Здесь необходимо сказать несколько слов о топографии Крита. Остров протянулся на 256 км в длину с востока на запад, а его ширина с севера на юг колеблется от 12 до 56 км. С востока на запад по всей длине острова проходит высокий горный хребет, который можно преодолеть только в нескольких местах. Его северные склоны пологи, а южные круто обрываются к морю. Все удобные заливы и бухты располагаются на северном побережье, что являлось для англичан неблагоприятным фактором. Путь к ним лежал через пролив Касос вокруг восточной оконечности острова, либо через проливы Китира и Андикитира с западной стороны, до которых было рукой подать от аэродромов противника. Какой-либо порт или нормальная якорная стоянка на южном берегу отсутствовали. Все подходящие места для аэродромов также находились на северной стороне. Англичане располагали двумя аэродромами — в Малеме, примерно в 10 милях к западу от залива Суда, и близ Гераклиона, маленького порта, расположенного примерно в 65 милях к востоку. Имелась также необорудованная взлетная полоса в Ретимо, примерно в 20 милях к востоку от залива Суда. С точки зрения обороны, для англичан было бы лучше, если бы остров оказался развернутым в противоположную сторону.
Считалось, что противник не решится на вторжение с моря в условиях господства английского флота, а предпримет атаку с воздуха. Соответственно, оборона сконцентрировалась вокруг аэродромов в Малеме, Ретимо и Гераклиопе, а также главной базы снабжения в заливе Суда, Некоторые штабные офицеры считали, что господство на море будет поставлено под вопрос мощными атаками немецкой авиации с близлежащих аэродромов, особенно, если английским кораблям придется действовать без истребительного прикрытия.
Англичане весьма деятельно готовились к обороне острова, приводя в порядок оборонительные сооружения, укомплектовав и перевооружив гарнизон и организовав подвоз припасов всех видов. Приспособления для разгрузки крупнотоннажных судов в заливе Суда практически отсутствовали. Имелся единственный пирс, к которому могли пришвартовываться только суда с малой осадкой. Крупным кораблям приходилось становиться на якорь в отдалении и выгружать свои грузы на лихтеры. Бухта постоянно подвергалась атакам с воздуха, интенсивность которых нарастала с каждым днем. Истребительное прикрытие было крайне слабым и потому кораблям и экипажам причинялся серьезный урон. Тем не менее, благодаря настойчивости коменданта порта капитана 1 ранга Дж. А.Морза, большинство трудностей успешно преодолевались. В период с 29 апреля по 20 мая 1941 года англичанам удалось доставить на Крит около 25.000 военных грузов. В ходе разгрузки 8 судов из 15 были потоплены или серьезно повреждены. К началу вторжения англичане имели на Крите в общей сложности 26.800 бойцов (вместе с 5.700 морскими пехотинцами, оборонявшими мобильную морскую базу в заливе Суда).
По общему мнению, остров можно было оборонять только против атаки с воздуха. Каннингхэм не исключал одновременной высадки морского десанта. Отражение такого штурма считалось главной задачей флота. Основная трудность заключалась в том, что Александрия находилась на расстоянии 440 миль от места военных действий, а использовать залив Суда в качестве базы флота не представлялось возможным по причине беспрерывных воздушных налетов. Предполагалось, что итальянский флот также не останется в стороне, когда начнется вторжение на Крит. В такой ситуации Каннингхэму следовало обеспечить прикрытие острова с западной стороны линейными кораблями. Он также собирался держать наготове к югу от Крита три соединения крейсеров и эсминцев, которые в случае угрозы морского десанта должны будут войти в Эгейское море, обогнув остров с обеих сторон. Англичане понимали, что их кораблям не следует появляться севернее Крита в дневное время, за исключением того случая, когда будет точно известно, что силы противника вышли в море.
Операция «Меркурий» по вторжению германской армии на Крит стала первой в военной истории широкомасштабной операцией воздушно-десантных войск. Ее осуществлял 4-й воздушный флот под командованием генерала Лора. Немцы располагали сокрушительным превосходством в воздухе: 228 бомбардировщиков «хенкель — 111» и «юнкере — 88», 205 пикирующих бомбардировщиков «юнкере — 87 — штука», 114 двухмоторных истребителей «мессершмидт — 110», 119 истребителей «мессершмидт — 109», 50 разведывательных самолетов. Для доставки десанта на Крит немцы сосредоточили в Греции 500 трехмоторных транспортных самолетов «юнкере — 52» и 72 буксируемых планера.