4 апреля 2005 года на суде по «делу Галины Старовойтовой» начались прения. В них выступил подсудимый Виталий Акишин, которого следствие признало одним из киллеров, и его адвокат Галина Каширина. Адвокат подробно остановилась на всех многочисленных, по ее мнению, несоответствиях и нестыковках обвинения своего подзащитного и не менее многочисленных процессуальных нарушениях, допущенных как при его задержании и содержании под стражей, так и при допросах. Считая на этом основании, что вина ее подзащитного в участии в убийстве Г. Старовойтовой не доказана, Каширина попросила суд оправдать Акишина за непричастностью к вменяемым ему преступлениям. «Я этого преступления не совершал, — заявил сам Акишин, — прошу меня оправдать, а в отношении должностных лиц вынести постановление о нарушении ими закона».
Затем с четырехчасовой речью выступил на прениях представитель гособвинения, заместитель прокурора города Александр Корсунов. В своей речи он заявил, что в ходе предварительного следствия и судебного процесса вина подсудимых в инкриминируемых им деяниях вполне доказана, и просил приговорить Колчина и Акишина к пожизненному заключению, Краснова и Ионова — к 15 годам лишения свободы, Лелявина — к 12, а Воронина — к четырем с половиной годам.
30 июня городской суд СанктПетербурга огласил приговор. Виновным в организации убийства Старовойтовой и покушении на убийство ее помощника Руслана Линькова был признан бывший неформальный лидер охранного предприятия «Святой благоверный князь Александр Невский» Юрий Колчин. Он получил 20 лет заключения в колонии строгого режима. Виновным в непосредственном исполнении убийства суд назвал Виталия Акишина. Ему суд назначил 23,5 года лишения свободы в колонии строгого режима. Суд квалифицировал действия Колчина и Акишина как действия организованной группы, созданной с целью убийства Старовойтовой для прекращения ее политической и общественной деятельности.
В отношении остальных подсудимых — Юрия Ионова, Игоря Краснова, Игоря Лелявина и Алексея Воронина — уголовное преследование по части обвинений было прекращено, а по части — они были оправданы. Подсудимые Юрий Ионов и Игорь Краснов были оправданы судом по статье 277. Суд признал, что они не были осведомлены о готовящемся покушении на убийство Старовойтовой и не знали, к чему могут привести их действия. Кроме того, суд постановил освободить из-под стражи в зале суда подсудимых Алексея Воронина и Игоря Лелявина в связи с тем, что, по мнению суда, они совершили лишь заранее не обещанное сокрытие следов преступления. Они были освобождены от наказания и в связи с истечением срока давности преступления.
Суд признал, что мотивом убийства Старовойтовой была ее политическая деятельность. Однако имя заказчика установлено не было.
После оглашения приговора представитель гособвинения Игорь Соханенко не исключил возможности того, что после ознакомления с приговором прокуратура будет обжаловать решение суда.
В свою очередь, представитель потерпевших Леонид Сайкин выразил удовлетворение «тем, что суд признал факт того, что убийство было совершено по политическим мотивам, и приговорил организатора и непосредственного исполнителя к длительным срокам лишения свободы».
Алексей Воронин, единственный из подсудимых, который активно сотрудничал со следствием и полностью признал свою вину, после выхода на свободу заявил, что не чувствует себя в безопасности, учитывая показания, которые он давал в отношении других подсудимых и лиц, объявленных в розыск. «В любом случае, как бы ни сложилась дальше моя жизнь, я не жалею ни о чем, ни об одном слове, сказанном на этом процессе», — сказал Воронин.
16 февраля 2006 года Кассационная коллегия Верховного суда РФ рассмотрела кассационную жалобу осужденных Юрия Колчина и Виталия Акишина и оставила приговор без изменения.
Между тем работа по установлению заказчика преступления продолжалась, как и поиск оставшихся на свободе подозреваемых. Материалы по Вячеславу Лелявину и Павлу Стехновскому были выделены в отдельное производство, поскольку оба скрывались от правосудия на момент первого процесса. Они обвиняются в организации подготовки убийства политика, незаконной слежке и установке прослушивающих устройств в ее доме, приобретении и передаче оружия, которое было использовано для совершения преступления, а также покушении на жизнь государственного или общественного деятеля (статья 277 УК РФ).
В июле 2004 года года Павел Стехновский был задержан в Бельгии и экстрадирован в Россию. Тогда же после показаний в суде Алексея Воронина о роли Вячеслава Лелявина (старшего брата Игоря Лелявина) в преступлении был арестован в Петербурге и Вячеслав Лелявин. Ему предъявлено обвинение в посягательстве на жизнь государственного деятеля и прослушивании телефонных переговоров. Беглые Богданов и Мусин считаются организаторами преступления (наряду с Колчиным), а Федосов — непосредственно одним из киллеров.