За время управления Ушакова в Севастополе было построен но обширное адмиралтейство с магазинами и разными мастерскими; берег, около которого стояли на якоре корабли, фрегаты н другие суда, нивелирован (уравнен), так что на нём можно было удобно располагать корабельное ашущество и разные запасы; на береговых высотах вокруг гавани были построены •каменные, крытые черепицей казармы. Порох хранился в глубоких пещерах, специально вырытых большей частью в Инкер.мане. На Северном и Южном входных мысах были сооружены две мощные батареи. Был выстроен двухэтажный каменный госпиталь на 300 человек и казармы для больничных служителей. Ушаков постоянно заботился о иовоустроеннолт госпитале, следил за улучшением питания больных. С большим вниманием относился он к санитарному состоянию Севастополя: озаботился устройством колодцев и снабжением города пресной водой, а равно и жизненными припасами. Для удобства жителей Севастополя был. устроен (перевоз через бухты на вольнонаёмных гребных судах, выделено место для загородных прогулок. Ещё Потемкин поручил Ушакову раздать, по его усмотрению, вблизи Севастопольского порта флотским штаб-офицерам небольшие участки земли для заведения хуторов с огородами. Теперь это было приведено >в исполнение Ушаковым, благодаря чему окрестности тогдашнего Севастополя стали заселяться.
К 1797 г. Севастополь представлял совершенно иную картину по сравнению с тем, чем он был непосредственно после войны. Головачёв, автор книги «История Севастополя», изданной з 1872 г., писал, что «за время управления Ушакова Севастополь гораздо скорее обстроился новыми зданиями, нежели во всё продолжение своего остального существования».
Само собой разумеется, что к делам, касавшимся непосредственно флота, Ушаков относился особенно рев-носино. В Севастопольском порту никакого нового строительства судов (если не считать самых мелких) тогда не было. Здесь пооиз-водилась только починка и исправление кораблей, к чему Ушаков ггрн-ступил немедленно же. по окончании войны. Вникая во все подробности, он постоянно посещал верфи и доки и строго следил за тщательностью ремонта.
Однако деятельность Ушакова в значительной мере тормозилась недостатком средств. На содержание Черноморского флота отпускалось ежегодно 2112 264 рубля — сумма по тому времени весьма немалая, — но вследствие отсутствия этой суммы или несвоевременного её доставления Севастополь зачастую оставался вовсе без денег. Тогда Ушаков, как это видно из его переписки с Мордвиновым, давал взаимообразно в контору Севастопольского порта из своих личных сбережений илдг из денег, занятых им на стороне, иногда по нескольку тысяч сразу. Делал он это исключительно для того, чтобы не остановилось производство начатых работ, причём деньги, истраченные тогда Ушаковым на казённые надобности, были возвращены ему казной только десять лет спустя.
Память о плодотворной деятельности Ушакова в Севастополе сохранилась в некоторых севастопольских названиях. Так, домик Ушакова на главкой улице Севастополя, против Адмиралтейских ворот, (впоследствии приобретённый в казну и значительно расширенный, назывался домом Ушакова25; неподалёку от города одна из лощин, прилегающая к рейду, получила название Ушаковой балки; мыс в Корабельной бухте, где обычно стоял ошвартованный корабль «Св. Павел», которым командовал Ушаков, и где находилась казарма его команды, назывался Павловским.
В 1792 г. Ушаков был вызван в Петербург. Екатерина пожелала увидеть героя, так прославившего на море её царствование, она «встретила в нём,—говорит Р. Скаловский,—человека прямодушного, скромного, мало знакомого с требованиями светокой жизни. Строгий адмирал, созданный для моря, вполне носил на себе отпечаток этого призвания и далеко не мог выражаться столь же- метко и красноречиво, как заставлять говорить орудия на батареях своих кораблей».
Многие ® подобном случае сумели бы использовать свою поездку в столицу, чтобы снискать в дальнейшем «высочайшие милости». Но «строгий адмирал» оставался всё той же «смолёной курткой», какой он был в дни молодости* и ему нечего было делать при дворе. Ушаков скоро покинул Петербург и вернулся в Севастополь, где его ждало Чёрное море и любимое дело. Всё же он не остался без награды: в 1793 г. он получил чин вице-адмирала.
В царствование Павла I (1796—1801) Ушакову пришлось испытать большие неприятности по службе в связи с неприязненными отношениями, установившимися с Мордвиновым. Их разногласия, начавшиеся еще за несколько лет перед тем, в 1798 г. настолько обострились, -что однажды Мордвинов в присутствии командиров кораблей позволил себе в каюте корабля «Св. Павел» сделать Ушакову несколько замечаний в самой резкой форме. Служебная субординация удержала тогда Ушакова, по природе вспыльчивого, от возражений. Однако Ушаков счел необходимым написать Мордвинову и указать, что от подобных действий страдает служба, дисциплина и доверие подчиненных к начальнику.