В августе 1937 г. фашистская Италия направила в помощь мятежникам 4 так называемые «легионерские» подводные лодки. Базируясь в Малаге и имея на борту испанских офицеров связи, они принялись без предупреждения топить все торговые суда, следовавшие в Валенсию или Барселону. Ситуация сложилась настолько угрожающая, что в сентябре заинтересованные державы, прежде всего, Великобритания и Франция, созвали конференцию по этой проблеме в Нионе, в Швейцарии. На конференцию пригласили представителей Италии и Германии, но эти страны решили ее бойкотировать. Оставленные наедине англичане и французы быстро пришли к соглашению установить определенные маршруты для всего торгового судоходства в Средиземном море, выделить для патрулирования на этих маршрутах большое число эсминцев и летающих лодок с полномочиями атаковать любую субмарину, идущую в подводном положении.
Как только принципиальные вопросы в Нионе были решены, Каннингхэм вместе с Паундом отправились на «Бархэме» в Оран, на встречу с командующим французским Средиземноморским флотом адмиралом Эстева для обсуждения мер по претворению в жизнь нионских соглашений. По окончании переговоров Каннингхэм вернулся на Мальту на эсминце, а Паунд лично занялся организацией патрулирования у испанского побережья. В связи с участием в патрульных мероприятиях, Средиземноморский флот был усилен эскадренными миноносцами из состава Флота Метрополии. Одновременно две эскадрильи английских летающих лодок разместились в Арзеве, близ Орана. Как только патрулирование началось, результаты последовали незамедлительно. Атаки торговых судов подводными лодками резко прекратились.
В октябре Каннингхэм вышел с Мальты на «Худе», чтобы сменить Паунда, непосредственно руководившего эскадрой у берегов Испании. В Пальма ди Мальорка, где размещалась штаб-квартира британской эскадры, командование осуществлял испанский адмирал Франсиско Морена. Каннингхэму приходилось много времени тратить на визиты к нему с жалобами на несправедливое обращение с английскими торговыми судами. Почти каждый день англичане видели, как над Пальмой пролетали эскадрильи итальянских «S-79» бомбить Валенсию или Барселону. Однако когда линейные крейсеры стояли в этих портах, бомбардировщики франкистов не появлялись.
В декабре из Англии пришло известие, что вице-адмирал Джеффри Блейк вышел в отставку по состоянию здоровья, в связи с чем временное назначение Каннингхэма на должности командующего эскадрой линейных крейсеров становилось постоянным. 3 февраля 1938 г. Каннингхэм окончательно возвратился и f Мальту, сдав свои дела в Пальма ди Мальорка адмиралу из состава Флота Метрополии. Однако его надеждам спокойно дослужить положенный срок вторым флагманом Средиземноморского флота не суждено было сбыться. На Мальте Паунд сообщил Каннингхэму, что осенью его скорее всего назначат начальников генерального морского штаба в Лондоне. Подобная перспектива привела его в ужас, поскольку он счел себя совершенно неподготовленным к такого рода pa боте по причине отсутствия штабного опыта.
Вскоре этот слух получил более весомое подтверждение, когда на Мальту пришел линкор «Нельсон» командующим Флотом Метрополии адмиралом Роджером Бэкхаузом. Последний готовился принять пост первого морского лорда осенью 1938 г. Во время званого обеда в штаб-квартире Средиземноморского флота Каннингхэму представился случай поговорить с ним с глазу на глаз. «Я объяснил, что чувствую себя совершенно неподготовленным к должности начальника генерального морского штаба, что у меня практически нет штат ной подготовки и я плохо выражаю свои мысли на бумаге. Но все было бесполезно. Сэр Роджер только улыбнулся и сказал в своей обычной очаровательной манере, что он хочет, чтобы я согласился».