-за них у него сжималось сердце.
Сам же отставной адмирал жил скромно, много молился, поминая усопших родных и близких, соратников по службе на флоте, желал здоровья и благополучия живущим. Быть таким и поступать именно так, а не иначе — это был его личный выбор. Он ни у кого не спрашивал совета, разве только у Бога. Все делал по велению совести и строгому соответствию долголетнему опыту верного служения Родине.
Иеромонах Нафанаил в письме архиепископу Тамбовскому Афанасию вспоминал: «Оный адмирал Ушаков… и знаменитый благотворитель Санаксарской обители по прибытии своем из С.-Петербурга около восьми лет вел жизнь уединенную в собственном своем доме, в своей деревне Алексеевке, расстояние от монастыря через лес версты три… по воскресеньям и праздничным дням приезжал для богомоления в монастырь… а в Великий пост живал в монастыре в келье… Препровождал остатки дней своих крайне воздержанно и окончил жизнь свою, как следует истинному христианину и верному сыну святой церкви».
Непритязательный быт и самоотверженная деятельность Федора Федоровича Ушакова на всем жизненном пути, беззаветное выполнение сыновнего долга перед Родиной, флотом и людьми были овеяны духовной праведностью и всеохватной святостью. Такое суждение долгие годы разделяли многие. Постепенно оно приобрело общественный характер. А в 2000 году после длительного и детального рассмотрения документов и других свидетельств, связанных с именем великого сына нашего народа, каноническая комиссия Русской православной церкви причислила адмирала Ф. Ф. Ушакова к лику праведных местночтимых святых. Это признание стало одним из значимых событий в российском православии и в истории российского флота на рубеже XX и XXI веков.
В августе 2001 года в Санаксарском монастыре, где молился и погребен непобедимый флотоводец и святой праведник, прошла торжественная литургия, по свидетельству участников, грандиозная по своим масштабам, красочная, возвышенная и радостная. Несколько позже частицы мощей святого адмирала были вручены Балтийскому флоту, тогда же в Балтийске состоялись крестный ход и открытие памятника выдающемуся флотоводцу. В 2003 году воздвигнут памятный мемориал Ушакову на острове Корфу (Керкира).