В ночь с 5 на 6 июня Каннингхэм не смог заснуть. Около 3.00 дежурный офицер, работавший за картографическим столом в цитадели Адмиралтейства с изумлением уставился на первого морского лорда, направлявшегося к нему шаркающей походкой в ночной пижаме и форменных матросских ботинках на босу ногу. Расспросив его о передвижениях кораблей, Каннингхэм сказал, что приведет себя в порядок и вернется. Остаток ночи он провел в цитадели, следя по карте за передвижениями конвоев через пролив. По сути дела, он почти безвыходно провел там несколько дней, пока не убедился, что высадка прошла успешно и войска прочно закрепились на плацдармах.
На протяжении операции все прилегающие акватории находились в подчинении Рамсея, включая комендантов военно-морских баз в Портсмуте, Плимуте и Норе. Каннингхэму ужасно не нравилась такая организация, но он не мог ничего с этим поделать — морская часть операции должна была осуществляться в условиях строгого единоначалия. Англичане вернулись к обычной структуре командования сразу, как только это стало возможным.
Адмиралтейство прежде всего волновали попытки вмешательства в ход операции морских сил противника, поскольку акватория пролива и открытые якорные стоянки у пляжей были забиты кораблями, представлявшими очень соблазнительную цель. Днем 7 июня премьер-министр предупредил Каннингхэма по телефону, что Дениц якобы отдал приказ подводным лодкам, невзирая ни на какой риск, атаковывать морские перевозки союзников. Первый морской лорд ответил, что флот обеспечит им максимальную степень риска.
Примерно за 2 месяца до начала операции германское морское командование начало отзывать подводные лодки с североатлантических коммуникаций и концентрировать их в портах. По состоянию на 6 июня 1944 года в портах Западной Франции находились 36 немецких подводных лодок и еще 21 лодка в норвежских портах. В море патрулировали только 12 субмарин. Британская морская разведка доложила, что в мае 6 подводных лодок, оснащенных «шноркелями», отрабатывали совместные маневры в Ла-Манше.
Высадка союзников на побережье Нормандии застала германское морское командование, как, впрочем, и все германское руководство, врасплох. Поэтому 6 июня 1944 года непосредственно в районе вторжения не оказалось ни одной подводной лодки. Но уже вечером того же дня германские субмарины в большом числе начали выходить из французских портов на побережье Бискайского залива. До полуночи на оперативный простор вышли 35 подводных лодок. 9 субмарин, оснащенных «шноркелями» из Бреста и Ла Паллиса заняли позицию в 25 милях к югу от острова Уайт, где им надлежало атаковывать конвои, идущие к побережью Нормандии. Еще 7 подводных лодок из Бреста (без «шноркелей») приступили к патрулированию вдоль юго-западного берега Корнуэлла и Девона. Остальные 19 растянулись в оборонительную линию вдоль западного берега Франции. Все подводные лодки, находившиеся в Атлантике, получили приказ полным ходом возвращаться к Ла-Маншу.
Хотя подводные лодки, оснащенные «шноркелями», оказались весьма эффективными и трудно обнаружимыми, в целом, можно констатировать, что германским подводным силам не удалось существенно повлиять на вторжение союзников на континент. Союзники просто «задавили их числом». Против подводных лодок, сконцентрированных на достаточно ограниченном пространстве, британский флот сосредоточил подавляющие противолодочные силы. В июне подводным лодкам удалось потопить только 6 транспортов, в июле — 4 и в августе — 8. В течение тех же 3 месяцев союзники потопили в прибрежных водах 35 подводных лодок. В середине августа подводные лодки ушли в порты северной Франции, окончательно покинув свои базы на побережье Бискайского залива.
Германские торпедные катера из Гавра и Шербура совершали почти еженощные набеги в зону вторжения, вступая в ожесточенные стычки с английскими эсминцами и торпедными катерами. Одну попытку вмешаться в ход операции «Оверлорд» предприняли германские эсминцы, базировавшиеся в Бресте. Ранним утром 9 июня британская 10-я флотилия эсминцев под командованием капитана 1 ранга Б.Джонса вступила в бой с 4 германскими эсминцами. Один англичане потопили, остальные обратили в бегство.
Фактически, самые большие неприятности союзникам в районе вторжения доставили морские мины, выставленные с торпедных катеров и низколетящих самолетов. «Немцы с обычной своей изобретательностью изготовили два новых типа мин», — писал Каннингхэм, — «которые срабатывали от перепадов давления воды, когда над ними проходило судно. Первый из этих типов мин не поддавался тралению ни при каких обстоятельствах, а второй — только при определенных погодных условиях. Мины причинили наибольшие потери».