Камиль Айман Мухаммад Рабии аз-Завахири родился 19 июня 1951 года в Каире, в семье египетских аристократов. Отец его, Мухаммад аз-Завахири, был одним из лучших медиков Египта, профессором фармакологии, а дед по материнской линии, Абд аль-Ваххаб Аззам, занимал пост ректора Каирского университета, долгое время являлся послом Египта в Пакистане и Саудовской Аравии. Но, как оказалось впоследствии, большее влияние на Аймана оказал его дед по отцу – авторитетнейший теолог Рабиа аз-Завахири, который в начале XX века был шейхом крупнейшего в мире Каирского исламского университета Аль-Азхар.
Еще во времена президента Гамаля Абдель Насера 14-летний Айман примкнул к организации «Мусульманское братство». Когда подростку было всего 15 лет, его арестовали как члена старейшей фундаменталистской организации Египта «Братья-мусульмане». Но вскоре вынуждены были выпустить на свободу – за отсутствием состава преступления.
Продолжая семейную традицию, в 1974 году Айман окончил медицинский факультет Каирского университета и получил диплом хирурга. Молодой врач к тому же великолепно владел французским языком и отличался литературным талантом. Однако подлинное призвание Аймана смог угадать вовсе не его отец, а дед, Рабиа аз-Завахири.
В 1970-х годах Айман стал одним из лидеров египетской экстремистской группировки «Аль-Джихад аль-ислам», отколовшейся от «Братьев-мусульман». Став самостоятельной, группа аз-Завахири оказалась наиболее мощной и заложила новую стратегию и структуру на основе тезисов старой организации. Ее международная активность отразила нетрадиционные оценки учения о «враге дальнем» и «враге ближнем». В работе «Последнее завещание» аз-Завахири писал, что борьба за создание исламского государства никак не может считаться войной региональной, поскольку «альянс крестоносцев и сионистов, возглавляемый США», сделает все возможное, чтобы не дать мусульманским силам прийти к власти в одной из стран. Поэтому борьба должна вестись как против внутреннего врага (вероотступников), так и против «крестоносцев и сионистов». Причем войну с последними ни в коем случае не стоит откладывать, поскольку так будет значительно легче одержать победу на «внутреннем фронте». Небольшие группы боевиков, считал аз-Завахири, должны наводить «большой страх» на «врагов ислама». Для этих целей планировалось проводить акции, от которых «враг будет нести огромные потери». Подобная тактика, утверждал аз-Завахири, является единственным языком, «который понимает Запад». При этом самым эффективным тактическим оружием египтянин считал «готовность моджахедов к самопожертвованию».
Позднее Айман стал руководителем группы, состоявшей из 1000 «египетских афганцев» – граждан АРЕ, ветеранов войны в Афганистане, составивших «костяк» «Аль-Каиды».
В середине 1980-х годов бывший врач возглавил внешнее руководство «Аль-Джихада» в Афганистане. С того времени, наряду с египетской организацией, в разных странах возникли внешние структуры и ячейки, самостоятельно определявшие свою военную стратегию и дублирующие структуру прежнего «Аль-Джихада». К середине 1990-х годов такие ячейки действовали в девяти государствах мира: пяти арабских, трех европейских и одном азиатском.
Айман является автором нескольких фундаментальных трудов по истории, теории и практике исламских движений. Наиболее известным из них является «Горький урожай»; в этой книге аз-Завахири критически переосмыслил деятельность «Братьев-мусульман».