Шелест, хоть и не без приключений, задание выполнил, долетел до Тулы и вернулся, что в условиях военных действий было очень сложно. В кратчайшие сроки в Харькове наладили производство автоматов ППШ. Поскольку основные оборонные предприятия были уже эвакуированы, а остальная часть снята с фундаментов и находилась на погрузочных площадках, производство автоматов начали в механических мастерских трамвайного депо. Диски и магазины делали на патефонном заводе. Изготовили опытную серию автоматов, испытали, а через несколько дней в механические мастерские угодили две немецкие бомбы.
Вскоре из Харькова пришлось эвакуироваться. Местом эвакуации был Челябинск. Туда поехала Ираида Мозговая, бывший муж которой сознательно уезжать не хотел, рассчитывая, по ее словам, на сотрудничество с немцами. К тому времени, как вспоминала позже Ираида Павловна, она уже с мужем разошлась, хотя жили они еще в одной квартире. Шелест попросил Мозговую помочь ему и его больной жене сопровождать сыновей Бориса и Виталия. Она согласилась, хотя ее мать и тетка оставались в Харькове. (У Шелеста также на оккупированной территории в селе Андреевка остались мать и старшая сестра Мария.)
После недолгого пребывания в Харькове Петр Шелест 12 декабря 1941 года приехал в Челябинск. Здесь уже находились его смертельно больная первая Любовь Банная, дети и Ираида Павловна Мозговая.
По предписанию Шелест явился в городской комитет партии, где ему помогли отыскать семью, он встретился с женой. Вскоре Петра Ефимовича вызвали в областной комитет партии, который возглавлял Николай Патоличев, и предложили стать заведующим отделом оборонной промышленности Челябинского обкома ВКП(б). Шелесту помогли улучшить жилищные условия для семьи, а сам он получил еще и номер в гостинице.
Летом 1942 года Петр Ефимович, отправив Ираиду Павловну со своими сыновьями на лето в лагерь на Иртыше, начал оформлять документы для поездки в Москву, куда его вызвали. И вот тогда с ним произошла невероятная, казалось бы, для военных лет история. Шелест поехал на вокзал к военному коменданту за документами. Увидев множество раненых красноармейцев, он подумал о младшем брате Дмитрии, находившемся в армии еще с финской войны 1939–1940 годов. «Сижу, – вспоминал Шелест, – и размышляю, что, возможно, вот так и мой младший брат Митя, раненый – это в лучшем случае. И мне так захотелось увидеть родного брата, поговорить с ним. Опустив голову, задумался, замечтался, и не расслышал обращения ко мне: «Товарищ командир, разрешите прикурить?» Я поднял голову, перед собой увидел красноармейца с забинтованной рукой на перевязи и своим глазам не поверил – мне казалось, что это был сон, но передо мной стоял Митя, мой младший брат!.. Первым опомнился Митя: «Это ты, Петя? Невероятно, какая неожиданность и счастье!» Мы обнялись, расцеловались, оба прослезились…». После войны Дмитрий, как и старшая сестра Петра Ефимовича Мария, жил вместе с мамой в селе Андреевка, работал школьным учителем.
Приехав в Москву, в ЦК ВКП(б), Шелест долго ждал назначения, обращался с просьбой дать любую работу. В конце концов, в апреле 1942 года, его назначили инструктором ЦК ВКП(б) в отделе оборонной промышленности, определив в сектор по обеспечению разработки, производства и снаряжения реактивных снарядов (РС) – знаменитых «катюш» и «ванюш». Во время пребывания на этой должности Шелест встречался на разных совещаниях с Иосифом Сталиным, Георгием Маленковым и другими руководителями.
Он еще был инструктором ЦК ВКП(б), когда получил удостоверение о направлении на Украину, откуда уже частично изгнали немцев. Так Шелест снова оказался в Харькове, разрушенном и пылающем. Теперь он занимался вопросами организации работы промышленных предприятий города, восстановлением электростанций, водопровода, канализации и городского транспорта. Но все это продлилось недолго, так как из-за неудач на фронте из Харькова снова пришлось уехать. При этом в обкоме партии Петру Ефимовичу поручили вывезти из Харькова в Купянск большую группу ученых с семьями, которые оставались при немцах в городе. Он организовал переезд 60 человек на двух оборудованных машинах в сопровождении автоматчиков.
Сам Шелест поехал с поручением первого секретаря Харьковского обкома Епишева в Москву, оттуда съездил в Челябинск к семье и снова вернулся в столицу. Он снова ждал решения своей судьбы, то есть нового назначения. Оно состоялось лишь в августе 1943 года. Шелест стал парторгом ЦК ВКП(б) – была и такая должность! – на заводе № 306 Наркомата авиационной промышленности в Саратове.
Петр Ефимович и не предполагал, что здесь ему доведется задержаться почти на шесть лет. Кроме основной работы он выполнял поручения районного, городского и областного комитетов ВКП(б), участвовал в разного рода комиссиях, председательствовал в некоторых из них. В ту пору часть правительства Украины и ЦК КП(б)У находилась как раз в Саратове. По работе Шелест мало сталкивался с ними, но стремился такие контакты найти, планируя вернуться в Харьков. Однако тогда его планы не реализовались.